由於相關部門在資金撥付前的申報審批程式不嚴謹，資金撥付後的監督管理體系不完善，申報企業也存在虛報冒領、專案進展緩慢、資金管理不規範等問題，使得企業扶持的專項資金得不到最大效益的使用。那麼如何對扶持企業的專項資金進行審計呢?
一、扶持企業專項資金的主要用途
一是用於投資補助和獎勵。投資補助，是指政府部門對符合條件的企業投資專案給予的投資資金補助，一般政府給與的投資補助不高於總投資額度的30%。獎勵，是政府部門對錶現突出，業績優秀，具有重大創新貢獻企業的一種鼓勵政策，獎勵額度視具體情況而定。二是用於貸款貼息。貼息，是指政府部門對符合條件、使用了中長期銀行貸款的投資專案給予的貸款利息貼息。
二、扶持企業專項資金在分配、管理和使用中存在的問題
一是專案資金的申報審批方面。在申報、審批、分配過程中，相關部門經常出現申報審批程式不規範、分配依據不充分、資料稽核不嚴格的問題，專項資金的分散管理也會導致同一專案多頭申報等問題的出現。
二是專案資金的管理撥付方面。在審計過程中，筆者發現財政資金管理部門撥付專項資金的時間與上級部門的撥付時間經常出現很長的間隔，是相關專案的申報審批時間過長還是存在擠佔挪用的問題，需要審計人員進行分析。部分政府承諾的相關配套資金沒有到位，而企業本身也會存在投入不足的問題，這就會造成專案難以啟動或未按期完工，以及未正常運營等影響資金的撥付使用。
三是專案資金使用效果方面。首先部分企業在申報專項資金時提供虛假的申報資料，比如虛假的土地使用證明和相關財務材料;其次部分企業的財務管理不規範，存在專項資金扶持專案沒有設立獨立賬目，無法核算專案的投資額度的問題;專項資金也沒有專款專用，用於其他不相關的支出，擠佔挪用專項資金，或者存在貪私分、利益輸送問題;最後專案承擔單位在建設過程中，沒有按照申報材料的內容和投資強度進行建設，不進行相關的報批程式，隨意改變。
三、扶持企業專項資金審計中應把握的幾個環節
一是做好審前調查，充分把握資金總量和結構。企業扶持資金計劃一般由專案主管部門和財政部門聯合申報、聯合審查、聯合下達。審計人員首先要到相關部門掌握專案審批和資金計劃情況，從專案名稱、專案承擔單位、專案主要建設內容、實施年度、投資總量、投資資金來源、專項資金補貼方式等方面入手，形成系統性表格，為下一步審計夯實基礎。
二是確定重點審計單位和專案。企業一般以某項專案為載體來申請專項資金，部分企業根據同一專案不同的重點，通過變更專案名稱等手段向不同的專案主管部門申請專項資金。審計人員可以利用計算機手段進行篩選，結合審前調查統計出的資金計劃總體情況，按照區域、行業、專項資金補貼方式、補貼金額大小、獲得專項資金項數等對專項資金進行綜合劃分。根據劃分，選擇一個試點區域進行延伸審計，分析專項資金在企業申報、資金撥付及使用過程中的普遍現象和突出的.問題，從而確定要重點審計的專項資金涉及的專案和地區。
三是對企業和專案進行延伸審計。從企業專案申請專項資金的申報資料入手，根據資料中註明的專案主要建設內容、實施年度、投資總量、投資資金來源，實地審查企業獲得專項資金專案的實際建設內容與申報材料是否一致，內容如有變更是否有報批程式，工程進度是否符合實施年度計劃，投資強度能否達到要求。根據專案具體施工地點和建設內容，審查企業是否存在將一個大專案拆分成不同的小專案進行申報，或者直接利用同一專案同時向多個部門申報專項資金情況的出現。資金補貼方式為貸款貼息的，審查企業的長短期借款等賬目、憑證、銀行對賬單，檢視是否有與申報資料相符合的貸款，貸款利息的支出是否合理，專項資金是否用於利息支出，有無挪作他用。貸款金額存在疑點的，可以向相關銀行作進一步的調查取證。企業申報資料真實性的審查，不僅要考證申報專案的立項、環評和規劃資料的真實性，還要延伸審查為各企業製作資金申請報告、會計報表、可行性研究的有關中介機構，是否存在與企業串通編制虛假資料造成虛假申報套取、騙取專項資金的問題，以及是否存在資金稽核部門通過下屬機構、關聯機構以評估、服務等名義向企業亂收費亂攤派等問題。
四是對專項資金的監督管理情況進行審計調查。審計相關的業務主管部門和財政部門在資金分配下達中存在的問題。財政部門撥付專項資金是否及時，取得上級財政部門的資金撥付檔案，計算與本級資金撥付時間的間距，查清原因，是否存在資金閒置或挪作他用。在資金的實際分配過程中，審計切塊資金的分配是否有明確的評價、分配標準，是否組織專家評審，重大專案資金是否向政府有關部門彙報，對相關程式要進行調查取證。審計專項資金撥付後，專案主管部門和財政主管部門是否依據相應的資金監督管理制度履行監管責任，是否掌握專案的啟動、施工內容及進度、竣工等過程，資金的撥付與工程進度是否相符等。企業的專案出現無法達到相應施工進度或改變建設內容的情況，監管部門有無採取措施進行督促或收回相應資金。