海關稽查是國際通行的海關監管制度，是指海關在進出口貨物通關後一定期限內，對與進出口貨物直接有關的企業、單位的賬簿、單證等有關資料和進出口貨物進行核查，以監督進出口活動的真實性和合法性的制度。那麼海關稽查主要是做什麼的呢？
海關稽查並不以企業違法為前提
海關對從事進出口活動的企業，進行稽查是海關監督進出口活動的真實性和合法性的一項法定職權，並不代表被稽查人存在違法情事。稽查過程實際上也就是對企業進出口貿易行為的全面體檢，幫助企業規範內部管理，從而更加規範和高效率的從事進出口活動。
以常規稽查的物件選取為例，年度常規稽查中就有超過3年未實施稽查或核查的企業。
與進出口活動直接有關的企業≠直接從事進出口活動的企業
比如，一些企業自身並沒有直接進口減免稅貨物，只是通過報關企業代理進口，但作為減免稅進口貨物的使用單位，仍然屬於《稽查條例》規定的被稽查人範圍，海關可以對其開展稽查，適用海關稽查程式。
此外，有些沒有直接進出口活動的企業，如果與被稽查人有財務往來或者其他商務往來，海關也可以根據《稽查條例》規定不製作《稽查通知書》，直接對該企業進行一般性的查詢、調取單證和資料。這一類企業也應當向海關如實反映被稽查人的有關情況，提供有關資料和證明材料。
實施稽查的物件包括哪些？
一是從事對外貿易的`企業、單位；二是從事對外加工貿易的企業；三是經營保稅業務的企業；四是使用或者經營減免稅進口貨物的企業、單位；五是從事報關業務的企業；六是海關總署規定的從事與進出口活動直接有關的其他企業、單位。
海關稽查是海關後續監管的主要力量
6月1日起全國通關一體化改革在上海率先啟動試點。此次改革試點實施“一次申報、分步處置”的通關管理模式，企業可一次性辦理貨物申報納稅手續，海關第一步在口岸確定是否查驗，排除安全准入風險後，貨物可先予放行，海關第二步開展涉稅申報要素批量稽核，通過稽核查等手段監督稅收入庫。
全國通關一體化全面實現後，企業可以任意選取一個海關進行申報，並自報、自繳稅款，通過海關的安全准入風險排查後，貨物即可在口岸放行，海關在放行後實施報關單批量稽核、後續稽核查等。
改革後，企業申報更自由、手續更簡便、通關更順暢，海關稽查也將承擔越來越多的海關監管職責。