一、載體壽命的差異
紙張的耐久性取決於纖維素的性質，儘管纖維素在一定的條件?如高溫、高溼、酸、酶、氧化劑等?下，可發生水解和氧化反應，但只要我們在檔案保護過程中，注意排除發生兩大化學反應所需要的條件，就可以使紙質檔案的壽命達到上百年甚至上千年。
電子檔案的載體材料是磁性物質和光碟。聚酯底基是磁碟和磁帶的支援體。聚酯底基具有易產生靜電而吸引塵埃導致捲曲、易與磁粉脫離、伸長後不易恢復等缺點。粘和劑起著連線底基和磁粉的作用，它具有易熱脹冷縮、磨損、脫落、粘連、生黴等缺點，直接資訊再現。磁粉中的磁性氧化物顆粒的剩磁感應強度是記錄和再現資訊的決定因素，它極易受外磁場影響而導致退磁、消磁等。光碟是利用鐳射進行資訊存取的，它呈圓盤狀，由盤基、記錄介質和保護層等部分組成。光碟常用的記錄介質主要有碲、碲合金、硒、碳鋁化合物以及一些在鐳射熱效應作用下易產生物化性質變化的材料。這些材料不穩定、易氧化、易與鹼溶液發生反應。與紙質檔案載體相比，電子檔案載體材料的壽命要短得多，一般僅為５—１５年。
二、環境條件影響的差異
１、溫溼度影響的差異。不適宜的溫溼度對磁性載體、光碟和紙張均有影響。對紙張而言，高溫高溼，可促進紙張發生水解－氧化反應，加速紙張內部不利化學成分對紙張的影響，也可使字跡材料發生擴散、洇化現象。而電子檔案載體受溫溼的影響方式截然不同。在溫度過高或過低條件下，聚酯底基易膨脹或收縮變形，光碟載體中使用的塑料、鋁和多碳材料也會彎曲變形，影響鐳射束精確定位和資料的讀寫。實驗證明，儲存紙質檔案的標準溫度為１４℃— ２４℃，相對溼度為４５％— ６０％，而儲存電子檔案的理想溫度為１６℃—２０℃，相對溼度為４０％±５％，可見，溫溼度對電子檔案和紙質檔案的影響程度是不同的。
２、灰塵影響的差異。灰塵對紙張的危害主要是機械磨損紙張、使紙張發生粘結而形成“檔案磚”、給紙張帶來黴菌等。而灰塵對電子檔案載體的損壞主要有物理損壞、化學損壞和生物損壞。物理損壞是指汙染、劃傷磁碟、磁帶、光碟表面，造成記錄資訊的損毀；化學損壞是指灰塵中所含的化學成分會不同程度地引起磁碟、磁帶、光碟載體腐蝕、降解等化學作用而毀壞，造成記錄資訊消失；生物損壞是指灰塵是黴菌孢子的傳播者，也是黴菌的培養基、繁殖地，黴菌分泌的酶和有機酸會損壞磁性載體和光碟，使資料丟失。綜上所述，灰塵均可以損壞紙張和電子檔案載體。只是對紙張而言，即使灰塵已經對其產生實質性的損害，如磨損紙張、形成“檔案磚”、產生色斑和黴斑等，也可通過修復手段在很大程度上恢復其所記錄資訊。而灰塵一旦對電子檔案載體造成危害，載體上所記錄的資訊可能會區域性丟失，在機系統上便無法讀出原始資訊，使電子檔案失去儲存價值。因此，防止灰塵對電子檔案載體的危害有特別重要的意義，在電子檔案形成和使用過程中，要採取嚴密的防灰塵措施。
３、外來磁場和機械震動影響的差異。磁場和機械震動對紙質檔案無任何影響，而對電子檔案的磁性載體則是最重要的影響因素。外來磁場作用於磁性載體，能使磁性塗層的剩磁發生消磁或磁化，造成訊號失落或信噪比降低，破壞記錄資訊，影響讀出效果。此外，強烈的機械震動也會影響磁性載體材料中磁分子的排列次序，造成剩磁衰減，從而破壞記錄訊號。因而要防止外磁場的影響，如遠離強磁場，將磁性載體存放在有抗磁性的框架內或金屬盒內等等，並避免強烈的機械震動。
４、光線和有害氣體影響的差異。光線和有害氣體對紙張的危害主要是促進紙張發生水解?氧化反應，導致紙張強度的降低。而有害氣體和光線?特別是紫外線?對電子檔案的破壞力更大。有害氣體?主要是二氧化硫、硫化氫、二氧化氮和氯氣等?具有酸性和氧化性，在一定條件下，腐蝕、破壞磁性載體和光碟，致使盤基?帶基?老化、變質和磁粉脫落，使電子檔案資訊丟失。光線能使電子檔案載體材料發生光氧化反應，使盤基?帶基?老化，強度下降。同時，紫外線的能量足以破壞磁性載體的剩磁的穩定性，導致訊號衰減，影響磁性記錄資訊的讀寫效果。
三、技術壽命的差異
紙質檔案一旦形成，其製成材料——紙張、字跡材料、字跡三者永遠結合在一起，它的壽命與其內部諸因素和保護環境條件有關。而檔案的壽命不僅與其內部諸因素和保護環境條件有關，更與技術革新有關。因為電子檔案是通過機將資訊與載體結合在一起而形成的，必須通過計算機才能識讀。一旦技術過時，則載體上的資訊就無法讀出。技術過時的表現有兩個方面，一是技術革新，使舊的存貯技術消失。二是由於商業性的原因，使由單個廠家生產或銷售的電子檔案裝置會由於廠家的破產或改變產品生產而很難找到配套產品。一般說來，大多數電子檔案載體的預期壽命都超過了識讀它的硬體和軟體的技術期限，也就是說，技術過時對電子檔案安全性的顯得更為重要。因此，對於電子檔案中數字化資訊的長期存取而言，技術過時比載體損壞是更為嚴重的.危害。針對技術過時，歐美國家在上提出三種解決辦法：將閱讀電子檔案的裝置與軟體儲存到某種技術博物館中；在紙與縮微膠片上製作拷貝；將電子檔案轉換為儘可能中性格式的文件。這三種只能是在沒有其它更好措施的情況下的暫時性辦法，因為隨著需要儲存的電子檔案數量的增大，這三種方法都將花費大量的人力物力。最近，資訊專家提出了用標準化的方法，即用國際標準化組織用於連線開放系統的互連標準����麱?|銂?ＯＤＡ／ＯＤＬＦ，ＩＲＤＳ……?，使不同系統和不同軟體的資料可以進行互換。這種方法不失為解決技術過時的新途徑。
四、資訊保護的差異
紙質檔案保護工作的目標是使檔案的載體——紙張“延年益壽”，因為載體和記錄的資訊是結為一體的，保住了紙質檔案的形體，以文字記錄的資訊就得以儲存。對電子檔案而言，資訊與載體是可分離的，電子檔案資訊與載體的可分離性使檔案資訊隨時面臨著被修改、盜竊，甚至被銷燬的危險。此外，電子檔案資訊保護方面還面臨一個不可忽視的隱形殺手——電腦病毒。電腦病毒是一種程式，它通過修改其它程式，並把自身的拷貝嵌入而實現對其它程式的傳染。因此，如何保護資訊不受損害是電子檔案保護的重要課題。
，保護電子檔案資訊不被修改、盜竊、刪除的技術途徑主要有防火牆技術、存取許可權控制、資料加密法、數字水印法、數字時間印章法等。其中，資料加密法是指按確定的加密變換方法對未經加密的資料作處理，使其成為難於識讀的資料；數字水印法是利用某種技術方法把作者的標誌?如印籤、花紋等?隱藏於電子檔案中，電子檔案如被拷貝時，這些標誌是不會被拷貝的。這些保證了電子檔案資訊的唯一屬性。數字時間印章法用來確保電子檔案資訊的真實性和原始性不受損害，若歸檔的電子檔案被修改、刪除，該檔案生成時在網上登記的時間是無法改變的。然而，保護電子檔案資訊的技術只能是相對的，因為電子檔案的加密和解密技術都在不斷地。