初創公司必須製作相應的商業機密檔案，並嚴格保守這些祕密。商業機密可能包括任何可給保守祕密者帶來經濟價值、但眼下尚不為其他人所知的資訊、過程或者技術。商業機密不同於專利，這在某種程度上是由於其範圍更廣，而且必須保密。實際上，每家初創公司都會擁有許多富有價值的商業機密。將來有一天，其中一些商業機密有可能就成了專利。
公司員工（入職時）需要簽署員工協議，該協議強制性說明，公司機密只能用於公司業務。在合營企業與其他公司和第三方的協議中，亦應使用同樣的檔案用語，以確保公司商業祕密得到保護。
接下來，公司需要採取措施，確定哪些內部資訊屬於商業機密。首席技術官或者首席法務官應該鼓勵員工，不僅要明確公司的核心商業機密，還要將之製作成有約束力的法律檔案。在生成檔案之後，還應該建立責任制，以保護這些商業機密，其中包括限制員工和第三方的訪問許可權，將關鍵檔案和電子文件設為保密級，並且要求特別口令保護。
公司還需要密切關注員工開發的商業機密，確保隨時記錄新的商業機密，並將之納入到保密計劃中。當員工離職時，他們（往往還包括他們的新僱主）應該得到警告，禁止他們在下一任工作中使用前任公司的'商業機密。如果懷疑有人不恰當地使用了公司的商業機密，應該馬上強制性隔離離職員工的計算機或者檔案，並僱傭法庭專家對事件進行深入調查。
最後，在僱人時還要提高自我保護意識。確保新員工明白，他們因其智力和技能而被僱傭，而非公司企圖從他們那兒獲取其前任僱主的商業機密。熱心過度的員工往往認為，他們可以通過使用前任工作中的商業機密資訊，縮短開發過程，但是正是其此舉毀了初創公司，而且有時造成了無可挽回的損失。2006年，一名前IBM員工就曾將一份機密級IBM備忘錄，發給了他在惠普公司（HP）的新上司。備忘錄中包括IBM的商業機密--商業計劃和技術。惠普公司被迫解僱了該員工，並將此事通報給了IBM和聯邦調查局，而且還得協助美國政府進行長達數年的聯邦調查，並最終起訴該名偷竊IBM商業機密的員工。
千萬不要重蹈此覆轍。從新員工報到伊始，就向其清晰闡明：他們不應該攜帶與其前任工作有關的任何機密材料或者資訊，而且也不應該使用其他公司的商業機密。
如果你為公司的合同關係建立了書面檔案，而不僅僅是做出口頭或者非正式的合作協議，並且注重保護公司的商業機密，那麼你就可避免許多初創公司常犯的低階法律錯誤。