南京師範大學體育科學學院歷史悠久。其淵源可追溯到1902年三江師範學堂成立時開設的“體操科”。1916年，南高師設立體育專修科，專門培養體育專業人才。1952年全國高校院系調整，組建南京師範學院，設有專門的體育教研室。1976年，南京體育學院部分教師調入南師建立體育系。2000年，原南京師範大學體育系和公共體育部合併組建南京師範大學體育科學學院。經過幾代人的薪火相傳，歷經近百年的發展，學院已經成為一所辦學層次齊全，集人才培養、科學研究、訓練競賽、科技開發、社會服務為一體的新型學院。
學院下設體育教育系、社會體育系、運動人體科學系（基礎理論系）、公共體育部、場館中心、辦公室等機構。
學院自1984年招收體育教育訓練學研究生以來，已先後建成課程與教學論博士點的體育方向；體育人文社會學博士學位授權點；體育學一級學科碩士學位授權點和下屬4個二級學科碩士學位授予權點；體育專業碩士授權點；招收教育碩士、高教碩士。目前，在讀本科近600人，碩士生近300人，博士生13人。學生曾在奧運會及國際國內體育大賽上獲得優異運動成績，有奧運會冠軍，有世界大學運動會網球女子單打冠軍等等。一直以來，學院以培養“文武雙全、專長突出、人文底蘊厚、綜合素質高”的體育專業人才為己任，為國家和地方培養了大批各級各類優秀體育專業人才。
學院擁有體育學博士後流動站；國家體育總局體育社會科學重點研究基地、國家體育總局體育文化研究基地、教育部體育與藝術師資培養培訓基地；體育學校級重點學科。已同企事業單位建立了密切聯絡，並以掛牌的方式建立了體育學科研究生、本科生實習或社會實踐基地；同時還與國內外兄弟院校建立了體育學術交流與合作關係，並多次承辦國際國內學術會議。
學院現有教職員工105人。其中教師隊伍85人，碩士生導師24人，博士生導師5人，有國際級裁判、國家級裁判16人，國際級、國家級運動健將6人。學院已建成學術型教師和實踐型教師相得益彰、專職教師和校內兼職教師相互補充的師資團隊。
在南京師範大學百年學府“正德厚生、篤學敏行”醇厚風尚的潤澤下，學院堅持“加強學科建設，提高辦學層次，提升科研水平、培養高素質體育人才”的發展理念，圍繞學校“建立綜合性有特色的教學研究型大學”的發展目標，在學院的未來規劃及發展中，將秉承優良傳統，堅持內涵提升與外延拓展協調發展，充分利用綜合性大學的多學科交叉優勢和人才優勢，走可持續發展的道路，努力把學院建設成為國內一流、特色鮮明、面向世界的教學研究型學院。
