系統初始化工作在實施會計電算化的過程中是尤為關鍵的一環，是電算化系統有效實施的前提和保障。會計電算化系統初始化相當於手工賬下的建賬工作，是指企業在預備實施會計電算化系統時，對具體財務軟體投入使用前的初始設定。初始化工作涉及的內容較廣泛複雜。各單位財務人員在實施過程中應瞭解會計電算化的特點，注意實施的關鍵點，避免一些常規錯誤，高質量的完成系統初始化工作。
1.系統引數的設定
系統引數的設定即建立起符合本單位核算要求的賬套資訊，如確定賬套名稱，記賬本位幣，記賬方法，企業核算型別，單位資訊，會計期間，賬套結賬時間等。另外還要做好使用者管理工作，也就是操作員管理，包括操作員崗位設定，崗位分工，許可權分配和口令設定。
2.會計科目設定
賬務系統中廣泛應用程式碼，科目的設定主要是程式碼的設定。建賬時要將收集到的會計科目加入賬務系統，建立賬務系統的會計科目體系。在電算化賬務系統中除了像手工賬務一樣要使用會計科目外，還要為每一個會計科目加入一個編碼。會計科目編碼通常用阿拉伯數字編制，採用群碼的編碼方式即分段組合編碼，從左到右分成數段，每一段設有固定的位數表示不同層次的會計科目。如第一段表示總賬科目，也就是一級會計科目，第二段表示二級明細科目，第三段表示三級明細科目。第四段表示四級會計科目。如果會計科目編碼級次為4-2-2-2則表示一級會計科目(總分類)會計科目編碼是四位的，在會計科目編碼級次為 4-2-2-2的設定下，一級科目編碼為四位，二級、三級、四級各兩位。在此編碼級次下，某家電企業“庫存商品”會計科目編碼可以設定為“級次1，科目編碼1243，科目名稱-庫存商品”，“級次2，科目編碼124301，科目名稱-彩電”，“級次3，科目編碼12430101，科目名稱-液晶”，“級次 4，科目編碼1243010101，科目名稱-32寸”。在設定會計科目時需要注意以下問題：
(1)科目設定要規範。在設定一級科目編碼時必須符合財政部門制定的會計制度中的有關規定，設立明細科目編碼除會計制度有規定的以外，應該按上級主管部門和本單位的管理要求設定，以保證科目程式碼的規範系統性和統一性。要保證每一個程式碼對應於一個會計科目，但如果同名的明細科目分屬不同的上級科目，則可以被系統接受而不認為是同名的會計科目。
(2)科目的設定要具有明晰性。在滿足管理要求和適應計算機處理的前提下，力求程式碼簡單明瞭、位數越短越好，既便於記憶又能提高錄入憑證的速度。
(3)科目設定要有擴充套件性。一旦系統初始化完成，新增加科目就侷限在一定的範圍內進行，只有來年再建新賬時，才能得到修補。所以，在科目編碼時，至少要考慮到本會計年度內科目編碼的.擴充套件性，以免在以後的核算工作中出現科目無法增加的麻煩。
3.資料的設定
完成科目設定後，即可將各科目餘額輸入系統。賬務系統在一月份啟用時只需輸入上年餘額即可，上年餘額既是年初餘額又是一月份的期初餘額。如賬務系統在其他月份啟用，除需要輸入啟用月份餘額外，還必須輸入年初餘額和一月到啟用賬務系統之前各月的累計發生額，這是為會計報表所準備的資料，如不輸入累計發生額，由於會計資料缺乏連續性，在以後的查詢及報表中如需要全年累計發生額，系統將無法提供正確的資料。嚴把資料錄入關，在機制賬中，記賬，彙總，試算平衡，對賬，編制報表等一系列工作會由計算機根據錄入的憑證和設定的公式完成。因此，資料錄入和稽核是電算系統中的關鍵環節。建賬後要先錄入期初餘額的發生額，經試算平，確保各賬戶餘額與手工餘額相等後方可錄入憑證，憑證錄入時要特別注意明細科目，借貸方向，數量金額等，資訊不得有誤，憑證錄入後要由專人負責稽核。發現錯誤要督促制單人及時改正，只有稽核無誤的憑證方可記賬。
在實際操作中大部分財務軟體都提供了簡化操作的方法，即只需輸入最底層明細科目的年初餘額和累計發生額，期初餘額和各上級科目的年初餘額、累計發生額、期初餘額則由計算機自動彙總。如果設立了輔助核算專案，各輔助核算專案的年初餘額和累計發生額也需在初始化時輸入。餘額輸入完成後，計算機能檢測餘額是否平衡。在確認各項餘額輸入無誤後，即可結束建賬，固化餘額，避免以後對初始餘額的錯誤修改。及時做好資料備份，一旦系統出現故障丟失資料時可及時恢復，這是電算化中的一項重要工作。
4.憑證型別的設定
在手工賬方式下，會計人員可將記賬憑證分為收、付、轉憑證，來處理經濟業務。也可根據單位的實際情況設定憑證型別，比如收支業務較多的單位，還可分為現收、現付、銀收、銀付和轉賬五類憑證。業務較少的單位，可以不進行憑證分類，只設置一種通用格式記賬憑證。記賬憑證分類不是一個必選專案，可以只用一種通用記賬憑證格式。省去必要麻煩，不會影響到記賬憑證的查詢和憑證的輸入速度。
5.報表初始化的設定
在商品化的財務軟體中通常都預置了通用的標準格式的會計報表，但除通用會計報表外，單位一定還需要其他的一些報表如銷售業績表，股利分配表等，這些報表是無法預置的，需要重新設定。報表通常由表標題、表頭、表體、表尾四部分組成，其中表體的設定是關鍵所在。表體中有兩類資料，一類是固定的表專案;另一類是變動的數值性資料。數值性資料須設定取數公式，從賬簿、其他報表中取來，隨賬簿中的資料變化而變化。定義完報表以後還應該注意報表的校驗公式的定義，校驗報表內部、報表之間的勾稽關係，避免出現錯誤。