一、專案執行情況
對照農業專案資金管理的總體要求檢查是否做到資金到專案、管理到專案、核算到專案，是否按專案進行管理；檢查專案的實施是否嚴格遵守上級主管部門下達的專案計劃，有無擅自更改專案實施內容、實施標準、實施地點等問題；檢查專案完成進度情況，是否按照計劃時間完成專案。
二、資金使用情況
對照相關農業專案資金配套的管理辦法，重點檢查專案單位是否按照制度規定的開支範圍和開支標準使用農業專項資金，專案資金的管理是否做到專款專用、專賬核算和專人管理，有無擠佔挪用專案資金、以撥代支、虛報專案完成額、擅自擴大開支範圍、提高開支標準、計劃外專案支出或基本支出擠佔專案資金問題；原始憑證是否符合要求，有無依據不符合規定的原始憑證或虛假原始憑證列支專案支出問題，以及以虛假業務事項虛報專案完成額問題。
三、專案管理情況
檢查專案單位是否建立了農業專案資金管理辦法等內部管理制度，對專案負責人的要求是否具體、明確；檢查專案單位資金使用審批手續是否完備，是否符合《會計法》關於“會計監督”的有關規定；檢查專案單位是否對每個專案分別進行管理，各個專案的進展情況和完成情況是否明確。
四、專案成效情況
檢查專案單位對已完成專案是否按規定組織驗收；專案單位是否按照專案建議書提出的目標、預期效益對已完成專案的'資金使用效果進行評價；專案單位的效益評價意見是否實事求是，有無科學依據；專案是否發揮了資金使用效益，實現了專案目標。
五、問題與建議
既包括具體專案的問題和建議，也包括重大專案資金投向及管理方面的問題與建議。