重慶交通大學理學院前身為重慶交通學院基礎部，由於學科專業發展需要，1993年更名“重慶交通學院基礎科學系”，1996年更名“重慶交通學院計算機及資訊工程系”，2003年10月成立“重慶交通學院基礎部”，2006年7月正式成立“重慶交通大學理學院”。
理學院現有教職工73人（教師65人），其中正高職稱11人（教授9人，研究員2人），副高職稱20人（副教授19人，高工1人），高階職稱教師佔45%；中級職稱31人；具有碩士以上學位的教師43人，佔68.26%；另外有12位教師在外（職）攻讀博士學位，初步形成了一支結構較為合理的師資隊伍。
理學院現有運籌學與控制論、計算數學、應用數學、應用化學、應用物理等五個學科。其中運籌學與控制論為學校重點建設學科，韓逢慶教授和宋乾坤教授為學科帶頭人，該學科有博士4名，教授5人，5名教師在外攻讀博士學位。學院開設資訊與計算科學、數學與應用數學應用化學三個本科專業，目前在校學生518人。
理學院實驗室現有三個實驗室，總面積2493平方米（數學、物理、化學實驗室分別200、1342、951平方米），教學儀器裝置總資產496萬元（數學、物理、化學實驗室分別50、260、185萬元）。我們共開設數學實驗專案47項，物理實驗專案21項，化學實驗專案53項；綜合、設計性實驗達到80%，開放實驗室2間。通過涵蓋相關課程基本內容的實驗教學，增強學生對知識的理解，提高學生的實踐能力。
