（一）體制機制改革與管理創新
我院從國家戰略需求和世界科學發展總體趨勢出發，進行了建院50年來涉及面最廣、影響最為深遠的科技佈局和組織結構調整、執行機制改革和管理創新，初步形成了適應科技創新和產業化要求、與國際基本接軌的體制結構和制度體系。
1.科技佈局與組織結構調整
我院相繼組建了由若干研究所組成的跨學科或跨地域的知識創新基地，整合了一批同領域或地域的研究所，組建了若干大型研究機構，如數學研究院、上海生命科學研究院等；在一些新興、交叉學科新建了地球環境研究所、上海神經科學研究所等2個研究所，正在籌建基因組研究所、營養與健康研究所和青藏高原研究所等3個研究所，組建了若干非法人研究單元。
按照“高起點、高目標、高標準”的原則，嚴格進入試點程式，基本完成了研究所層面的組織結構調整。全院研究機構由1998年的119個減少到目前的84個，其中14個技術開發型研究單位轉製成為企業，並按照國務院的統一部署進行了院部和分院機關的改革。
我院實施了科技創新戰略行動計劃，確立了資訊科學與技術、生命科學與生物技術、物質科學與新材料等9個優先發展領域，部署了一批重大創新專案、重要方向性專案和領域前沿專案。
經國務院批准，我院率先進行了國有資產管理體制改革，成立了“中國科學院國有資產經營公司”，進一步加強了對院所兩級經營性國有資產的管理。截止2002年底，院屬企業已完成改制357家，佔需改制企業總數的93%。
在教育部大力支援下，我院對研究生教育體系進行了重大改革，正式成立了中國科學院研究生院，形成了以研究生院為主體的網路式研究生教育體系。
2.執行機制改革與管理創新
我院全面改革了用人制度。普遍實行了以“按需設崗、按崗聘任、擇優上崗、開放競爭”為主要內容的.崗位聘任制，取消了傳統的專業技術職稱評審制度，初步建立了“崗位聘任、專案聘用和流動人員相結合”的新型用人制度。
建立了新型分配製度。全面實行了體現績效優先原則的“基本工資、崗位津貼、績效獎勵”三元結構分配製度，逐步試行了法定代表人年薪制，將廣大職工的切身利益與事業發展緊密結合起來，有力地調動了廣大科技人員，特別是科技將帥人才的積極性。
改革了資源配置制度。確定了“整體規劃、保證重點、擇優支援、鼓勵競爭、優化配置、動態調整”的資源配置方針，初步形成了有利於資源整合和提高使用效率的機制。
進一步完善科技評價體系。按照“質重於量、分類評價、公開公正、科學嚴肅”的原則，對研究所逐年進行以科技創新貢獻為核心的評價，並依據評價結果，對績效優秀的研究所給予獎勵，對少數相對發展較慢的研究所則扣減試點經費。研究所也普遍建立了對研究室（組）及個人的考核評價制度，部分研究所還主動試行了國際評估。
深化了幹部任用制度改革。我院按照中央的精神，進一步完善幹部選拔任用機制，研究所領導幹部隊伍“四化”建設取得明顯成效；積極推進幹部交流，建立與完善了向地方選派科技副職和吸收地方領導幹部到我院掛職工作的制度。
（二）人員結構調整與隊伍建設
我院大力加強了創新隊伍建設，初步形成了一支層次分明、結構合理、精幹高效、動態更新的創新隊伍，科技隊伍的代際轉移已順利實現。
隊伍素質明顯提高，青年科技骨幹迅速成長。截止2002年底，我院共有356人獲得“國家傑出青年基金”資助，佔全國總數的35%，其中6人先後當選為中國科學院院士，近70人擔任了所級以上領導職務，27人次先後獲得中國青年科學家獎。在財政部支援和指導下，通過“引進海外傑出人才計劃”和“百人計劃”等，共招聘836位優秀科技人才，其中1998年以來從海外吸引傑出人才580人，有155人入選後獲得“國家傑出青年基金”的資助。