一、會計電算化對審計的影晌
1、改變了審計線索
在會計電算化系統中，通過改變與審計線索有關的資料儲存介質、存取方式、處理程式等關鍵因素，就會造成改變審計線索。具體表現如下：原始憑證一旦轉換到機器可識別的輸入介質上，就不再在資料處理過程中使用；在某些系統中，傳統的原始憑證可能由於採用直接採集資料裝置而不復存在；系統不會經常打印出原始記錄，只有在例外情況下才提供列印報告；儲存在磁性介質上的資料除非依靠計算機和應用程式，否則無法閱讀，可見，計算機記錄的順序和資料處理工作很難直接觀察，審計人員難以對經濟業務進行追蹤，會計電算化改變了審計線索。
2、改變了審計方法，擴大了審計範圍
在手工會計的條件下，審查方法一般採用審閱、核對、分析、比較、調查和證實等方法。而會計電算化系統是人機互動、手工操作與計算機處理相結合的方法。比如，原始憑證的生成過程必須由人工識別、編碼、錄入後才能為計算機所識別和處理；在資料處理過程中，既有人的操作過程，也有機器的處理過程；在檢查稽核過程中，既有人的稽核，也有機器的自動檢驗、稽核。因而決定了電算化條件下審計方法也必須是電算化方法與非電算化方法相結合。由此，電算系統審計的範圍也擴大到計算機硬體、軟體、操作執行和處理流程等方面。
3、提出了新的審計標準和要求
會計電算化系統潛在的內部控制問題比手工會計系統更多、更復雜，其技術性也更高，於是不可避免地會帶來一些風險。如系統檔案不可讀，易被篡改和毀壞；程式設計錯誤的話，則有可能產生舞弊和犯罪行為等。會計環境的變化對審計標準提出了新的要求。
二、會計電算化條件下審計工作面臨的問題
1、審計可視線索自然消失的趨勢
在會計電算化程序中，隨著計算機軟硬體水平及現代通訊技術和網路技術的不斷提高，客觀上，存在著審計可視線索自然消失的趨勢。大家知道，審計離不開審計線索。本來在手工會計條件下，由於存在著大量的紙面資訊，註冊會計師和審計師通過調閱這些紙面資訊，加上自己的經驗判斷，獲取審計線索是不成問題的。可是，在應用計算機處理會計資料以後，紙面資訊變成了磁性介質上的程式碼。對於會計界、審計界的許多人來說，過去熟悉的、習慣的、得心應手的東西，變成了陌生的、不習慣的、難以捉摸的東西。而設計會計電算化程式的軟體設計人員，並不知道審計人員的需求，即使有關檔案規定必須留有審計線索，實際上也是很難做到的。何況，審計工作與主要是處理結構化問題的會計核算工作不同，它主要是處理半結構化和非結構化的一些問題，從某些方面來說，更多的是依靠人的經驗和主觀判斷能力，如：尋找漏洞、揭露矛盾、查錯防弊、獲取證據等。
2、會計核算軟體的多樣性和保密性造成審計資料的難以取得
目前，商品化會計核算軟體有幾百家之多，再加上自行開發的專用軟體，其數量更多。面對如此眾多的程式和資料結構各不相同的軟體，企圖對它們分別編制通用資料轉換程式，利用計算機將它們所生成的千差萬別的資料庫，自動轉換成審計工作所需的資料檔案，儘管設想很好，但實際上很難做到。何況，世界上沒有哪一家軟體公司會和盤托出其軟體設計過程、程式文字和資料結構。相反，他們為了維護公司利益，保守其技術祕密和商業祕密，只會採取愈來愈嚴格的防範與保密措施。於是客觀存在著尖銳的矛盾；一方面，審計要求會計資訊系統的設計和會計電算化執行中的中間結果及最終結果愈透明愈好，另一方面，商品化會計軟體供應商們則希望保密程度愈高愈好，即愈不透明愈好。這不能不說是計算機審計舉步維艱的客觀原因之一。