自2009年開展全日制專業學位研究生教育以來，河海大學以服務行業需求為主線，以提升學生實踐能力為抓手，提出了“重基礎、強實踐、拓素質”的專業學位研究生培養理念，建立了“知識、能力與素質”和“大學、企業與政府”相互作用的雙三螺旋人才培養模型，確立了“校內培養+基地培養”、“知識構建+工程實踐”的專業學位研究生“1+1”培養模式，實現了企業、學生、學校的“三贏”局面。
打造三類基地，建立穩定的培養實踐平臺
學校充分發揮水利行業特色優勢，構建了學校與政府、學校與行業、學校與企業三種類型研究生聯合培養基地。截止2015年10月，已建立研究生聯合培養基地165家，遍佈22個省(市)，覆蓋了水利、土木、交通、環境、電力以及新材料、新能源等行業，為相關行業聯合培養高層次應用型人才。學校分類別建立培養基地建設標準和流程，強化分類管理、分類考核。同時，學校聘任基地導師1400餘名，實行專業學位研究生校內導師和基地導師 “雙導師制”培養。
推進三重開放，構建多維一體的合作培養模式
推進教學、科研資源對行業企業開放，為基地依託單位的學習進修和業務培訓提供支援，面向在職人員開展不同層次的學歷教育，與基地單位聯合開展科研攻關。推進開放辦學，加快國際化合作培養步伐，與國際上培養專業學位研究生具有較高水準的高校如法國杜埃礦業學院、里爾大學合作培養工程師，頒發河海大學碩士學位證書和法國工程師學位證書。推進研究生培養基地之間交流互通，定期召開基地單位經驗交流會、分片區的基地單位聯席會議等，促進基地單位之間共享人才培養經驗，打造就業聯盟。
注重三個結合，構建適應現代行業發展所需的教學體系
一體化設計理論教學與實踐教學，突出科技與人文相結合，理論與應用相結合，校內與校外相結合。建立基礎模組、專業模組、人文模組、工具模組、複合模塊五大模組化課程體系。改革教學方式，加強案例教學和研討式教學，聘請行業實踐經驗豐富的專家開設應用性課程，提高學生實踐應用能力。此外，還構建了課程學習、工程實踐、學位論文的全過程質量評價體系，針對不同的培養階段，制訂了相應的考核標準，確保各個環節的人才培養質量。
促進三個聯動，實現招生、培養、就業一體化設計
在招生環節，試行訂單式招生，邀請基地單位參與研究生的面試、錄取工作，與企業簽訂聯合培養協議，使學生提前進入職業生涯發展規劃。在培養環節，邀請基地導師來校授課，參與培養方案的修訂，提高理論學習與實際應用的契合度;學生赴基地進行“頂崗實踐”，提高解決工程實際問題的能力，突出職業能力的培養。在就業階段，學生實踐結束考核結果優秀，可與基地單位簽訂就業協議，儘快適應角色的轉變。
實施三重保障，頂層設計確保培養過程的規範化運作
河海大學與聯合培養單位共同成立研究生培養基地建設管理委員會，下設基地管理辦公室，共同負責研究解決基地建設、發展和執行中的重大問題，為聯合培養提供了組織保障。制定系統的規章制度和管理細則，圍繞專業學位研究生培養、基地建設、學生管理、導師管理、學位管理等作出規範性檔案，為聯合培養提供製度保障。學校給予基地導師3000元/生，基地管理人員1000元/生的工作津貼，基地單位支付給研究生每月不少於800元的生活補助，同時為研究生提供必需的辦公場所、裝置和住宿條件，為聯合培養工作的有效開展提供了物質保障。
目前，學校共有12種碩士專業學位類別，其中工程碩士專業學位涉及19個工程領域，每年培養1200餘名專業學位研究生。在長江三峽、黃河小浪底、南水北調、西部水電開發等一大批世界矚目的特大型水利水電工程建設中，都提供了廣泛的智力支援和專業服務。3名工程碩士被評為“做出突出貢獻的工程碩士學位獲得者”，2名全日制專業學位研究生被評為第一屆“工程碩士實習實踐優秀成果獲得者”。水利部淮河水利委員研究生培養基地被評為第一屆“全國示範性工程專業學位研究生聯合培養基地”。學校榮獲2014年首屆“中國學位與研究生教育學位研究生教育成果獎一等獎”，高等學校水利類專業教學成果一等獎，2015年江蘇省研究生培養模式改革成果一等獎。
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