農學與生物技術學院的前身是始建於清末的京師大學堂農科大學農學門，已經有102年的歷史。 1949年由北京大學農學院、清華大學農學院、華北大學農學院相關院系合併組建為北京農業大學農藝學系、植物病理學系、昆蟲學系和園藝學系，並設定相應的本科專業。1952年，隨著全國性的高等學校院系調整，將原來的系和專業調整為農學系(設農學專業)、園藝系(設果樹蔬菜、造園2專業)、植物保護系(設植物保護專業)。1958年，學校進行系和專業調整，調整為農學系(設農學專業、農業植物生理及生物化學專業、作物遺傳選種及良種繁育專業)，園藝系(設果樹園林專業、蔬菜栽培專業)，植物保護與農業微生物學系(設植物病理專業、農業昆蟲專業、農業微生物專業)。
1986年學校進行機構改革和院系調整，設農學系(農學專業、作物遺傳育種專業、農業氣象專業)，園藝系(果樹專業、蔬菜專業、觀賞園藝專業)，植物保護系(植物病理專業、農業昆蟲專業)。1995年學校將農學系、園藝系、植物保護系合併為植物科技學院，按照農學專業、作物遺傳育種專業、植物病理專業、農業昆蟲專業、果樹專業、蔬菜專業、觀賞園藝專業等專業招生培養。1999年，學校又將原農學系、園藝系、植物保護系分別調整為作物學院、植物保護學院和園藝學院，分別按照農學專業、植物保護專業和園藝專業招生和培養，但具體按照作物栽培學與耕作學、作物遺傳育種、植物病理學、昆蟲學、植保與植物檢疫、果樹學、蔬菜學等專業方向進行培養。2001年園藝學院新增園林專業、2002年作物學院新增種子科學與工程專業。
2002年，學校大規模進行院系調整，將作物學院、植物保護學院和園藝學院合併為農學與生物技術學院，舉全院力量按照農學專業、植物保護專業、園藝專業、園林專業和種子科學與工程專業招生與培養(表1)。多年來，農學與生物技術學院已培養了成千上萬名各層次的農學、植物保護、園藝、園林和種子科學工程等高階人才。近三年，培養博士生200餘名，碩士生300餘名。目前，農學與生物技術學院普通全日制在讀本科生1520人，碩士生752人，博士生360人，外國留學生16人。
學院現設有農學系、植物遺傳育種學系、植物病理學系、昆蟲學系、植物保護與植物檢疫系、果樹學系、蔬菜學系、種子科學系和觀賞園藝與園林系等9個教學機構。現有國家玉米改良中心，教育部雜種優勢研究與利用重點實驗室、農業部作物基因組學與遺傳改良重點開放實驗室、農業部作物栽培學與耕作學重點開放實驗室、農業部分子植物病理學重點開放實驗室、農業部農作物病蟲草害生物防治資源研究與利用重點開放實驗室、北京市果樹逆境生理與分子生物學重點實驗室、北京市作物遺傳改良重點開放實驗室、教育部玉米育種工程中心等8個部級重點實驗室或研究中心。
學科建設方面，學院擁有作物栽培學與耕作學、作物遺傳育種學、植物病理學、農業昆蟲與害蟲防治學、果樹學、蔬菜學、植物檢疫與農業生態健康學、園林植物與觀賞園藝、種子科學、作物生理學等10個二級學科，其中作物栽培學與耕作學、作物遺傳育種學、植物病理學、農業昆蟲與害蟲防治學和果樹學等5個學科為國家級重點學科。在2006年的部分國家一級學科評估中，參評的作物學和植物保護學2個一級學科均被評為第一名。在2007年的國家重點學科評估中，作物育種學、植物病理學、農業昆蟲與害蟲防治學等二級學科被評為第一名。通過“十五”期間的重點建設，上述各學科點繼續保持國內的領先地位，在一些領域，如玉米育種、作物節水栽培技術、雜種優勢機理、害蟲生物防治等領域達到國際領先或者先進水平。同時，蔬菜與設施園藝學、園林植物與觀賞園藝學和植物檢疫學等新興學科也得到了很大發展，為校級重點建設學科。
截至2007年6月，學院共有在崗教師225人;其中專任教師201人，教授77人、副教授 88人，講師36人， 35歲以下教師31人。具有博士學位的教師佔專任教師的比例佔83.7%.其中有中國工程院院士2人、“長江學者獎勵計劃”特聘教授1人、“973”首席科學家2人、國家傑出青年科學基金獲得者11人、跨世紀/新世紀人才14人、國家級教學名師1人，這批具有創新能力和發展潛力的中青年學術帶頭人和學術骨幹脫穎而出，正日漸成長為在國內外同類學科領域內具有較大影響力的學者群體。已經形成了一支年齡結構、專業結構、學緣結構合理、學術水平高的師資隊伍。
“十五”期間，學院承擔國家“973”、國家自然科學基金、國家“863”、國家科技攻關等專案400餘項，科研經費達18224萬元。發表論文2000餘篇，其中SCI等五大檢索系統收錄論文303篇;授權專利19項，育成新品種24個，累計推廣面積超過2億畝;獲得省部級以上科技獎勵39項，其中國家科技進步一等獎1項，國家科技進步二等獎2項，國家科技進步三等獎1項，省部級一等獎5項，省部級二等獎7項;成果轉讓金額超過1000萬元。目前，學院承擔各類課題200餘項。2006年科研經費達7000萬元，獲得1項國家發明二等獎，發表 SCI論文153篇。
隨著本科專業的拓展，農學與生物技術學院本科招生規模穩步增長，在師生共同努力下教學質量不斷提高，學生就業率在我校名列前茅，學生受到用人單位一致好評。