醫學論文的撰寫方法，不單是一般文章的寫作技巧和語言修辭，而是研究方法和研究過程在文字上的一種科學的表述和再提高，是撰寫者在實際過程中知識廣度和綜合能力的體現，也是醫學科學自身發展的結晶。醫學論文的撰寫一般分為資料的準備、構思、擬定提綱、擬寫草稿、修改等過程。
一、資料的準備
首先是圍繞問題收集資料和研究資料，雖然在課題研究或臨床觀察之前，已對有關資料和學術動態進行了蒐集和分析，但是在撰寫科研論文時仍要查閱大量有關文獻，以作為對已掌握的文獻的補充、有人作過統計，國內外多數科學工作者查閱文獻的時間約佔整個科研工作的三分之一，如果沒有這些最新的參考文獻，要想使論文達到新穎和獨創性是不可能的。由此可見，查閱蒐集文獻在整個科研和寫作過程中的重要性及必要性。
蒐集資料的目的，是為撰寫論文開拓思路，提供理論依據。因此在蒐集資料時，應根據論文的需要，把與科研課題有密切關係並要引用的資料做好卡片，註明文獻的出處、作者、題目、雜誌名稱、卷、期、頁數、年代等，漏一不可。否則等到文章寫好後，註明參考文獻時才發現缺少專案，又得重新查詢，白白浪費時間。
一般蒐集資料分三步法：①根據研究課題選擇檢索工具；②確定檢索方法；③查閱原始文獻。
蒐集論文需要的文獻資料應特別注意以下幾方面的內容：①在方法上沿用前人的.，或在前人的基礎上加以改進的；②在理論認識上支援本文觀點的；③前人研究的結論與自己文章所述不同，需要加以說明的；④前人對本文所研究的問題存在爭議和正在探討的。將這些資料蒐集好後，編好序號，以備撰寫文章時使用。
其次是對研究材料的準備工作，它包括對材料的取捨和整理，對實驗觀察資料資料的分析處理，合理選用適當的圖、表和照片等等。這部分工作有時在試驗結果分析時已經完成。
第三是提煉觀點，明確結果，提出結論。在上述準備工作完成以後，要根據有關文獻資料和實驗觀察所得的資料，重新核對試驗設計中所包含的思想，運用辨證唯物主義的觀點，分析一下設計中哪些觀點在理論上成立，而在試驗中得到證實；哪些觀點在試驗中沒有得到證實或未完全證實，需要修改；哪些現象和指標超出原來設想，而且可能有新的啟示，需要進行新的分析。通過對試驗材料的分析，提煉出試驗材料能說明的觀點和能得到的結果，提出結論，使試驗材料和理論認識充分結合起來。
通過以上的準備工作，使理論和實踐達到充分的統一，從而提高論文的水平。
二、構思
構思是對整個文章的佈局、順序、層次、段落、內容、觀點、材料、怎樣開頭和結尾的思維，構思是寫文章不可缺少的準備過程，構思時文章的主題中心要明確，用以表現的材料要充分、典型、新穎，結構上要嚴謹、環環相扣，只有潛心構思，才能思路流暢，寫好提綱和文章。
三、擬定提綱
撰寫論文之前，應先擬定提綱作為全文的骨架，使其形成結構，疏通思路的作用。擬定提綱，一方面可幫助作者從全域性著眼，明確層次和重點，文章才寫得有條理，結構嚴謹。另一方面，通過提綱把作者的構思、觀點用文字固定下來，做到目標明確，主次分明，隨思路的進一步深化，會有新的問題、新的方法和新觀點的發現，使原來的構思得到修改和補充完善。