扶貧資金審計監督是扶貧工作的一個重要環節，是不斷加強和規範扶貧資金管理，提高扶貧資金使用效益的一個重要手段。目前被審計單位違紀違規方法更隱蔽，給審計工作增加一定的難度，審計人員應注重審計方法，抓住審計重點，才能更好地履行審計職責。
(一)注重以專案為平臺。
即具體的扶貧專案從申報、立項、審批、招投標管理等程式來查閱檔案資料，發現疑點。專案申報程式一般是村申請，鄉鎮政府根據實際情況向縣市扶貧辦申報，縣市扶貧辦稽核後報省扶貧辦，最後由省扶貧辦審查審批下達執行。一是檢查專案的計劃申報、審批程式，有無擅自改變專案計劃，不按上級審批的要求執行。二是檢查申報資料的真實性和完整性。同時查閱多個專案檔案資料臺帳，有無同一專案在不同年度申報、在不同部門申報、同一專案分解成多個專案申報的現象，避免一個專案重複申報，申報不實。三是對調整計劃的專案，要查明調整原因，審計其是否合法合規，防止專案審批的隨意性，堵塞人情腐化專案。
(二)注重以管理為抓手。
即抓住專案實施中的各個環節的管理或具體承辦人開展審計，從中發現重大問題或疑點線索。一是稽核專案工程是否嚴格執行“四制”要求，是否嚴格按照國家法規的規定進行招投標，有無以他人名義投標或者以其他方式弄虛作假，騙取中標。有無編制虛假合同，在合同履行過程中，是否嚴格按照合同的有關條款進行處理，是否存在隨意或變相更改情況。有無工程監理不到位，工程轉包分包等問題影響專案工程質量。二是深入村社、農戶和田間地頭，實地現場勘測、丈量檢視工程專案建設內容和建設規模是否按計劃實施，是否達到預期的設計要求;有無故意擴大建設規模，隨意調整建設地點，變更建設內容，改變資金用途。三是建成後是否辦理竣工驗收手續，制定具體管護措施，明確管護主體，落實管護責任。
(三)注重以資金為主線。
即沿著扶貧資金的流向進行審計，檢查資金分配使用管理情況。一是掌握省、市下達分配資金檔案，核定下撥指標數目。二是注意“三核對”，即上級分配的指標檔案與賬款的核對，指標分配與資金到賬數的核對，上級分配的指標、專案、用途與安排的指標、專案、用途核對。從而核查資金分配層次中的漏洞，揭露資金分配中違規行為。三是資金撥付環節中存在的差異，要逐筆查明差異原因，順著資金撥付流向，分析掌握資金活動的最終去向。四從報賬原始發票入手，核實票據開支範圍與建設內容是否一致，有無虛列支出，轉移資金。如果以現金方式補助要有農戶親自簽字蓋章，並進一步實地入戶訪問與本人核實;如果是原材料購進、領用情況，要有物資入庫單、出庫單、領用清冊，併到專案現場瞭解核對建設內容和建設規模;大額現金支出，報賬時要一律使用正式發票，杜絕白條入賬，並核實支出的真實性。
(四)注重以績效為方向。
即檢查資金使用效果、促進合理有效利用資金，確保專項資金髮揮最大的經濟效益和社會效益。一是對專案的立項可行性研究進行分析，是否符合當地實際情況，有無未開工、已開工但停工、已完工但未交付使用閒置，或利用率不高，專案不能發揮作用甚至損失浪費等。二是對資金的撥付結存進行檢查，有無因專案立項不切實際、計劃下達較晚、變更調整專案計劃、專案實施方案未落實、施工進度緩慢等原因，導致資金結存數額大未撥付使用，“躺著睡大覺”的'問題。三是審查專案是否經過專家論證、按規定立項、組織實施和驗收。驗收的工程專案是否達到預期效益，有無因管理不善或工程質量等原因造成的損失浪費或事故隱患問題。四是分析專案投入使用後，所在專案區或村的農業生產生活條件、生態環境是否得到改善，產業生產能力、農民收入是否得到提高。進一步核實專案自身執行成本和取得的經濟效益，檢查資金的投入未產生經濟效益或未達到預定經濟效益的原因。
(五)注重以計算機為輔助。
扶貧資金惠及老百姓，逐級下撥，最後到每一農戶手中，補貼資金不大但數量多。如果仍用傳統的手工審計，核查結果面少費時，不能查明總體情況。運用計算機審計，將政策規定、補貼物件申報資訊、資格審查資訊、補貼資金髮放資訊等整合到一起，進行篩選對比分析，規範計算機審計工作程式, 可事半功倍地揭示存在的問題，不斷提高審計工作的管理水平、效率和質量。