一、現代企業制度下內部審計組織機構的設定原則
l、獨立性原則。這是設立內部審計組織機構最重要的原則。在這個原則指導下，內審組織機構在組織職員、工作和經費等方面應獨立於被審計單位，獨立行使審計職權，不受股東、總經理。其他職能部分和個人的干預，以體現審計的客觀性、公正性和有效性，假如將內審機構隸屬或合併於本單位的其他部分，就會使內部審計失往其應有的獨立性。國際內部審計師協會在它的《內部審計實務準則》中誇大：內部審計師“必須獨立於他們所稽核的活動”，“獨立性可使內部審計師提出公正的中庸之道的鑑證和評價，這對於正確的審計工作實施是必不可少的”，而這一點，是“要通過組織的客觀性來獲得的”。
2．權威性原則。這是內審工作充分發揮作用的另一個關鍵因素，主要體現在內審組織機構的地位和設定層次上。內審組織機構的組織地位和設定層次越高，權威性就越大，內審的作用就發揮得越充分。國內外的審計實踐也表明，內審的組織地位和作用的發揮是相輔相成的。一方面，作用的擴大為內部審計贏得較高的組織地位創造了機會；另一方面，組織地位的進步，獨立性增強又為內部審計職員卓有成效地履行其職責，發揮內部審計的職能作用提供了條件。
二、內部審計組織機構的設定及評價
由於我國企業內部審計制度建立較晚，在鑑戒國外經驗方面也不一致，內部審計機構設定存在多種模式，主要有：內部審計機構隸屬於財會部分；內部審計機構隸屬於總經理；內部審計機構設在監事會；內部審計機構設在董事會；董事會下設審計委員會，在行政系統——經營治理系統設定審計機構。
以上五種模式各有利弊。第一種模式，內審機構的設定無論從層次、地位和獨立性來講，都是較差的。內審機構只是開展部分日常性的審計工作，不能直接為經營決策者服務，不能很好地實現審計的根本目的。第二種模式，內審機構的設定層次、地位和獨立性稍差，固然有利於對企業直接的生產經營活動進行審計，但不利於對企業高層次決策及行為進行監視，審計範圍相對窄小，審計工作受到一定限制。第三種模式，固然從獨立性和設定上看都較高，但內部審計機構設在監事會下，實際中往往會將二者的'工作混為一談或顧此失彼從而削弱彼此應有的作用。第四種模式，內審的層次、地位和獨立性很高，但不足之處是董事會是集體討論制，凡事都通過董事會集體討論決定，正常的審計工作就很難進行。第五種模式，設定層次最高，地位超脫，獨立性強，有利於審計職員獨立開展工作。
三、制度下內部審計機構模式的最佳選擇
從內審機構設定的原則上看，第五種模式最為、有效，即在董事會下設審計委員會，在行政系統—一經營治理系統設定審計機構。內審機構，作為審計業務，要向審計委員會負責並報告工作；作為行政，要向總經理負責並報告工作；審計委員會成員由董事長、非執行董事、總審計長和非公司董事（外聘）等組成。這種組織模式是現代企業制度下內部審計組織機構的最佳模式，其理由如下：
1、能夠最大限度地體現內審的獨立性和權威性。現代企業制度誇大內審機構的獨立性和權威性，而獨立性和權威性的強弱取決於內審機構的隸屬關係和領導層次的高低。領導層次越高，獨立性和權威性越高，反之就越弱。董事會和經營治理機構是企業的主要領導機構，故在其領導下的內審機構能夠較好地體現它的相對獨立性和權威性，從而為內審工作順利開展奠定良好的基礎。