1注重實驗設計，忽略實驗操作
教師在設計探究性實驗課時，注重探究性實驗的五個步驟，即提出問題、作出假設、制定計劃、實施實驗和得出結論。其中教師比較注重實驗的設計，因為實驗設計能力是生物學實驗能力的重要內容。如何來設計探究方案是學生進行實驗探究學習的薄弱環節，因此教師把課堂大部分的時間花在了引導學生實驗設計上，把實驗操作放在了課後來完成，甚至忽略了實驗操作，直接展示了實驗現象和結論。
如在“探究暴飲暴食引起消化不良的原因”探究性實驗課上，教師先給出一段資料———關於暴飲暴食對青少年健康的危害，讓學生分析資料，然後根據這段資料提出探究性問題。這是很關鍵的一步。有了問題才能有探究的過程，因此提出問題的質量直接影響了接下來實驗的可操作性。有了可操作性的問題之後，教師就能組織學生進行分組討論，提出不同的假設，並對假設進行分析。學生認為：消化腺分泌的消化液有限，不能消化過多的食物。假設完成之後，下面是探究性實驗最重要的步驟，幾乎課堂的一半時間都花在這上面：如何來針對自己小組的假設設計實驗、需要哪些實驗材料和器具、實驗時小組的分工、實驗的步驟、對照實驗的設計、實驗資料表格的設計、實驗的安全性問題、實驗的預期結果等等。根據教材的提示，大部分小組設計了唾液對澱粉的消化作用，也就是說一定量的唾液是不能完全消化大量澱粉的，然後通過碘液來檢驗。
由於設計實驗花費時間長，接下來的實驗操作就被忽略了。教師的理由是：“這次探究實驗所需的時間比較長，課上沒有時間來完成。希望有興趣的學生課後來完成實驗，希望你們把實驗的現象和結果在課上展示出來供大家學習。”但後續的實驗就不了了之，根本就是對這次探究實驗操作忽略了，也沒有另外開設一節課來探討實驗後的現象和結論，顯得有些虎頭蛇尾，結果導致教學效果未能達到教學目標。
為了改變以上現象，針對此次實驗操作時間比較長，教材中對操作細節的介紹比較少的情況，應該開兩節實驗課。第一節課教師注重指導學生自己設計實驗方案，分組展示實驗設計，肯定每組實驗設計的創新性，全班共同分析糾正實驗中的不足之處，在學生分組實驗之前教師全面預設學生在實驗中可能出現的問題和學生容易忽視的細節，以“問題串”的形式幫助學生理清實驗思路，從而提高探究性實驗的質量和實驗的效果。第二節課在第一節課的基礎上，注重學生實驗的操作，對實驗現象的分析，最終得出實驗結論，達到探究性實驗的預期目標。但在學生實驗之前，教師務必再講解一下實驗過程及實驗的注意事項，對學生進行必要的安全教育和規範操作教育，從而避免實驗中異常情況的出現，提高探究性實驗的有效性。
2注重實驗過程，輕視實驗指導
探究性實驗是指導學生在不知道實驗結果的前提下，通過實驗設計、實驗操作、思考分析、得出結論，最終形成科學概念。因此，教師一般都會注重探究性實驗的開發、設計、學生實驗操作能力的訓練。但教師的重點只是放在了科學探究的`基本過程和方法上，忽視了對科學探究實驗的指導，結果導致教學效果未能達到預設的目標。
如“觀察蠶豆葉的組成”實驗課，教材中要求學生製作徒手切片，並利用顯微鏡觀察蠶豆葉內部的不同組織。課上教師組織學生自己閱讀教材上的實驗操作步驟，尋找實驗中的注意事項。本實驗中最難的地方是製作蠶豆葉的切片。利用刀片切出細而薄的葉條，才能在顯微鏡中觀察到內部組織。為了能夠讓學生切出細而薄的葉條，教師先讓學生觀看一段關於徒手切片的實驗視訊，要求模仿視訊中的操作來完成本次實驗。接下來教師再演示一遍徒手切片的過程，在每一步中強調注意事項，並出示了以下問題：如何防止刀片切到手指？如何切蠶豆葉片？如何把葉片切細和切薄？如何選取葉條？如何製作切片？讓學生進行討論，適當點撥指導，使學生的思維不斷處於興奮狀態中。在其後的分組實驗過程中，教師忽略了對每組再進行一次個別指導，以為通過實驗視訊的學習，教師的演示和講解，完成實驗應該沒有太大的問題。然而學生在實驗操作過程中忙手忙腳，操作生疏，甚至出現錯誤操作。
一節課在慌亂中結束了，幾乎沒有達到實驗的預期效果，學生的實驗操作能力沒有得到應有的訓練。這是目前探究性實驗教學中存在的最大誤區之一。過分強調了對探究實驗方法的學習、科學精神和價值觀的培養，輕視了在實驗過程中對學生的指導和講解，造成實驗的失敗。在此次實驗之前，教師應該意識到本次實驗的難度，提早做好準備，製作實驗的導學案，創設問題情境，提出實驗中應該解決的問題，讓學生提早預習。這樣學生可以在課堂上有更多的時間進行實驗操作訓練，失敗了還可以重來。對每組的小組長在實驗前做必要的操作訓練，讓其先掌握基本的操作方法，課上可以部分代替老師指導本組學員順利完成實驗，提高實驗的成功率。
教師在學生實驗過程中要不斷地進行巡視，及時指出學生操作中不到位的地方，並進行糾正。國中學生由於已有知識、經驗和探究能力等客觀條件的限制，如何有效進行探究實驗是他們學習中的薄弱環節，因此教師適度指導實驗過程對促進學生探究能力的提高有顯著作用。
3注重實驗現象，不透析現象原因
在探究性實驗過程中，學生有機會探究問題、操作實驗、觀察實驗現象。但大部分學生在做實驗的過程中把主要的興趣點集中在實驗現象上，而不會去分析實驗現象產生的原因、實驗失敗原因等深層次問題。這時教師的指導往往顯得十分重要。但教師為了加快教學進度，完成教學任務，忽略了對實驗現象的分析。
他們認為實驗現象與預期的結果相似就沒必要再做詳細的講解。這樣的探究實驗，學生往往只能記住實驗現象。這是探究實驗教學中常見的問題，不利於學生分析能力的提高。如在“探究蚯蚓適應土壤中生活的特徵”實驗課中，教師引導學生觀察蚯蚓在光滑的玻璃板上和粗糙的玻璃板上哪個移動得快，學生只把注意力集中在蚯蚓的運動上，發現蚯蚓在粗糙的面上容易爬動，而在光滑的面上容易打滑，因此蚯蚓在粗糙的玻璃板上比在光滑的玻璃板上更容易運動。大部分學生只是停留在這一表面的現象上，不能從生物學思維的角度上思考為什麼會產生這種現象，沒有思考蚯蚓靠什麼結構來爬動，如何來觀察這種結構等等。教師只是簡單地提了一下蚯蚓身上長有剛毛，容易在粗糙的表面上爬動。
但也有部分學生提出疑問：我們小組的實驗現象跟其他組不一樣，發現蚯蚓在光滑的玻璃板上容易爬動，這是為什麼呢？這樣的問題把教師難住了，也無法解釋這是為什麼，以前也從來沒有碰到過此現象。教師並沒有發動全班學生一起來分析，只是對這組學生說：“這個問題我們到課後再分析，要不然你們重新再做一遍。”教師這樣的回答，讓學生失去了一次分析問題的機會。
在此次實驗課之前，教師應該意識到實驗中會出現的現象以及如何來分析實驗現象及可能會出現的異常現象，讓學生課前思考。可以在網路上尋找資料，因為網路上關於這方面的解釋很多。同時教師要創設問題情境，提出以下問題：蚯蚓在哪種表面上更容易移動？這與其身上的哪種結構有關？如何來觀察其結構？如何用物理學知識解釋原因？假如你小組的實驗現象與其他組不一樣，如何來尋找原因？必要時可以請其他組員和老師幫助，在找出原因後，可以重新做一遍實驗，排除實驗中的錯誤原因。
這樣讓學生有目的地觀察，激發學生的學習興趣，讓學生真正做到在探究性實驗中不但親自動手操作實驗和觀察現象，更要在活動中深入探究其原因，不僅讓學生明確“是什麼”，還要讓學生分析“為什麼”。國中生物探究性實驗教學中，各個探究性實驗要求達到目標的側重點和難點不盡相同，但基本的教學理念卻是相同的，即提高學生的科學探究能力。
因此，教師一方面要充分發揮學生的主體地位，另一方面要有效把握主導地位，重視探究實驗的操作、實驗的指導和對實驗現象的深入分析，從而提高學生的生物科學素養。