隨著扶貧資金投入的逐年加大，涉農資金的整合力度逐年加強，各地脫貧工作上取得了明顯成效，但在扶貧專項資金使用上依舊暴露了一些問題，主要表現在：地方政府配套不到位，相關制度細化程度不夠，扶貧專項資金被截留、挪用等現象時有發生。因此，對扶貧專項資金審計必須加大跟進力度，著力關注以下重點。
一是關注地方政府落實配套資金措施的真實性。
各級政府是否將列入到政府年度財政預算中的扶貧配套資金逐年遞增，是否以虛列支出、虛增工程量等空轉專項資金的方式代替政府配套;重點關注扶貧資金是否及時、足額撥付到下級財政或用款單位，有無用扶貧資金來平衡財政預算、抵扣上繳款，以及滯留、挪用等問題的發生。
二是關注制度建設的可操作性。
各級政府是否按照財政扶貧資金管理辦法的要求，細化制定了對扶貧資金的使用、撥付以及監管的一系列規範，配套辦法能否有效結合實際，以及其可操作性情況;對於實施多年來的扶貧資金縣級報賬制的弊端有所顯露，應重點關注以虛假資料套取、騙取扶貧資金的情況，對於工程資料和現場審計發現的疑點要查深、查透，不留審計死角和審計遺憾。對於扶貧資金的撥付，在審計中可建議財政部門和專案主管部門按“縣級報賬為主，鄉鎮報賬為輔”資金管理辦法，將涉及面廣、實施難度大的扶貧專案按原報賬制度管理，對於一些容易實施、便於操作和監管的專案，將資金撥付到鄉鎮，實行鄉鎮報賬制，以利於相關鄉鎮結合實際掌握扶貧資金的使用許可權，更便於落實主體責任。
三是關注涉農資金整合的合規性。
近年來，各級政府都在加強整合涉農資金，對於群眾的脫貧工作起到了一定的作用。但也暴露出個別部門以“整合扶貧資金”為藉口，套取、挪用其他專項資金，達到一些不可告人的目的。建議審計過程中關注各級政府是否對其他涉農資金的整合拿出具體辦法，對於上級部門有專項用途的財政資金，是否在履行原渠道報批程式後，由財政部門統一調配至扶貧資金專項使用。由於部分鄉鎮規避存量資金的清理、收繳工作，將逐年結存資金撥付到三資中心或者村集體賬戶，導致部分村和社群賬戶上的'存量資金達到近千萬元，審計過程中對於資金較為充實的扶貧村應關注資金結存情況，杜絕“一邊枕著金元寶，一邊等著扶貧款”的亂象發生。
四是關注立項的嚴肅性。
重點關注相關縣區在扶貧專案的前期調研的工作力度，是否徵詢專案實施地的群眾意見，實行扶貧專案前期公示制，以避免重複立項、立項不實、選項不佳的亂象發生。主管部門是否列出專案禁止類清單，是否將修建樓堂館所、大型基礎建設專案等“面子工程”、“形象工程”列入明確禁止類清單，相應追責措施是否有效落實。對於確需修改的扶貧專案，要取得群眾的認可，關注是否履行相關程式，報備案調整。
五是關注考核監管機制的實效性。
專案主管部門，在組織驗收過程中，是否僅關注專案進度和效果，而未關注資金的撥付和使用情況，未核實專案立項、招標等檔案的真實性。是否完善扶貧專案工程竣工驗收責任制，重點關注專案管理、質量監督、竣工驗收是否有效到位。對於審計部門以及上級部門查實的問題，是否及時整改，是否已追究相關部門及人員的主體責任。
六是關注退出機制的完善性。
對於因暫時性原因致貧的貧困戶，扶貧主管部門是否及時建立相應退出機制，並制定退出標準和退出程式，是否實行村民評議、事後公告、最終備案等方式確保退出機制公平公正。在實施退出機制同時，重點關注脫貧質量，防止虛假脫貧，確保扶貧物件退出已反映客觀實際、並經得起檢驗。應強化監督檢查，開展第三方評估，確保脫貧結果真實可信。