為適應西部航運業的發展需要，重慶交通大學航海學院2006年12月8日正式成立。目前開辦有“航海技術”、“ 輪機工程”（輪機管理和動裝設計與建造兩個專業方向）、“船舶與海洋工程”三個專業，面向全國招收全日制本科學生。
學院現有在編教職工39人，其中碩士19人（在讀碩士7人，35歲以上碩士2人，35歲以下碩士12人），佔43.75%，博士3人；教授2人，副教授14人，佔43.75%（35歲以上副高12人，35歲以下2人），專業教師中具有高階工程師、工程師、甲類船長、大副、輪機長、大管輪等適任證書的雙師型教師22人，外聘專家、教授8人。學院現有在校學生813人（其中航海技術219人、輪機工程296人、船舶與海洋工程298人）；2010屆畢業生170人（其中航海技術50人、輪機工程54人、船舶與海洋工程66人）；簽約率近80（其中航海技術80人、輪機工程76人、船舶與海洋工程77人）；2010年計劃招生298人（其中航海技術64人、輪機工程96人、船舶與海洋工程128人、專升本10人）。
經過幾年的跨越式發展，學院的教學、科研等各項基礎建設獲得了豐碩成果，特別是2009年4月以來，重慶市航海實驗教學示範中心、重慶市特種船舶數字化設計製造工程技術研究中心、重慶市級精品課程（《船舶柴油機》已獲市教委《關於公佈2010年度高等學校市級精品課程名單的通知》（〔2010〕14號）的批准）、校級精品課程（《船舶輔機》）、校級雙證教學課程（《船舶值班與避碰》（2010年7月））、校級特色專業（輪機工程特色專業（2010年7月））、重慶海事局船員培訓考證中心、重慶交通大學航海類人才培養模式創新實驗區（正在積極申報重慶市航海類人才培養模式創新實驗區）等市級和校級教學科研平臺相繼建立，使我院教學科研層次獲得了全面提升，體現出良好的發展前景，形成了航海學院可持續發展的堅實基礎。
作為教學基礎建設的實驗室建設獲得重大突破，2008年中地專案獲得300萬經費支援建起了輪機模擬器室；2009年中地專案獲得500萬經費支援使航海技術實驗室和輪機工程實驗室的建設初具規模；2010年的中地專案和交通部支援專案的新一輪申報工作正在進行。目前，航海學院所屬的三個實驗室裝置資產共計1260萬。
學科與科研平臺建設取得重要突破，學科建設方面，完成了船舶與海洋工程一級學科碩士點的申報工作，2009年學院新增碩士生導師3名，目前我院有碩士生導師8人。科研工作，近一年來，學院主持或參與各級各類科研專案21項，科研經費達200餘萬元。其中，國家級專案1項，省部級3項，教改專案1項，校級專案5項，橫向專案12項。公開發表論文17篇，其中EI收錄論文7篇。平臺建設方面，3個省級平臺建設正在抓緊進行，2009年重慶市特種船舶數字化設計與製造工程技術研究中心獲得建設經費100萬元。
作為西部地區唯一一所獲得國際認證的航海類高校，學院堅持“立足西部、海河並重、應用為本、學以致用、開拓創新” 的辦學理念，船舶類專業“立足重慶，面向沿海”，培養國際化船舶工程高階技術人才，航海類專業以“滿足國際海事公約，符合國家海事法規，培養優質航海人才”為質量方針，走出了一條自己獨特的發展之路。
航海學院在教育教學及科研中，堅持科學發展觀，以人才培養質量為中心，以社會需求為導向，遵循高等教育辦學規律，依據現代高等航海教育及船舶類教育特點，按照國際海事公約和國內海事法規要求，培養適應現代航運業發展需要的高素質人才，努力建成西部地區一流的高等航海教育與培訓基地。
