如同學校其他教育工作一樣，學校心理健康教育也是一項複雜的系統工程，具有很強的科學性、知識性、專業性和技術性，在實際開展過程中，必須採取科學的方法和態度，除遵循學校教育的一般原則之外，還要遵循學校心理健康教育自身所特有的原則。學校心理健康教育的原則，是長期實踐工作的規律概括和經驗總結，是根據學校教育的特殊要求和心理健康教育的任務確立的，它是學校開展心理健康教育工作必須遵循的基本要求，對實際工作的開展具有指導意義。 那麼，當前學校心理健康教育到底有哪些必須遵循的工作呢？對此，理論工作者和教育實踐工作者的意見分歧較大，眾說紛壇，無論是原則的名稱、內容，還是原則的數量和種類，都難有一致的觀點。此種局面雖然有利於學術的繁榮和發展，但也帶來一些不可避免的混亂，使廣大教育實踐工作者產生困惑。這在客觀上不利於學校心理健康教育的科學性、規範性和有效性。因此，當前對學校心理健康教育的原則進行認真研究是非常必要和重要的。根據學校心理健康教育的現實狀況和實際需要，我們認為教育性、全體性、差異性、主體性、整體性和保密性都是當前學校開展心理健康教育應該首先必須遵循的原則，同時它們也是最主要的六個原則。
一、教育性原則
是指教育者進行心理健康教育的過程中根據具體情況，提出積極中肯的分析，始終注意培養學生積極進取的精神，幫助學生樹立正確的人生觀、價值觀和世界觀。心理健康教育是社會精神文明建設的重要組成部分，要充分體現社會精神文明的特徵，以及它的時代性和進步性。所以針對學生在學習、生活、交往中的矛盾衝突所引起的種種心理問題，以及由此而產生的對社會中的人與事的不滿言行、錯誤觀點甚至敵對情緒與態度，教育者不應隨便附和他們的觀點和思想情感，而應該進行實事求是的分析，明辨是非，幫助他們端正看問題的角度，調整看問題的方法，建立積極的思維模式。使學生在發展良好的心理素質和排除各種心理困擾、解除心理問題癥結的過程中，不知不覺地受到辯證唯物主義思想的啟迪和共產主義人生理想的教育。可以說，教育性原則比較鮮明地體現了社會主義學校心理健康教育的特點與要求。
貫徹教育性原則，要求做到：首先要以馬克思主義辯證唯物論的思想和觀點作指導，充分考慮中國的實際情況和中華民族的文化特色，有選擇的借鑑西方關於學校心理健康教育的理論方法和技術，不能照搬照抄。其次是把心理健康教育與學生的道德品質教育、思想政治教育等結合起來，使心理素質、道德品質、思想覺悟的培養與提高相互影響，相互促進，統一發展。再次，重視正面的啟發教育和積極引導，培養學生積極進取、樂觀向上的精神，幫助學生樹立正確的人生觀、世界觀和遠大理想。
二、全體性原則
是指心理健康教育要面向全校所有學生，全體學生都是心理健康教育的物件和參與者，學校的一切教育特點是心理健康教育的設施、計劃、組織活動都要著眼於全體學生的發展，考慮到絕大多數學生的`共同需要和普遍存在的問題，以絕大多數直至全體學生的心理健康水平和心理素質的提高為學校心理健康教育的基本立足點和最終目標。確立與強調面向全體學生的心理健康教育原則，是與當前學校心理健康教育的任務、客觀條件和學生實際存在的問題及需要密切聯絡在一起的。學校心理健康教育的主要任務和工作重點，是努力提高全體學生的心理健康水平和心理素質，惟有以全體學生為服務物件，才能實現教育目標。如果只是面對個別學生，是無法實現這一目標的。即便是個別學生的心理問題得到了解決，但是由於絕大多數學生的心理髮展需要得不到滿足，心理健康維護受到忽視，結果新的問題仍然不斷出現，從而導致撿了芝麻丟了西瓜，得不償失。另外，面向全體的原則還基於青少年學生中存在的心理問題帶有普遍性，相應的，其心理需求也具有共同性，所以心理健康教育可用集體的方式進行。當然，面向全體並不意味著一定要忽視個別。實際工作中，還要考慮在實施這一原則時，具體問題具體對待，使心理健康教育發揮最大效益。
貫徹全體性原則，應注意：首先，教育者要了解和把握所有學生的共同需要，以及普遍存在的心理健康問題；其次，對學生要一視同仁，創造條件，最大限度讓儘可能多的學生參與其中的所有活動；另外，所有工作的出發點都要有利於促進全體學生的發展和成長。
三、差異性原則
是指學校心理健康教育要關注和重視學生的個別差異，根據不同學生的不同需要，開展形式多樣的、針對性強的心理健康教育活動，以提高學生的心理健康水平。人是有差異的，青少年學生也不例外，他們具有自己的個性特點，擁有不同的社會背景、家庭環境、生活經驗和價值觀念。學校心理健康教育不是要消除這些特點與差異，相反是要使學生的差異性、獨特性最合適而完美地展示出來，也可以說，這是學校心理健康教育的精髓所在。強調差異性，也就是要求心理健康教育同學校教育教學工作一樣，因材施教，有的放矢，重視個別差異，根據學生心理髮展特點和身心發展規律，有針對性實施教育，使每個學生的心理健康水平得以提高，最終實現全體學生心理素質的提高。
貫徹差異性原則，首先是瞭解學生的個別差異，如年齡差異、性別差異、學習差異、思想差異和心理差異等等；其次是區別對待不同學生，靈活採用不同方法、手段和技術，充分考慮學生的年齡特徵和個性特徵等，具體運用心理健康教育的原理和方法；再次是認真做好個案研究，積累資料，總結提煉，增強個別教育的實效。
四、主體性原則
是指學校心理健康教育要以學生為主體，所有工作要以學生為出發點，同時要使學生的主體地位得到實實在在的體現，把教師的科學教育與輔導和學生的積極主動參與真正有機結合起來。主體性原則集中而直接地體現了學校心理健康教育的關鍵特徵，主體性原則要求教育者的心理健康教育，要充分尊重學生的主體地位，充分發揮學生主體作用。這是因為，首先心理健康教育的目的在於促進學生成長和發展，而成長和發展從根本上說是一種自覺和主動的過程，如果學生沒有主動意識和精神，處在被動的地位，教育就成為一種強制性行為，變得毫無意義。其次，心理健康教育是一種助人與自助的活動，"助人"是手段，讓學生"自助"才是目的。要達到自助的目的，只有讓學生以主體的身份直接參與這一活動，此目的方可達到。另外，青少年時期是學生自我意識。獨立性迅速發展的時期，心理健康教育貫徹主體性原則，不僅發揮了學生的主體作用，還使學生追求的需要得到滿足。 貫徹主體性原則，要做到：所有的心理健康教育工作和活動都要首先從學生的實際狀況和需要出發，以學生現實生活和存在的問題為基準，以達到學生心理健康水平和心理素質提高為目的；尊重學生主體地位，發揮學生的主體作用，鼓勵學生自我選擇和自我指導，促使學生自知、自覺、自助，不能採取強制手段，也不能替代學生解決他們自身存在的問題。
五、整體性原則
是指學校心理健康教育過程中，教育者要運用系統論的觀點指導教育工作，注意學生心理活動的有機聯絡和整體性，對學生的心理問題作全面考察和系統分析，防止和克服教育工作中的片面性。學校心理健康教育追求學生人格的整體性發展，最終達到提高學生心理素質和整體素質的目的。從社會價值取向看，它重視學生德智體美全面發展；從學生自我完善的需求看，它注重學生知、情、意行幾方面協調發展。從系統的觀點出發，學校心理健康教育的物件是一個完整的活生生的人，而人的心理也是一個有機整體。所以，學校心理健康教育工作，絕不能"頭痛醫頭，腳痛醫腳"，就事論事。而應從個體心理的完整性和統一性，個體身心因素與外部環境的制約性、協調性等綜合因素出發，全面把握和分析學生心理問題的成因，來採用相應的教育與輔導對策。只有這樣，才能使學校心理健康教育工作更富有成效，更有意義。 貫徹主體性原則，要做到：樹立學生全面發展的觀點，教育活動時刻要關注學主人格整體的完整和身心素質的全面提高；對學生心理問題的分析，要從整體、全域性、多方面的角度進行，把內外因、主客觀、家庭社會學校和個人諸因素綜合起來；對學生心理問題的教育與輔導要採用綜合模式，不侷限於某一種方法和技術。
六、保密性原則
是指學校心理健康教育過程中，教育者有責任對學生的個人情況以及談話內容等於以保密，學生的名譽和隱私權應受到道義上的維護和法律上的保障。保密性原則是學校心理健康教育極其重要的原則，是鼓勵學生暢所欲言和建立相互信任的心理基礎，同時也是對學生人格及隱私權的最大尊重。在心理健康教育過程中，尤其是個別教育與輔導過程中，學生會向教育者洩露很多個人的祕密、隱私、缺陷，以及由此而產生的心理和行為的困擾、矛盾、衝突等。教育者有責任，有義務對所有這些資訊保密。除此之外，還不得對外公佈求助學生的姓名，拒絕任何關於求助學生的調查，尊重求助學生的合理要求等等，這些都是保密的範圍。失密，對教育者來說，就是失職，對教育機構來說，就是威信和名譽的喪失。不僅要受到良心的折磨和輿論的譴責，而且要負法律責任。
貫徹保密性原則，要做到：求助學生的所有資料和資訊絕不應作為社交閒談的話題；除了在訓練的情況下，求助學生的個人身份能得以充分隱藏之外，個案的資料不應出現在教育者的公開演講和談話中；教育者應避免有意無意以個案舉例，來炫耀自己的能力和經驗；教育者所作的個人記錄，不能視為公開的記錄，不能隨便讓人查閱；教育者不應當隨便將記錄檔案帶離諮詢與輔導機構；任何諮詢與輔導機構都應設立健全的儲存系統來確保當事人檔案的保密性。當然，替來訪者保密也不是絕對的，在某些特殊情況下，為了進行科學研究，為了求助學生和他人的利益或免受傷害，可以進行正當洩密，但依然是不能損害求助學生的利益，要最大限度的保護求助學生。
根據我國青少年身心發展特點，以及學校心理健康教育的目標、任務和形式等，在開展學校心理健康教育實際工作過程中，以及具體貫徹學校心理健康教育原則時，既要保持嚴肅性，又要具有靈活性。經過大量的實踐探索和經驗總結，從事這項工作的一線教師們用生動簡練的語言對此進行了概括，這樣的概括既便於理解，也易於掌握。初學者應認真思考領悟：
要主動接觸，不要坐等迴避；要熱心真誠，不要冷漠做作；要耐心傾聽，不要肆意打斷；要討論啟發，不要武斷灌輸；要實事求是，不要主觀臆斷；要積極疏導，不要壓抑遏制；要因人而異，不要千篇一律；要協同配合，不要孤軍奮戰；要量力而行，不要盲目包攬；要自覺自願，不要強迫要求；要平等相待，不要居高臨下；要了解尊重，不要獵奇偵訊；要適度接納，不要指責訓誡；要自我領悟，不要包辦代替；要科學引導，不要說教附合；要力求內化，不要強迫變化；要守信保密，不要隨意張揚；要心悅誠服，不要令人屈從。