“加強非公有制企業黨的建設，企業黨組織要貫徹黨的方針政策，引導和監督企業遵守國家的法律法規，領導工會和共青團等群眾組織，團結凝聚職工群眾，維護各方的合法權益，促進企業健康發展。”這是經過修改的黨章中第一次對非公有制企業中黨的基層組織的職責和任務作出了明確規定，指明瞭黨組織發揮作用的途徑和方法。在非公有制經濟組織中開展黨的工作，是增強和擴大黨的階級基礎和群眾基礎的重要保證，是新時期拓展黨的建設的新領域，是實踐“三個代表”重要思想的戰略要求。近些年來，與非公有制經濟的迅猛發展相比，非公有制經濟組織中的黨建工作相對滯後。因此,在非公有制經濟組織建立黨的基層組織，充分發揮黨組織的作用，已成為當前黨的建設工作中急需解決的重要課題。
一、目前非公有制經濟組織黨建工作中存在的主要問題
問題一：黨組織的建設滯後於非公有制經濟組織的發展。
近幾年，隨著經濟體制改革的不斷深入，非公有制經濟組織迅速發展。面對新的形勢，各級黨組織對在非公有制經濟組織中建立黨組織認識還不夠到位，工作措施還不夠得力，黨組織組建工作滯後於非公有制經濟組織的發展。
問題二:非公有制經濟組織性質決定了黨建工作存在一定困難。
非公有制經濟組織，它的財產具有私有性，員工具有“僱傭”性，業主對企業領導有絕對的權威。因此組建黨組織、開展黨的工作在一定程度上依賴業主的認同。由於部分業主對組建黨組織工作認識不一，心態比較複雜，有的甚至存在牴觸情緒，導致這些企業的黨組織組建工作難以順利實施。
問題三:非公有制經濟組織自身的不穩定性，不同程度地制約和影響著黨建工作。
非公有制企業從業黨員流動性大，數量不固定，黨組織不夠穩定。就我縣而言,非公有制經濟組織以小企業為主，佔98%以上。由於企業規模小，黨員數量少，黨員流動性大，“朝增暮減”的現象比較普遍，致使部分企業黨組織組建後得不到鞏固。
問題四:黨的力量比較薄弱。
雖然少數非公有制經濟組織符合成立黨組織條件，但由於種種原因不能及時組建黨組織，導致覆蓋面無法擴大。另外，由於非公有制經濟組織中黨員人數偏少，與員工數量相比比例偏低，致使黨組織的影響力和作用發揮受到限制。
問題五:黨組織關係不順。
目前非公有制經濟組織黨的組織隸屬關係主要採取屬地管理的辦法，但沒有明確的規定，造成一些非公有制經濟組織黨建工作無人管理的現象。同時非公有制經濟組織黨建工作的責任機制還不夠健全，黨委工作部門工作力量薄弱，職責不明，遇到問題時互相推諉，黨的建設工作尚未形成有效合力。
二、非公有制經濟組織黨建工作中存在問題的原因
(一)思想認識上的誤區，使非公有制經濟組織黨建工作思想基礎脆弱。
從不同層次的思維主體來分析，主要有以下四種思想傾向：一是有些上級行業和主管部門黨組織報著無所作為——有“消極觀望”思想傾向。有些同志沒有把非公有制經濟組織黨建工作擺上議事日程，工作普遍無指導、無要求、放任自流。二是黨員的複雜、懈怠心態——“打工僱傭”思想傾向。在非公有制經濟組織裡，業主和黨員職工是雙向選擇關係，很多黨員認為自己是臨時的，流動性比較大，飯碗掌握在“老闆”手裡，隨時有“炒魷魚”的可能，難以把自己的個人目標同非公有制經濟組織黨的整體目標、企業發展目標有機結合在一起，難以行使黨員的權利和承擔黨員的義務，失去了黨員應有的作用。三是非公有制經濟組織黨組織理不直、氣不壯——“配角從屬”思想傾向。部分黨員認為，建立黨組織和開展黨建活動，受制於業主的制約和約束。四是價值利益的多元化，使得年青人不願靠攏黨組織——“急功近利”思想傾向。
2、非公經濟組織黨的建設缺少堅實的物質保證和後盾非公有制經濟組織產權私有，除了對非公有制經濟組織實行依法管理外，對其生產經營、組織機構設定、人事用工制度等缺少調控權。這就導致了在非公有制經濟組織設定黨組織，或者開展黨的活動，對業主依賴性很大。