隨著電子資訊技術及網際網路經濟的發展，電子提單已成為紙質提單的進化形式。然而其並不如紙質提單般具有物權憑證的特徵，且尚未被國內法所規範，故其使用應在嚴格控制風險的基礎上進行。
一是運營風險，主要表現在資訊系統風險、法律風險以及商業運營風險上。
資訊系統風險體現在資訊的安全性及系統的穩定性兩方面。由於電子提單在流轉過程中引入了第三方，故資訊的安全性便成為了其需要考慮的首要因素。其次，由於電子提單本身以電子資訊為媒介並以網路平臺及資訊科技為依託，故系統的穩定性也需要納入考慮。資訊系統的不穩定有可能造成電子提單的錯誤轉讓、錯誤提交等，這將給電子提單當事人造成經濟損失。
法律風險既表現為法律適用的不確定性，也表現為適用法律的不完善性。法律適用的不確定性使得貿易雙方在糾紛發生後無法及時、公允地確定電子提單適用的法律，進而導致經濟損失;適用法律的不完善性具體表現為電子提單相關法律框架的鬆散(雖然已有一些國際條約和慣例對電子提單進行了規範，但就不同國家的國內法而言，涉及電子提單的相關法律還遠不周嚴)，這會令使用電子提單的各方當事人難以保護自身的合法權益。
商業運營風險是隨著商業流程為適應電子提單而進行的改造出現的。電子提單技術的引入極大地改變了國際貿易原有的環節及相關風險，使用電子提單後對原先的商業流程及風險控制措施進行調整也就在所難免。
二是信用風險，主要表現在對提單各方當事人的欺詐風險以及對銀行的信貸風險上。
欺詐風險體現在電子提單的使用增加了一些紙質提單不會涉及的風險。舉例而言，電子提單涉及了第三方，那麼該第三方便可憑藉其登記中心的身份直接干預提單的流轉過程，從而增加了第三方欺詐的風險。
銀行的信貸風險集中體現在銀行質權上。由於電子提單作為物權憑證的功能尚有爭議，其價值有待商榷，因而不能像紙質提單那樣，在作為抵押物時可確保銀行質權的實現。當國際貿易使用信用證作為結算方式，且使用了電子提單時，這就會提高銀行的信貸風險。
可從以下幾方面對風險進行控制：
其一，為降低電子提單的資訊系統風險，各方在選擇第三方電子平臺時需要謹慎考慮，對電子平臺的'穩定性、保密性、使用者友善度以及後續系統維護服務等因素進行充分的考察。
其二，考慮到電子提單的法律風險，貿易各方應加強對合同文本的控制。鑑於電子提單的法律風險敞口較大，各方需在合同文字中對法律適用、物權流轉等細節加以明確。
其三，為減少電子提單的商業運營風險，貿易各方在引入電子提單時均應充分考慮質量、成本及時間三個因素，並根據自身的情況對三者加以平衡;此外，還應對人員進行培訓，使之瞭解新的流程與新的風險，及時調整操作習慣，以避免不必要的損失。
其四，為控制電子提單的欺詐風險，各方需謹慎考核第三方電子平臺的獨立性、商業信譽，並在合同文字中明確第三方平臺的權利義務。
其五，銀行可通過嚴格市場準入，適當提高門檻來補償風險其在電子提單相關業務中承擔的信貸風險。