上海交通大學醫學院位於創新求索、文化薈萃、包容並蓄的黃浦腹地，紅牆映日、梧桐環繞。其前身是由聖約翰大學醫學院(1896-1952)、震旦大學醫學院(1911-1952)、同德醫學院(1918-1952)於1952年全國高等學校院系調整時合併而成的上海第二醫學院，1985年更名為上海第二醫科大學。1997年，學校通過了“211工程”立項。2005年7月18日，上海交通大學與上海第二醫科大學合併，成立了新的由教育部、上海市政府重點共建的上海交通大學醫學院，進入“985”高校行列。2010年11月，學院成為衛生部與教育部合作共建的第一批十個重點高校中的一員。
歷經百餘年的春華秋實和六十載的風雨征程，醫學院秉持“團結、勤奮、求實、進取”的院訓及“博極醫源、精勤不倦”的學院精神，始終以謀國家之強盛、求科學之真知、踐醫學之神聖為己任，與時代同呼吸、與社會共命運，在醫療衛生事業的壯美畫卷中留下了諸多濃墨重彩的筆觸，為社會輸送了7萬餘名醫學人才。學院現已發展成為一所享有較高國際聲譽，優勢特色明顯，師資力量雄厚，學術成績卓著，集醫、教、研以及社會服務全面發展的研究型院校。
醫學院堅決貫徹“人才強院”的主戰略，切實加強高層次人才隊伍建設，大師雲集、人才薈萃。現有教職醫務員工25255名，專任教師640名，在職高階職稱2632人，博導609人、碩導1100人。其中包括中國科學院院士1人，中國工程院院士11人，第三世界科學院院士2人，歐洲科學院外籍院士1人，美國科學院外籍院士1人，法國科學院外籍院士2人，美國醫學科學院外籍院士2人，英國皇家內科醫師學院院士1人，法國國家醫學科學院院士2人，國際牙醫學院院士1人，國家“973”專案首席科學家11人，長江學者特聘教授和講座教授24人，國家傑出青年基金獲得者23人。國家級教學團隊1個，國家級教學名師1人，上海市教學團隊5個，上海市教學名師8人。國家級大學生校外實踐基地3個，國家級實驗教學示範中心1個，2010年，我院王振義院士榮獲國家最高科技獎。
醫學院持續推動教育教學改革，不斷加強以基地建設與臨床優勢為依託，以轉化醫學理念內涵的“卓越醫學教育”體系建設，注重學生醫學與人文、生理與心理、知識與能力、求真與道德融通培養。
醫學院現擁有重慶南路、閔行、南匯三個校區，包含23個學院(系)，14所附屬醫院，1所衛生學校。覆蓋生物學、基礎醫學、臨床醫學、口腔醫學等8個一級學科博士學位授權點、4個一級學科博士後流動站。有臨床醫學八年制(授予博士學位)、口腔醫學七年制(授予碩士學位)和6個本科專業(臨床醫學、口腔醫學、預防醫學、醫學檢驗、護理學、營養學)，其中，臨床醫學、口腔醫學、醫學檢驗、護理學為國家特色專業;臨床醫學八年制(法文班)與(4+4碩博班)、臨床醫學五年制(兒科學方向)與(英語班)是學院的特色班級。目前在校學生7108名，其中本科及長學制學生2625名，研究生4489名，留學生252名。2010年起，醫學院深度參與上海市住院醫師規範化培訓工作。2014年，在11家培訓醫院的86個培訓基地進行質量監控調研，並啟動專科培訓帶教師資培訓。全年新增106個專科醫師規範化培訓基地，總數達191個，覆蓋57個學科，共招錄專科醫師573名，占上海市招錄專科醫師總數的50%。
歷年來，我院共獲得國家級教學成果獎9項，國家級精品課程20門，國家級雙語課程3門。《常見慢性病的健康管理》成為國內首門護理專業的大型開放式網路課程(MOOC)。同時，充分發揮上海市課程中心常設單位作用，積極推動全市公共課程資源共享與平臺建設。我院資訊中心圖書總藏量達58.5萬冊，覆蓋醫學各學科，為國內重點收藏單位，也是全國法文醫學特藏中心。
作為國家級臨床技能實驗示範中心學科組長單位，我院具有臨床模擬功能齊備、師資團隊雄厚、醫療資源豐富、操作平臺先進的基地優勢，並通過器官系統整合式課程、臨床技能操作、客觀化臨床考試實現全面提升醫學生臨床技能和創新意識。2012年入選教育部第一批卓越醫生教育培養計劃專案試點高校，擔任上海市卓越醫學教育計劃專家組組長單位。自2013年起，連續兩年作為主辦單位舉辦國家級繼續醫學教育專案——“基於器官系統整合課程的PBL教師培訓班”。
在全力投身實踐國家教育教學改革中，我院嚴格執行教育部對“985”、“211”部署重點大學成人學歷教育與網路教育相關要求，已逐步形成良好的辦學氛圍，並嚴格控制教學質量。在2012年市教委校外學習中心辦學評估檢查中，我院網路教育學院13個學習中心整體評估排位全市第一。其中5所學習中心榮獲“中國遠端優秀校外學習中心稱號”。充分反應出學院校外學習中心良好的教育水平和優質的管理質量。
21世紀恰逢醫學生命科學的戰略機遇期。我院緊緊圍繞基於轉化醫學理念的學科建設和人才培養主題，整體佈局、重點突出，全力穩步推動國家轉化醫學重大科技基礎設施專案和國家兒童醫療中心的建設。以“高峰”“高原”學科申報帶動新一輪學科佈局優化。現有國家教育部重點學科(三級學科)16個，即：內科學(含8個)、整形外科學、骨外科學、兒科學、神經病學、口腔臨床醫學、口腔基礎醫學、遺傳學、病理學與病理生理學，上海市重點學科18個。上海高校一流學科9個(臨床醫學、基礎醫學、藥學、生物學、口腔醫學、臨床醫學外科、臨床醫學內科、公共衛生與預防醫學、醫學技術)。現有國家重點實驗室(工程中心)3個，上海市重點實驗室20個。
根據ARWU世界大學學術排名，我院位列全球醫學院第202名，排名全國第一。在ESI全球醫學學科排名中，我院臨床醫學學科排名全球第280位，亦位居全國第一。在2013年1月29日教育部學位與研究生教育發展中心公佈的最近一輪學科評估結果，我院臨床醫學全國排名第一、口腔醫學排名第二、基礎醫學排名第三、護理學排名第五、公共衛生與預防醫學排名第十，標誌著我院學科綜合實力穩居全國前列。
醫學院瞄準科學技術發展這一重要生產力，瞄準國家科研體制改革、對接國家科研制度新政、聚焦優先發展領域，科學統籌科研專案，著力推動醫工、醫理等學科的交叉與合作，基礎研究面向國際學術前沿，應用研究面向國家戰略需求和衛生醫療水平提升。科學研究與科技創新水平持續提高，科研成果豐碩、成績斐然。