史前時期
由化石及使用工具顯示直立人約在150萬至3.5萬年前生活於印度尼西亞群島。稱之為爪哇猿人。智人約於4.5萬年前進入該地區。於2011年在鄰國東帝汶發現遺蹟，推測在4.2萬年前當地居民及有高超的航海技術;由於發現捕捉及食用大量深海魚如鮪魚，可能具備跨海至澳大利亞或其他島嶼的技術。
南島民族由臺灣移居東南亞，約於公元前2000年移入印度尼西亞，構成現代多數印度尼西亞人，且遍佈於群島，侷限了美拉尼西亞人分佈範圍，美拉尼西亞人僅分佈在印度尼西亞東部。最早於西元前八世紀具備理想的農業環境及掌握水田種稻，促使村莊、城鎮、及小型王國於西元1世紀興起。印度尼西亞航道的戰略重要性促進了島嶼間及國際貿易，包括於公元前數世紀時即建立與印度及中國間的貿易關係，貿易也在印度尼西亞歷史上具有重要地位。
古代社會
雕刻於婆羅浮屠上的婆羅浮屠船，完成於西元800年。印度尼西亞舷外支架最早可能於1世紀起即遠達非洲東岸進行貿易。早在前2世紀後半期，在印度尼西亞群島出現了最早的國家葉調[1] 。由於農業社會發展，於3-7世紀，印度尼西亞境內出現多小王國和部落，如達魯曼、訶陵和古泰等。這些古老王國與中國、印度甚至希臘間有貿易往來。在此時期，印度教已傳入印度尼西亞某些地區。
7-11世紀，海上商業帝國室利佛逝由於貿易而興盛，而貿易也帶入印度教及佛教;於8-9世紀，阿拉伯人幾乎取代了印度的商業勢力。馬打蘭王國於達瑪旺沙(Dharmavamsa)在位期間曾對室利佛逝發動戰爭，而後室利佛逝對馬打蘭王國發動反擊。印度注輦王朝崛起，因貿易上與室利佛逝利益衝突加劇而在11世紀初襲擊室利佛逝，使室利佛逝逐步沒落，至13世紀更面臨湄南河流域素可泰王國及東爪哇信訶沙裡的挑戰，最後室利佛逝於14世紀末亡於滿者伯夷。8-10世紀間，爪哇島上的農業佛教國夏連特拉王國及印度教國馬打蘭王國在此期間歷經繁盛至沒落，留下了雄偉的遺蹟如夏連特拉的婆羅浮屠及馬打蘭的巴蘭班南，13世紀末14世紀初，印度尼西亞歷史上的大帝國滿者伯夷在東爪哇建立，至加查·瑪達(Gajah Mada)統治時期，採行擴張政策，版圖包含現今大多數印度尼西亞及部分馬來西亞地區。鄭和下西洋曾經過印度尼西亞，並在馬六甲有外交活動。
雖然穆斯林商人於伊斯蘭時代初期即抵達東南亞，但跡象顯示穆斯林最早於13世紀居住於蘇門答臘北部，印度尼西亞其他地區逐步採行伊斯蘭教，伊斯蘭教在爪哇及蘇門答臘地區至16世紀末才成為優勢宗教。伊斯蘭教通常與已存在的文化及宗教綜攝並受之影響，伊斯蘭教的包容性使之在印度尼西亞的傳播具有優勢，此情形在爪哇最為顯著。
殖民地時期
原生於班達群島的肉豆蔻，曾為世界上最具價值的商品。歐洲因而將殖民勢力帶入印度尼西亞。印度尼西亞人與歐洲人首次正規接觸始於1512年，由佛朗西斯科·施蘭(Francisco Serrão)帶領葡萄牙商人尋找並壟斷摩鹿加群島上的肉豆蔻、丁香及蓽澄茄等資源，隨後荷蘭及英國商人也到印度尼西亞。荷蘭於1602年成立荷蘭東印度公司，併成為歐洲位於印度尼西亞的主要勢力，曾遭遇破產及印度尼西亞人民武裝抗爭，東印度公司於1800年解散，荷蘭政府則成立荷屬東印度接管印度尼西亞殖民地。
在多數殖民統治期間，荷蘭在海岸堡壘以外的控制力相當薄弱，直到20世紀初期荷蘭統治範圍才擴張至今日印度尼西亞的版圖。第一次世界大戰完結之後，當地人開始爭取自治。雖然在印度尼西亞獨立戰爭時內部政治、社會、宗派分歧，但印度尼西亞人團結一致爭取獨立。
第二次世界大戰中的印度尼西亞日治時期結束了荷蘭統治，鼓舞了先前被壓抑的印度尼西亞獨立運動。最初日本推行“三亞運動”，但並未獲得認同而告失敗;轉而拉攏國族主義及伊斯蘭力量。日本訓練了年輕人武裝，成為在獨立戰爭中的軍事力量，領袖在此時期也得以深入人群而建立聯絡，均對後來獨立運動有所影響，但戰後聯合國報告指出在日本統治時期有400萬人因饑荒及強制勞動而死亡。
民族獨立時期
蘇加諾為印度尼西亞首任總統。自建國後，蘇加諾一直實施獨裁統治，藉由平衡軍方反對勢力及印度尼西亞共產黨維持其權力[74]。1965年9月30日印度尼西亞發生了“九·三〇”事件，部分印度尼西亞軍方高層意圖推翻蘇加諾政權，後事情敗露被處決，軍事強人蘇哈托鎮壓叛軍後掌握大權，此後蘇哈托組織部隊進行反共清洗和推翻蘇加諾，印度尼西亞共產黨被指控策動政變而受重創，包含華人和印尼共產黨員在內約有50萬人受害。1967年2月，蘇加諾被解除總統頭銜，蘇哈托出任代理總統。1968年，軍隊司令蘇哈托正在出任總統一職。
廢除支那稱呼
印尼總統蘇西洛日前簽署2014年第12號總統決定書，正式廢除1967年第6號通告，把“支那”(cina)改稱“中華”。1967年第6號通告是印尼前總統蘇哈托時代的產物，包含對中國與華人的國格和人格的歧視與侮辱。當地華人表示，40多年來對中國和華人的歧視稱呼將一去不復返了，這是印尼民主政治進步的體現。