一、醫學課程體系設定中存在的問題
(一)醫學實驗課程設定不合理
我國醫學院校的大多數實驗課程是按照蘇聯的模式，以專業學科為基礎，依託教研室建立起來的，這種實驗課程設定模式存在的弊端主要表現為自成體系，相互脫節:不同專業的實驗課程自成體系，相互封閉，造成相互脫節，資源浪費;相近專業的實驗內容重複開設，造成實驗耗材的浪費;相近專業的實驗技術人員互不交流，重複配置，造成人力資源的浪費，由於沒有長遠規劃，實驗教學搞小生產，小作坊，小而全，制約了實驗教學的建設和發展。同時，一方面是臨床問題層出不窮，另一方面是教學內容老化過時，其結果是造成教學內容設定更不合理。
(二)醫學實驗課程內容簡單重複
長期以來，實驗課的目的只是對理論課的驗證，這樣對實驗課的要求很低，只是簡單的重複，實驗課內容模式單一，缺乏綜合性實驗，缺乏創新性的實驗內容。醫學實驗課程對科學素質培養重視不夠，我國的醫學教育在七年制臨床醫學專業課程中對科研引入醫學教育國際標準，能力訓練有明確要求。但在五年制臨床醫學專業課程設定中對科研訓練要求較低，課程數量少，學時比例低。
(三)醫學實驗課程內容相互脫節
由於醫學各專業分工細、口徑窄，附屬於各專業課的實驗課程就顯得零亂，各自為政，主要問題表現為相互脫節和重複設定。例如，組胚學安排在第二學期，病理學安排在第四學期，使得相互需要支撐的學科脫節。最簡單的顯微鏡使用方法，在生物、組胚、病理、病原和檢驗等不同專業的實驗課中都要重複;動物實驗方法在生理、病理生理、藥理和外科等不同的專業中也要重複。這樣一來既不能使醫學實驗課自成體系，又造成了資源的浪費。因此，建立一個統一的與理論課內容既相互獨立，又有機聯絡的醫學實驗課程體系勢在必行。
二、臨床醫學實驗課程體系改革的思路和方法
基於醫學實驗課程中存在的問題，對學校臨床醫學專業的實驗課程體系、實驗課程內容和實驗教學方式等方面進行了改革。
(一)改革的思路
1.轉變教育思想，引入國際標準，深化醫學實驗課程改革
通過更新教學觀念，從教育思想上建立起“以人為本，以人的發展為宗旨”的現代教育觀，建立起教師為主導，學生為主體的教育思想，注重從課程的源頭進行總體設計，深化課程體系改革。
2.建立新的比較完善的基礎醫學實驗課程體系
借鑑國內外先進經驗，結合實際，打破學科界限，探索和實踐新的課程設定模式。我們將功能性相近的課程進行有機整合，按器官系統為核心設計實驗課程體系，由傳統單一的課程體系向多樣化模組課程體系轉變，改變我國醫學實驗課程設定較為單一的現狀。
3.完善和優化新的醫學實驗課程內容
打破學科界限，以器官系統為中心，探索和實踐新的課程設定模式，將功能性相近的基礎醫學課程進行有機整合，按照器官系統為基礎設計課程體系，逐步完成基礎醫學課程綜合化，實現理論課程與實踐課程的統一，最終，構建以系統模組為中心的醫學實驗課程體系。
(二)改革的措施和方法
1.有機整合醫學主幹學科，交叉融合相關學科，建立基礎醫學實驗課程體系
將實驗課程內容從原有理論課體系中分離出來，形成獨立的實驗課;將過去分屬不同學科、但內容有較強內在聯絡的課程重新整合形成新的實驗課程。把人體解剖學、組織學、生理學、病理生理學和藥理學等12門學科的內容有機地整合，形成具有自主特色的基礎醫學實驗課程體系。我們將實驗動物學、實驗技術學和統計學等的部分內容有機的結合到實驗設計中，改善傳統的實驗教學內容和實驗技術方法，形成具有基礎聯絡臨床特色的課程體系，促進學科課程的融合。
2.以系統器官設定模式為主線，建立醫學實驗教學體系
在目前醫學教育總體模式不變的條件下，實行以器官系統為主線的課程設定模式，制定和實施新的教學大綱和教學計劃，把組織學和病理學，生理學、病理生理學和藥理學，細胞生物學、生物化學和醫學遺傳學，免疫學和微生物學等基礎醫學各個學科的課程，按照系統和器官為主線的模式，安排與相互銜接，建立以器官系統為中心的，基礎聯絡臨床的實驗教學體系。
3.以培養卓越醫師為核心，優化實驗課程內容結構
以培養卓越醫師為核心，開展創新人才培養的實踐，完善醫學實驗教學的相關理論，研究開展創新實驗的基本方法，探索實驗設計的基本思路。在課程管理上，進行實驗教學專案選單化、教學內容層次化和選課專案自主化的實驗教學管理模式。
4.以培養創新能力為核心，探索實驗教學方法
在教師指導下，學生進行自主的實驗設計，通過選題、實驗設計、實驗實施、統計實驗資料的處理和實驗論文的撰寫等實踐過程，完成科學實驗設計，使學生對科學實驗設計融會貫通，形成具有特色的教學方法。同時，建設與新的實驗課程體系相適應的教材和教師隊伍。
三、醫學實驗課程體系改革的主要成果
(一)建立基礎醫學實驗課程體系
從2008年3月開始，研究基礎醫學實驗課程，根據學科性質及條件成熟程度，將實驗課程內容從原有理論課體系中分離出來形成獨立的實驗課;將過去分屬不同學科、但內容有較強內在聯絡的課程重新整合形成新的實驗課程。2010年3月，初步建立了基礎醫學實驗課程體系，具體的成果內容是:
(1)把組織胚胎學和病理學的`理論和實驗課程進行重組融合，形成醫學形態學和醫學形態實驗學兩門課程。
(2)把生理學、病理生理學的理論和實驗課程進行重組融合，形成生理與病理生理學，醫學機能實驗學兩門課程。(3)把生物化學和分子生物學課程融合，形成生化和分子生物實驗學;把細胞生物學和醫學遺傳學課程融合，形成醫學生物實驗學。
(3)把免疫學和微生物學的實驗課程融合，形成免疫和微生物實驗學。因此，新的基礎醫學實驗課程體系的特點是將實踐特徵強和實驗內容多的理論課攜實驗課的模式改變為實驗課主導的模式，改變傳統模式中實驗課程對理論課程的依附性質，代之以實驗課程自成體系相容相關理論內容的教學組織模式。
(二)修訂培養方案，制定新的教學大綱和教學計劃
2009年3月至2010年3月，根據新的基礎醫學實驗課程體系的要求，制訂了新的教學大綱和教學計劃。
(1)醫學形態學，醫學形態實驗學的教學大綱和教學計劃。