一個國家的刑事司法制度的形成是體現著法律文化傳統，並建立在現實社會基礎之上的。刑事訴訟法作為一部很重要的程式法，為了延續和維繫法律傳統，為了保持法律次序的穩定性，同時也是為了獲得更充分的修法基礎，立法應當嚴謹且具有穩定性。但是當社會治理和社會運作的機制已經發生變化，社會的價值觀念以及其他的社會條件也發生變化，特定的社會領域中的規制性框架與調控手段及方法不變，未免會出現例如管轄權衝突等“不合時宜”的問題。
我國目前的社會是一個變革的社會，因此社會各方面事業都在不停的產生改變，我國的刑事司法制度要適應社會市場經濟的改革，那就得從以前的立法觀念首先開始轉變，傳統型的刑事訴訟是維護當時的統治次序，因此給予了維護統治次序的國家機關充分的權力。而今，現代的刑事訴訟則是需要一種利益多元的制度，它既要打擊犯罪，也要保護權利；既要實體公正，也要程式正當；既要維護公正，又要實現效率。它必須要是權力制約型的，就是說國家權力和公民權利能夠實現相對平衡。所以，在現代刑事訴訟的要求下，當時制定的刑事訴訟法就會體現出諸多問題，以前的刑事訴訟法沿用至今導致司法機關的權力混亂，而當事人的權利得不到更好的維護。
筆者認為，我國現代刑事司法制度改革的價值取向應當是公正與效率，追求的是一種既高效又公正的刑事司法體制，司法公正是司法的生命，司法若有不公之惡，更甚於犯罪，誠如英國學者培根所言：一次違法犯罪只是搞混水流，一次不公正的判決搞壞的則是水源。司法公正包括實體公正和程式公正，就實體公正和程式公正的關係而言，在中國目前則需要強調程式公正作為一種最根本，最優先的選擇。效率是指在司法活動中，應當以儘量少的司法資源換取更大的司法產出，從而節約司法成本。這裡的司法資源，不僅指刑罰的支出，而且包括訴訟的投入。
司法機關在刑事訴訟中管轄權衝突的問題上不能依照程式獲得公正，爭相管轄或者互相推諉造成了司法資源的大量流失，違背了我國現代刑事司法制度改革的價值取向，不僅不能為當事人和社會所接受，而且也促使了司法機關之間的矛盾產生。
（二）我國法律“重實體，輕程式”，過分重視客觀真實
在我國刑事審判過程中，“重實體，輕程式”的現象比較突出。在整個司法體系中，大部分司法者認為，在司法實踐中，強調對懲罰犯罪的追求，就不得不從一定程度上降低對被告人的保護力量，然而，如果強調程式正當，恪守嚴格程式，則又可能導致對司法機關手腳的束縛。當程式公正和實體公正發生矛盾時，多數司法工作者的選擇總會自覺不自覺地偏向實體公正一邊。我國的司法實踐中也多支援實體公正優先，這是我國幾千年封建體制下的法律"重實體，輕程式"觀念的影響，過分強調打擊而忽略公民基本權利保護的錯誤的法律價值取向。當前社會反映強烈的司法不公，有相當部分是因程式不公正或是由程式不公正引起的。刑事訴訟中管轄權的衝突問題更加能夠說明程式刑事訴訟程式作為保障實體公正實現的必要機制，一旦違反，不僅其追求的實體公正目標難以實現，而且程式本身具有的獨立正義價值也蕩然無存。
程式法的權威不足，程式法的遵守未受到必要的重視，因此，法條上所列的和實踐中做的完全不能一致，或是實踐中發生法條上沒有規定的，諸類問題都會導致矛盾的發生。我們要知道公正離不開程式，它不僅是一種操作順序和方式，它實際上意味著國家如何對付追究某些公民刑事責任的問題，審判實際上成為一個動態的製作裁判結論的過程。在刑事訴訟中管轄權衝突上，程式的行使不當，造成的最大的受害者還是當事人，只有正當程式才能夠約束司法人員的.權力，才可以對法官進行監督和制約；正當程式是克服思維侷限性的工具，避免法律運用中的疏忽大意和形而上學；正當程式能夠保證審判公正，其嚴密效能夠使公正性；因此也只有我們的法律程式正常了，才能夠促使實體公正的真正實現。
（三）刑事訴訟法內容與刑事法體系的整體立法意識不強
1994年《監獄法》、1996年《刑事訴訟法》、1997年《刑法》構成了我國的現行刑事法體系,《刑法》和《刑事訴訟法》是實體和程式，內容和形式之間的關係。刑事訴訟法是確保刑法實施的訴訟程式方面的法律，刑法規定的內容必須通過刑事訴訟法規定的訴訟程式加以確認,否則刑法規定的內容毫無價值。《刑事訴訟法》、《監獄法》是程式與執行的關係,通過刑事訴訟法規定的訴訟程式裁決的內容,基本上必須以監獄法規定的執行方式付諸於實踐,不然刑事訴訟法規定的訴訟程式形同虛設 。
現代立法論主張,憲法統領之下,立法要有整體意識、要考慮國家的整體利益,不同法律體系之間,法律內容上有分工合作、互相配合的要求;具體的法律體系內部,成員法的內容有銜接對應、環環相扣的要求,成員法頒佈執行有時間順序的要求,是現代法治的要求。從刑事法體系的構築來講,首先,要有母法——《憲法》的對應條款作立法依據；其次,要根據刑事立法的範疇和刑事司法的環節順序出臺對應的刑事立法,即第一順序為實體法——《刑法》,第二順序為程式法——《刑事訴訟法》,第三順序為執行法——《監獄法》,以與構成刑事司法工作整體的偵查、審判、執行環節相對應,充分考慮刑事立法的整體要求,妥善解決立法及司法的銜接要求 。
然而,從立法角度上來看，刑事法體系存在著極大的銜接缺陷。當前,我國社會正在發生深刻的變革,法律也不斷地調整修改才能適應變化了的客觀形勢,然而,有些人的法律意識跟不上形勢的發展，思想觀念還停留在以前的年代，由觀念陳舊、法律意識滯後滋生的立法上的認識便是整體立法意識不強,部門立法主義突出,立法不講求順序。故而刑事法體系中,《監獄法》先出臺於《刑法》、《刑事訴訟法》,《刑事訴訟法》又先出臺於《刑法》,打亂了順時接的正常銜接秩序,使得銜接先天不足。然而《刑法》、《刑事訴訟法》、《監獄法》立法順序上的逆時接,又使先出臺後位法無法根據上位法的內容對應修改，只能就銜接內容做一廂情願的“全面”規定、上位法的有關內容屈尊考慮後位法、下位法的要求,缺乏理智的通盤考慮，所以造成了法條與法條之間的相互矛盾或者無跡可尋的現象。
（四）我國現行刑事訴訟法本身存在的立法缺陷
借鑑各國，刑事訴訟制度的發展都是職權主義與當事人主義兩種訴訟結構相互借鑑和融合，是訴訟制度發展的普遍趨勢，我國卻是強職權主義國家或者說是超職權主義國家，缺乏當事人主義。現行刑事訴訟法中管轄權衝突問題存在的某些矛盾，應該說這些問題的本源是不符合司法規律尤其是刑事訴訟的規律，應該是在立法，修法當時就應該解決，但是因或者認識不足，或者遷就現狀，或遷就某一方面的意見建議，而未能得到解決。這使得刑事訴訟法與刑法制度之間又產生“硬衝突”和明顯的不配套，即是每個司法機關都有至高無上的權力，權力與權力之間混亂，正是現行刑事訴訟法本身的不完善，導致了管轄權衝突的產生，使得當事人利益受到損害卻沒有正常的渠道去申訴，而多數衝突的解決權總之還是歸於人民法院，多數司法機關也只能聽從人民法院的解決方案，當事人當然更不佔任何優勢。論文出處(作者):