一．實驗室內空氣的消毒
1.加強開窗通風，自然通風換氣，或採用排氣扇通風，機械通風每小時換氣10—15次。
2.紫外線燈管適用於室內空氣、物體表面的消毒。常用的室內懸吊式紫外燈對室內空氣消毒時安裝的數量為平均1.5W/m3，照射時間不少於30分鐘。
3.使用迴圈紫外燈線空氣消毒器，連續開機達到使用說明書規定的時間即可起到空氣消毒作用。
二．實驗室地面和物體表面消毒
實驗室、辦公室等場所地面要溼式拖掃，禁止幹拖幹掃。可用0.1%過氧乙酸拖地或0.2%--0.5%過氧乙酸噴灑或有效氯為1000mg/L--2000mg/L的含氯消毒劑噴灑或拖地，消毒劑的用量不得少於100ml/m2。拖把應專用，汙染區和清潔區不得混用。使用後，用上述消毒液浸泡30分鐘，再用水清洗乾淨，懸掛晾乾，最好放在陽光下暴晒後備用。
三．物體表面的消毒
1.實驗檯面、桌子、椅子、凳子、床頭櫃、門把手、實驗記錄夾等可用0.2%--0.5%過氧乙酸噴灑或有機氯為1000mg/L--2000mg/L的含氯消毒劑噴灑、擦拭，消毒作用時間10—15分鐘。
2.若實驗檯面等明顯被傳染性標本汙染，例如傳染性標本和培養物外溢、濺潑或容器打碎，灑落於表面，應立即用0.2%--0.5%過氧乙酸噴灑或有效氯為1000mg/L--2000mg/L的含氯消毒劑噴灑覆蓋於汙染表面，使消毒劑浸沒汙染物，保持30—60分鐘。
四．一般實驗器材的消毒
凡直接或間接接觸臨床標本或實驗微生物的器材均應視為有傳染性，均應作消毒處理。
1.金屬器材、玻璃器皿
可用壓力蒸汽和乾熱滅菌的方法進行處理。
1）、壓力蒸汽滅菌器：121℃，30分鐘。
2）、乾熱滅菌：將待滅菌的物品放入待定的幹烤箱內，滅菌條件為：160℃2小時、170℃1小時、180℃30分鐘。
2.玻璃器材
使用過的`玻璃吸管、試管、離心管、玻片、玻璃棒、三角瓶和平皿等應立即浸入0.5%過氧乙酸或有效氯為2000mg/L的含氯消毒劑中1小時以上，消毒後用超聲波清洗的方法洗淨瀝乾，使用前再進行高壓滅菌處理。
3.橡膠製品
橡膠手套、吸液球等受汙染後可用0.5%--1.0%肥皂液或洗滌劑溶液煮沸15—30分鐘，然後清水洗淨瀝乾後，再經121℃、15分鐘高壓滅菌處理。
4.紡織品
棉織工作服、帽子、口罩等一般放入專用的汙物袋中，用70℃以上熱水加洗滌劑洗滌。有明顯汙染時，隨時噴灑消毒劑消毒或放入專用的汙物袋中，再經121℃、15分鐘高壓滅菌處理。
5.貴重儀器
如顯微鏡、分光光度計、離心機、酶標儀、PCR擴增儀、氣象色譜儀、冰箱、培養箱等不適宜加熱、不能用消毒劑浸泡的儀器，區域性輕度汙染時，可用75%醫用酒精擦拭，汙染嚴重或傳染性強的，半小時後重複擦拭2次。
離心時離心管未封閉、試管破裂、液體外溢，離心機內部應用75%醫用酒精重複擦拭2次，或將整機放入環氧乙烷消毒櫃，在溫度為54℃，相對溼度為80%，環氧乙烷氣體濃度為800mg/L的條件下，作用4—6小時。
6.紙張類
如實驗記錄紙、化驗單等可用環氧乙烷燻蒸的方法放入環氧乙烷消毒櫃，在櫃內溫度為54℃，相對溼度為80%，環氧乙烷氣體濃度為800mg/L的條件下，作用4—6小時。有條件的也可電離輻射方法，無應用價值的應焚燒處理。
五．剩餘標本和容器的處理
1.剩餘標本如組織器官、動物屍體、檢驗後的廢棄標本及其容器放入塑料袋、紙袋，應儘量焚燒處理。
2.液體廢棄標本可用121℃、30分鐘高壓滅菌處理。
3.金屬、玻璃容器及夾取標本用的工具可用乾熱160℃、2小時或溼熱121℃、15分鐘高壓滅菌處理。亦可用0.5%過氧乙酸或有效氯為2000mg/L的含氯消毒劑浸沒，消毒作用30—60分鐘。消毒後沖洗乾淨，乾燥備用。
六．手的消毒
1.處理生物危害性材料時，只要可能均必須戴合適的手套。但是這並不能代替實驗室人員需要經常地、徹底地洗手。處理完生物危害性材料和動物後以及離開實驗室前均必須洗手。大多數情況下，用普通的肥皂和水徹底沖洗對於清除手部汙染就足夠了。但在高度危險的情況下，建議使用殺菌肥皂。手要完全抹上肥皂，搓洗至少10秒，用乾淨水沖洗後再用乾淨的紙巾或毛巾擦乾。推薦使用腳控或肘控的水龍頭。如果沒有條件徹底洗手或洗手不方便，應該用酒精擦手來清除雙手的輕度汙染。
2.離開微生物實驗室之前，脫掉工作服後，應進行手的清洗。離開生物安全實驗室時，脫防護服前用流水及肥皂沖洗手一次，脫防護服後再次用流水及肥皂沖洗手，每次沖洗1分鐘左右。
3.消毒可使用0.3%—0.5%碘伏消毒液或快速手消毒劑，如洗必泰醇、新潔爾滅醇、75%醫用酒精或60%的異丙醇等3—5ml，搽於手指、手掌、手背揉搓1—3分鐘。