控制科學與工程一級學科博士點包含導航制導與控制、控制理論與控制工程、模式識別與智慧系統、檢測技術與自動化裝置和系統工程五個二級學科博士點。南京航空航天大學導航、制導與控制學科1981年獲准為碩士學位授予點;1986年獲准為博士學位授予點;1998年獲准為控制科學與工程一級學科博士後流動站;1994年和2001年本學科二次被評為江蘇省級重點學科，1998年獲得江蘇省優秀學科梯隊的稱號，2000年6月在江蘇省重點學科檢查中獲得了優秀級的成績。2001年8月在國家重點學科評審中，我院導航制導與控制學科進入了預審名單，這標誌著本學科的建設已在全國取得了較大的影響。 2002年本學科被評為國防科工委重點學科。2003年9月獲准為控制科學與工程一級學科博士學位授予點。
本學科點現有教授20名，副教授22名。博士導師17名，其中5名不到45歲。60%的副教授年齡小於40歲，博士學位者已達到40%，碩士以上學位已超過80%.本學科有3名教師入選江蘇省333跨世紀學術、技術帶頭人培養工程，部級有突出貢獻的中青年專家、江蘇省優秀科技工作者、江蘇省優秀研究生導師、省部級優秀青年教師等多名。正在形成一支以老帶新，年輕人迅速成長、朝氣蓬勃、學術思想敏銳、教學科研成果豐碩，不斷開創新局面的學科梯隊。
本學科目前年招收碩士、博士生130餘人，在研究生培養過程中，不僅注重理論水平的提高，而且重視工程實踐能力的培養。研究生不僅參與基金專案、橫向課題，而且參與國家重點科研專案和型號研製任務，在真實的科研環境中得到鍛鍊，達到了育人、科研雙豐收。畢業的碩士生、博士生在國防和國民經濟建設中發揮了重要作用。
本學科胡壽鬆教授主編的教材《自動控制原理》是國內權威性控制理論教材之一，先後獲國家優秀教材獎和國家級優秀教學成果二等獎。胡壽鬆教授獲2003年國家級教學名師稱號，自動控制原理課程被評為2003年度江蘇省精品課程，並推薦為國家級精品課程。
本學科主辦多次國際學術會議，其中亞太地區控制與測量國際會議已經連續舉辦四屆;目前正在籌備2004年8月在成都舉行的第六屆亞太地區控制及測量國際學術會議。2002年10月與香港理工大學合作舉辦了首屆導航技術與智慧交通研討會，邀請了三位院士和美國、新加坡等華裔學者參加會議。近年來邀請多名外國學者、專家來學科點講學交流，並與美、英、德、法、俄和香港的近十所大學建立了合作交流與研究關係。
本學科在無人機飛行器控制和導航系統、低空突防技術、飛行器智慧自修復、高精度轉檯、多感測器慣性組合導航系統研究、現代測控系統整合技術及網路虛擬儀器技術研究、雷達成像精確制導研製等方面處於國內領先水平。九五期間完成科研專案132項，總經費3500餘萬元，其中國家級專案36項，省部級專案82項;獲國家級科技進步獎2項，省部級科技進步獎34項。在國內外核心刊物發表論文400多篇，著、譯作12部。先後完成多項重大國防型號任務，率先研製成功新型無人機自主導航全數字飛行控制系統，使我國無人機飛行控制和導航技術躋身於國際先進行列，受到軍委領導的好評，並獲國家級科技進步三等獎;同時，應用國防高新技術，完成了多項民用科研專案，為國民經濟發展作出了重要的貢獻。
今後本學科建設的主要思路和目標是：立足本學科的五個主要研究方向，組成一個集理論研究、應用開發為一體的教學科研基地。堅持學術前沿與應用開發相結合、研究與生產相結合、學科綜合與學科交叉相結合的學科發展特色。取得一批國內領先、國際先進的科研成果。為國防建設、經濟發展作出重要的貢獻;爭取培養出國內公認、國際知名的學科帶頭人，為國家現代化建設培養一批德、智、體綜合素質處於全國同類學科前列水平的高層次人才;努力爭取在十五期間建立一個國防科技重點實驗室;力爭使導航、制導與控制學科成為國家重點學科;力爭使本學科的教學和科研水平達到世界先進水平。