專案型組織是一種典型的組織型別，這些組織圍繞專案目標開展工作以達成組織業務營運的戰略目標，其中包括企業、企業部門或事業單元、政府機構以及其它研究或諮詢機構。下面重點介紹專案型組織如何正確應用流程管理的思想和方法。
一、為什麼專案型組織不適合採用常規的流程管理方法
人們將組織的經濟活動分為營運性(operation)活動和專案(project)性活動兩大類。企業常規意義上的流程管理是在日常生產營運環境下進行的，這樣的運營環境具有相對穩定不變的特點，比如管理組織、生產環境、產品種類以及其它生產要素等;而專案的工作環境則很不同，不管是工程建設類專案還是IT或研發類專案，由於專案的一次性以及專案中存在的太多不確定性因素，專案的環境是非常不穩定的，發生變更是經常性的事情，所以專案中的大部分工作通常是通過專案計劃而不是完全按照流程的方式來完成的，專案的某些工作很難按照一套固定不變的、僵化的流程來執行。
即使可以制定一套適合於某一專案的工作流程，該流程也只不過是適合這個專案而已，該流程一般不會適合於其它專案;也就是說換一個專案之後，即使這兩個專案的交付成果完全一致，比如兩棟設計方案完全一樣的商品房，但由於專案的時間、地點、客戶、供應商甚至專案組織都變了，這套流程就不可能還適合使用，需要重新修改以適合變化了的情況。而常規意義上管理的流程除非需要進行優化處理，否則是不會輕易改變的，是長期保持不變的，比如麥當勞的採購流程。
另外，專案過程中經常涉及到與來自組織外部的各種單位發生了關係，這些單位各有各的工作方式、方法和管理文化，比如供應商、設計單位、施工單位、研究機構等，除非與它們建立了夥伴關係並達成高度一致，否則它們通常是不會遵守其它組織所制定的工作流程的;
二、將專案型組織中的管理性工作與實施性工作區別開來進行管理
專案範圍包括了所有應該完成的工作內容，專案的主要工作內容當然是完成專案各個階段的交付成果，比如產品設計圖紙或者產品設計說明書、最終的專案產品等，具體工作包括調研、設計、開發(生產)、測試、服務等，我們將這種工作統稱為實施性工作;除此之外，專案團隊還必須完成其它相關的行政和管理性工作，比如專案立項、階段性驗收、專案採購、合同管理等，我們將這類工作稱為管理性工作。這兩類工作都需要消耗組織的資源，並且大都涉及到跨崗位、部門甚至跨組織的邊界處理問題。
將這兩類工作區別開來是因為這兩種合作適合於採用不同的方式進行管理。管理性工作是專案型組織內具有共性的工作，是組織中經常和重複性發生的工作，以三峽工程這個專案為例，在整個三峽工程建設期內，僅大型土建和機電裝置子專案的招標過程就達到上百次之多，對這樣的管理性工作，必須加大規範和精細化管理的力度、減少管理的任意性和粗放性，而這些正是流程管理所能解決的問題。而專案中的實施性工作是個性化極強的工作，因專案以及專案的不同階段而表現出千差萬別的特點，比如某單元工程混凝土的澆築、某個軟體子模組的設計，這些工作雖然可以採用標準化的工作框架或模板，但由於不確定性因素太多而需要在現場管理時具有足夠的靈活性，對這種工作採用專案計劃和控制的.方式進行管理是比較合適的。
基於以上的分析，我們還可以將專案型組織分為管理型組織和實施型組織，管理型組織是以管理為主的組織，比如一些基本建設專案的業主(甲方)單位、監理單位，以及一些將具體業務完全外包的總包性企業或管理性部門(如一些銀行的IT部門)、研究機構或政府組織，這些組織實際上並不從事太多具體的專案實施工作，而是以專案採購管理的方式獲得專案產品以及專案產品的執行和維護管理。這樣的組織適合採用流程的方式進行管理。而實施性組織則是以執行專案的具體工作為主(通常是指專案的乙方)的組織，比如設計院、軟體開發商、諮詢公司、建築施工或安裝施工以及其它服務性組織，這些組織當然也存在大量的管理性工作，這部分工作同樣可以採用流程管理的思路，但其主要工作內容是專案具體交付成果的實現，這部分工作不適合使用流程的方式來執行，而只能採用計劃管理的方式。
三、通過專案責任矩陣和工作包建立跨專業/跨部門/跨組織的介面關係
當組織規模發展到一定的程度後，就需要建立不同的部門和崗位進行分工協作以共同完成一項工作。隨著溝通渠道的增加、本位主義或部門壁壘的形成，跨組織/跨部門/跨專業和跨崗位之間的工作協調問題便成為大中型組織所遇到的最棘手問題(大企業病問題)，在這個問題上，流程管理是一個理想的解決方案。在企業常規的流程結構體系中，通過分級流程描述和流程責任矩陣很好地解決了組織運營中跨部門和崗位的工作協同問題。
專案型組織在實施專案過程中，同樣面臨著大量跨組織/專業/部門/崗位的協調問題。比如同一專案中土建、電氣和機電裝置等跨專業之間的工作介面，業主、設計、監理和承包商之間跨組織的工作介面，研發專案中的市場行銷、工程、採購、生產、財務和質檢等跨部門之間的工作介面，這些介面關係的處理是專案是否順利進展甚至能否取得成功的關鍵。
專案管理中的專案責任矩陣的概念和流程管理中的責任矩陣的概念實際上是異曲同工的，都是在表達跨部門/組織/專業的工作協同問題，所不同的是前者針對的是專案工作分解結構中的可交付成果(工作包)，後者針對的是企業運營中的各種管理職能。
根據本人在實際工作中的瞭解，現實專案中的專案經理很少有人通過這種責任矩陣和工作包授權的方式來解決工作協同問題，專案管理人員往往要消耗大量的時間和精力協調專案中各種專案干係人/組織之間頻繁發生的衝突和矛盾，這實際上是一種缺乏科學的管理方法和管理思路的表現。
四、專案型組織可以通過工作流管理強化管理工作
工作流就是一系列相互銜接、有序進行的業務活動，專案管理過程中存在一些比較穩定的工作流程，比如專案立項、採購、驗收、預算以及專案收尾等。在現代資訊技術的推動下，對於內部經常或重複性發生的管理性工作，專案型組織採用工作流管理是未來管理的發展趨勢。另外，已經成熟的工作流程完全可以藉助IT技術進行E化管理，這樣不僅可以促成企業管理文化的改變，而且可以顯著提升管理績效。工作流管理是人與電腦共同工作的自動化協調、控制和通訊方式，在經過系統化梳理和e化的工作流基礎上，所有管理性工作都處於受控狀態，管理活動的各個步驟和參加者得到高度視覺化地顯示。
在工作流管理系統中，管理者是系統中的基本角色，是直接的任務分派物件，管理者可以直接看到針對自己列出的“工作清單”，跟蹤每一項工作的狀態，這樣，任務分派和任務的完成狀態就可以被最大程度地視覺化和受到控制。另外“自動化”是工作流的一個特徵，這主要是指它自動進行的特徵，而不是說沒有人的參與，協調是工作流管理的一個目標或者特徵，並通過工作流來加強對管理工作的監察與控制。
工作流的概念被明確提出並得到重視的同時，人們就認識到了“標準化”在其中的重要性。從邏輯上，對工作流的關注和研究可以看作是對業務流程重組(BPR)的一種深化。BPR對流程是怎樣的、怎樣分析和構造並沒有給出具體的解決方案，而工作流是一個具體的、可操作性的答案，它可以讓我們從神祕的、難以預測和控制的BPR變成解析的、技術的、可控制和預測的工程化過程。所以，無論從理論方法上，還是物件和內容上，都可以將“工作流”看作是專案型組織管理過程的一部分。
五、專案實施計劃本身就需要體現流程的思想
專案進度計劃的制定需要使用網路計劃技術，通過識別專案作業、建立作業間邏輯關係、進行資源分配和時間估算等管理過程，可以得到專案具體的工作時間安排。一個專案網路計劃包括的內容有：作業、作業之間的關係、作業的時間、關鍵路徑、作業的責任人等要素，這些要素同樣也是流程中需要體現的內容，所不同的只是名字的差異，一個叫流程圖，對應的是流程管理;一個叫網路圖，對應的是計劃管理。另外，網路圖同樣是需要優化的，當計劃的時間不能滿足客戶的要求的時候，同樣需要採用ESIA等方法改進專案的進度計劃，其中並行工程和關鍵路線的思想是網路計劃技術中的核心思想，同樣也是流程優化的思想。
綜上所述，專案型組織雖然不能完全採用流程管理的管理方法，但作為一種成熟的管理技術，流程管理的思想其實可以在專案型組織得到廣泛的應用，通過將組織中的管理性工作和實施性工作區分開來，用工作流的方式對重複發生的管理性工作進行管理並使之E化和視覺化，通過專案責任矩陣和工作包的方式解決跨組織/部門/專業的工作協同，同時還可以採用流程管理的工具和技術進行專案計劃的優化等等。通過這些思想的應用，解決專案型組織中與“大企業病”有關的問題。