材料與方法主要是說明研究所用的材料、方法和研究的基本過程，它回答“怎樣做”的問題，起承上啟下的作用。材料是表現研究主題的實物依據，方法是指完成研究主題的手段。材料與方法是科技的基礎，是判斷論文性、先進性的主要依據。它可以使讀者瞭解研究的可靠性，也為別人重複此項研究提供資料。
材料與方法的標題因研究的型別不同而略有差別，調查研究常改為“物件與方”，臨床試驗則用“病例與方法”。不同型別研究的材料與方法的寫作也不完全一樣。實驗研究要交待實驗條件和實驗方法。
①實驗條件包括實驗動物的來源、種系、性別、年齡、體重、健康狀況、選擇標準、分組方法、麻醉與手術方法、標本製備過程以及實驗環境和飼養條件等。
②實驗方法包括所用儀器裝置及規格、試劑、操作方法。
③試劑如系常規試劑，則說明名稱、生產廠家、規格、批號即可；如系新試劑，還要寫出分子式和結構式；若需配製，則應交待配方和製備方法。
④操作方法如屬前人用過的，眾所周知的，只要交待名稱即可；如系較新的方法，則應說明出處並提供；對某方法進行了改進，則要交待修改的根據和內容；對創新的方法，要注意不要將新方法的介紹和運用該方法研究的新問題混在一篇論文中，若論文系報道新方法，則應詳細的介紹試劑的配置和操作的具體步驟，以便他人學習和推廣。
臨床研究的物件是病人，應說明來自住院或門診，同時必須將病例數、性別、年齡、職業、病因、病程、病理診斷依據、分組標準、疾病的`診斷分型標準、病情和療效判斷依據、觀察方法及指標等情況作簡要說明。上述內容可根據研究的具體情況加以選擇說明，並突出重點。
①對研究新診斷方法的論文，要注意交代受試物件是否包括了各類不同患者（病情輕重、有無合併症、診療經過等），受試物件及對照者的來源（如不同級別的某病患病率及就診率可能不同），正常值如何規定，該診斷方法如何具體進行等等
。②研究疾病臨床經過及預後的論文，要注意說明病人是在病程的哪一階段接受，病人的轉診情況，是否制定了觀察疾病結果的客觀標準。
③病因學研究論文則要交代所用研究設計方法（如臨床隨機試驗、佇列研究等），是否做劑量-效應觀察。
④對臨床療效觀察研究來說，主要說明病例選擇標準，病例的一般資料（如年齡、性別、病情輕重等），分組原則與樣本分配方法（配對、配伍或完全隨機），療效觀察指標和療效標準。
⑤治療方法如系手術，應註明手術名稱、術式、麻醉方法等；如系藥物治療則應註明藥物的名稱（一般用學名而不用商品名）、來源（包括批號）、劑量、施加途徑與手段、療程，中草藥還應註明產地與製劑方法。
在材料與方法中，還應簡要的說明在什麼條件下使用何種統計處理方法與顯著性標準，必要時應說明手段和軟體名稱。