加班工資的計算方式是：加班的時間×加班工資的計算基數×加班工資的計算比例。因此，要確定具體的加班工資的數額，就必須首先確定加班工資的計算基數，以及加班的時間。
按照規定，在法定節假日加班，日加班工資=月工資收入÷21.75天(月計薪天數)×300%; 在休息日加班，則要按200%的標準支付加班工資，即日加班工資=月工資收入÷21.75天(月計薪天數)×200%。這裡所說的工資收入指基本工資，獎金、津貼、各類補貼都不算在內。
(一)加班工資的計算基數
1、 首先按照當事人雙方在勞動合同中約定工資作為加班工資的計算基數;如果勞動合同中約定的工資採取結構工資制度，具體的工資包括“基本工資”、“崗位工資”、“職務工資”等多個專案的，應當以各項工資的綜合作為基數計發加班費，不能以“基本工資”、“崗位工資”、“職務工資”單獨一項作為計算基數。但是，集體合同(工資集體協議)確定的標準高於勞動合同約定標準的，按照集體合同(工資集體協議)標準確定。
2、如果勞動合同沒有明確約定工資數額，或者約定不明確的，應該依照集體合同約定的工資數額基數來確定。
3、如果勞動合同和集體合同均未約定的，應當以勞動者本人正常工作時間所獲得的實際工資作為加班費的計算基數。具體包括：用人單位直接支付給職工的工資、獎金、津貼、補貼等，但是，用人單位按照規定負擔的各項社會保險費、住房公積金，勞動保障和安全生產監察行政部門規定的勞動保護費用，按照規定標準支付的獨生子女補貼、計劃生育獎，喪葬費、撫卹金等國家規定的福利費用和屬於非勞動報酬性的收入，以及加班工資應該扣除。
4、山東省高階人民法院魯高法[2010]84號文第35條規定，勞動者加班費計算基數，應當按照法定工作時間內勞動者上一月份提供正常勞動所得實際工資扣除該月加班費後的數額確定。勞動者上一月份沒有提供正常勞動的，按照向前順推至其提供正常勞動月份所得實際工資扣除該月份加班費後的數額確定。法定工作時間勞動者所得實際工資扣除該月加班費後的數額低於當地最低工資標準的，按照最低工資標準執行。
5、無論是採取上述哪種方式確定加班工資的計算方式，都不得低於當地規定的最低工資標準。
(二)加班工資的計算比例
根據《工資支付暫行規定》第13條的規定，根據加班的時間的不同，加班工資計算的比例有以下三種情況：①延長工作時間的加班工資計算比例為，不低於勞動合同規定的勞動者本人小時工資標準的150%;②週末休息日加班工資的計算比例為，不能安排補休的，應不低於勞動合同規定的勞動者本人日或小時工資標準的200%;③法定休假日加班工資計算的比例為，不低於勞動者本人日或小時工資標準的300%。