復旦大學藥學院創建於1936年，是我國辦學歷史悠久、學科齊全、師資力量雄厚的著名藥學院校之一。創立初期名為國立上海醫學院藥學專修科，繼後分別更名為國立上海醫學院藥科、國立上海醫學院藥學院、上海第一醫學院藥學系、上海醫科大學藥學院。 2000年4月，原上海醫科大學與復旦大學合併，遂定名為復旦大學藥學院。復旦大學藥學院為國家首批博士學位授予單位並在1998年獲得藥學一級學科博士學位授予權，1999年建立藥學一級學科博士後流動站，2002年與生命科學學院聯合設立了國家生命科學與技術人才培養基地—生物醫藥點,2007年藥劑學科被遴選為國家重點學科，藥理學科被遴選為上海市重點學科。目前是全國高等醫學教育學會藥學教育研究分會副理事長單位。
藥學院下設藥物化學學科、藥劑學學科、藥理學學科和臨床藥學學科四大學科群，其中：藥物化學學科群主要由合成藥物化學、生物合成藥物化學、天然藥物化學和生藥學組成;藥劑學學科群主要由藥劑學、物理化學、放射藥學、藥物分析學組成;藥理學學科群主要由藥理學和生物化學組成;臨床藥學學科群主要由臨床藥學和藥事管理學組成。擁有一個本科實驗教學中心、七個技術支撐平臺(國家重大創制新藥專項綜合性大平臺、抗病毒藥物篩選與藥效評估技術平臺、新制劑與新釋藥系統技術平臺、GLP實驗動物中心和儀器測試中心、國家中醫藥管理局中藥製劑和中藥生藥分析三級實驗室)、衛生部上海市臨床藥學研究與培訓中心、《中國臨床藥學雜誌》社。現有教職員工134人，其中正高職稱教師(教授、研究員)23人，副高職稱教師(副教授、副研究員)27人。其中，博士生導師23名、碩士生導師25名。 藥學院作為復旦大學藥學學科的主體，學校給予了重點建設。在“985”一、二、三期和“211”三期建設中，藥學院在科研支撐條件、人才和整體科研實力方面均有顯著提高。近年來，藥學院在教學、科研和新藥研發領域發展勢頭強勁，取得了“國家重點學科”、 “國家教學成果二等獎”、“全國百篇優秀博士論文”、“國家精品課程”、“國家重大創制新藥綜合性大平臺、單元平臺、關鍵技術和侯選藥物”、“國家重大科學研究計劃專案(973)的首席科學家(2位)”、“國家自然基金委傑出青年基金(2項)”等國家級重大專案/成果。近期，又獲得教育部和總後智慧化給藥重點實驗室的建設立項。學院的國內外交流與合作活躍，成為復旦大學14個進入ESI學科之一。學院教授開始在國際重要學術期刊上擔任副主編和編委，我院的國際影響力逐年提升。 藥學院已於2009 年初整體搬遷張江新址，地處“中國藥谷”，迎來了學院建設的快速發展和再次騰飛的新機遇!