一項制度好壞、存廢之關鍵取決於其發展是否具有可持續性。目前，住房公積金制度就遇到了這樣的挑戰，主要是：一公平性問題;二資金貶損問題。解決不好，住房公積金髮展前景堪憂。
首先，公平性問題。常被詬病的是住房公積金“劫貧濟富”—有資料表明，某地住房公積金繳存人數與貸款人數之比為37：1，低收入群體貸款只佔總額3.7%，而高收入群體則佔44.9%，這相當於前者補貼了後者。拋開表象，探究背後，所謂“劫貧濟富”其實是社會財富差距過大的結果。2012年國家統計局公佈吉尼係數為0.474，已超過貧富差距警戒線。有優惠的資金不用，那是“浪費”，高收入的群體大量甚至反覆使用住房公積金無可厚非。“劫貧濟富”的本源不在住房公積金制度，而在於其立足的社會經濟基礎。亦即該“不平”是天生存在的。但天生的“不平”需要後天的管理調適，使之儘可能趨於公平，這是我們應當做卻未做到的。高收入群體對住房公積金的“過度消費”，有助推房價進一步上漲的作用，加之低收入群體住房消費動力相對不足與滯後，當需要住房消費時，低收入群體不得不付出更大的代價。為高收入群體作了“貢獻”，但“傷害”的卻是低收入群體自己的利益，這是最大的弊端所在。除此之外，政策變動頻繁、資金供給不足也是一種“不平”。我們難以迴應為什麼當低收入群體有住房消費資金需求時，有關政策收緊了、條件苛刻了，資金供給也出現了問題。“萬變不離其宗”。住房公積金的“宗”是什麼?此未明確，所有的“變”只能是隨機應變，難言公平。
其次，資金貶損問題。據有關報道，2010年安徽省住房公積金增值收益率為1.68%、2011年江蘇揚州市為1.6%、2012年山東泰安市為2.36%，全國情況應大致相當甚至更低，而同期CPI分別為3.3%、5.4%、2.6%，兩相比較，均為負數，亦即住房公積金年年貶值。如果將CPI環比增速的影響考慮在內，貶值將更嚴重。這也說明了為什麼近幾年滿街都是提取住房公積金的小廣告，卻屢禁不止。不僅如此，因特網上提取住房公積金的廣告亦是大張旗鼓，比比皆是。徒法不能自行，它需要人們普遍遵守，但前提是法為“良法”。住房公積金制度是一項好制度，為什麼人們卻要付出不菲的費用違法騙提、套提住房公積金?一個簡單而過硬的道理：我的錢，放在你那裡不能用，還貶值，為什麼不取出來!就此，如何應對十分關鍵。應對不了，應對不好，住房公積金的根基將被動搖。
著眼長期、可持續發展，筆者認為應從以下三方面解決上述問題：第一，再明確住房公積金的定位。住房公積金作為長期住房儲金，應當用於職工購買、建造、翻建、大修自住住房，《住房公積金管理條例》(下稱《條例》)有明確規定，為什麼需要再定位?嚴格講，《條例》所明確的住房公積金的“定位”只是住房公積金的“外延”，而非“核心”。之說以稱之為“外延”，是因為《條例》規定的是住房公積金使用邊界，非其他，即住房公積金只可在此邊界內活動，不得越界;而於此界內，職工購買、建造、翻建、大修的自住住房是何等模樣卻沒有描繪。現在看來這個內容的缺失是造成住房公積金髮展中諸多問題的根源。此即應為住房公積金的“核心”。所謂核心，簡單講就是將事物從外至裡層層分解，直至不能分解所餘尚可完整體現其性質的精髓部分。我們知道住房有大與小、普通與豪華之分，據此義住房公積金的“核心”必須具有普適性並能夠滿足一個普通家庭生活起居基本需要，應當是各類住房相互交集的那一部分，即最基本自住住房。最基本自住住房是一個標準，它適用於任何人不論其收入高低—一個人就其基本的生活起居需要應當一致。符合此條件的'所謂的標準，只有一個即住房面積，而且在人的高矮、胖瘦等未有大變的情況下，該住房面積應當一定並長期不變。根據一個地方居民平均居住面積來確定住房公積金個人貸款保障面積並不斷調整的做法，不科學也不合理。