內部控制對於任何單位都是防止風險的第一要素，事業單位雖無複雜的經營管理以及資本運營等工作，但同樣面臨內部控制問題。對事業單位內部控制的關注包括以下方面：單位及其工作人員的誠信和道德觀，財務人員以及主管領導的勝任能力，單位管理層對財務工作的參與和重視程度，單位管理者在涉及財務事項工作時的理念和風格，單位組織結構及權力的分配，單位對財務人員職位與薪酬管理和獎勵模式，單位有關財務工作的縱向和內部資訊傳遞和溝通情況，單位授權制度，單位實物管理控制方式，財務崗位職責分離情況以及單位財務工作資訊處理等。
借鑑風險導向審計中有關識別重大錯報風險的程式，事業單位出納崗位存在重大錯報的可能要比經營性質企業增大，原因就是事業單位以支出為主的性質所決定。故此，可初步推斷出納崗位出現重大錯報風險的事項和情況可能包括：單位經營財政撥款的穩定和經營收入以及非稅收入的穩定性，單位特殊支出情況，財務人員以及出納人員的勝任程度，關鍵財務人員的變動，財務工作中內部控制薄弱，資訊技術的應用與變動等方面。
舞弊針對事業單位主要是侵佔資產。審計時，審計師主要從三個角度考慮單位工作人員舞弊發生的可能性。一是動機和壓力；二是機會；三是藉口。對於事業單位出納工作而言，動機和壓力主要指出納人員自身情況並由於長期接觸貨幣資金而產生的心理上的變化以及誘因；機會主要指出納人員對金錢非法獲取的可能性；藉口即指出納工作人員在產生侵佔資產的動機後而為自己即將發生的錯誤行為進行合理化辯解的理由。外部審計時要考慮出納崗位工作人員在這三個方面的'情況，以便識別舞弊可能。
單位收支業務是審計師重點關注的領域，當收支涉及現金與銀行存款業務時，通常審計師主要關注出納人員是否按照相關法規以及有關現金和銀行存款的管理執行工作，收入是否及時入賬。尤其是涉及現金收款時，出納人員是否及時將現金存入銀行，是否存在擅自坐支現金的情況；當涉及非現金貨幣資金收款時，是否將其及時轉入單位規定賬戶並及時交予相應會計人員記賬。所有支出是否在按規定程式及時準確支付，並將相應現金和銀行單據以及其他原始單據一併傳遞給相應會計人員記賬。在此，審計師重點關注大額現金和大額非現金收支的及時性、合法性以及準確性等因素。
審計師在執行該程式時，首先關注貨幣資金內部控制情況：貨幣資金收支與記賬是否崗位分離，收支憑據是否合理合法，是否及時入賬，控制坐支現金，盤點現金並編制銀行餘額調節表，貨幣資金的內部檢查。審計師更為有效的貨幣資金審計程式是檢查單位財務工作中對《內部會計控制規範——貨幣資金（試行）》的執行情況。即通過關注以下幾個方面來達到審計目標：檢查單位崗位分工及授權批准。通常包括以下工作內容：關注崗位間的相互分離、制約和監督以及不相容崗位設定情況；單位是否按規定程式辦理貨幣資金的支付業務；相關程式是否主要包含了支付申請、支付審批、支付複核、辦理支付以及相關規定程式。檢查單位的現金和銀行存款管理，主要關注日常管理和相應的程式是否得以完整的實施。票據和印章管理，審計師通過詢問、觀察和檢查等程式重點關注票據管理是否按照相應的規定執行，執行過程是否具有實質性。監督檢查，審計師會關注單位有關現金和銀行存款業務是否存在內部監督，內部監督過程是否得到嚴格執行。
由於內外審計的根本目標不同，內部審計主要是基於單位財務安全和財務管理的合理性出發的，其目標通常是防範風險的同時提高財務管理的效率，故內部審計並不以產生相應的審計結論提交相關審計委託人而結束，通常更側重對單位財務風險的防範和制定更加合理的財務管理制度，實現此類任務時內部審計主要通過內部監督協調和溝通機制完成。溝通和監督機制可以通過下面的方法實現。部門間面對面溝通討論。內部審計與外部審計有特殊的優勢之一就是部門之間、部門人員之間都在工作業務和日常交往中比較瞭解和熟知，溝通討論方式可以發揮出更好的作用。通常由財務部門和內審部門制定溝通協調機制，可採取內審人員與不同崗位人員單獨溝通，也可以進行集體類似頭腦風暴法似的溝通，參加人員可以根據主題需要靈活處理。溝通的時間安排可以考慮需要靈活進行，以實現溝通任務目標進行安排。
詢問相關人員有關單位出納工作及其建議。詢問物件可以包括出納人員自身、單位內部其他部門人員以及單位外部業務往來人員，以獲取與出納崗位有關的資訊和建議以備使用。對於詢問出納人員可以利用內部審計部門針對財務部門監督職能這一工作職責實現，而單位其他部門人員可以由上層管理者或者單位制定的管理機制開展，單位外部業務往來人員根據需要應由內審部門徵得外部單位主管領導同意後安排。內審人員自行觀察，內部審計人員可身臨出納工作現場觀察出納工作程式，找出問題，這類工作現場可能包括辦公室、銀行、稅務、單位內其他科室以及外部其他單位等等。觀察可以時到出納崗位辦理相關業務時隨意進行，也可以隨機正式的到出納工作現場進行。
檢查相關資料，主要是通過檢查相應的書面或電子化材料獲取出納工作在數量和質量方面的資料。檢查資料可以直接獲得出納工作留下痕跡，非常直接和有效，可以是在內審工作過程中檢查，也可以是專門針對出納工作進行的檢查。單位審計部門通過以上方式起到監督出納和出納工作的作用，通過與財務部門相應管理人員溝通後共同解決單位出納工作現存的一些問題，實現出納工作在內部審計監督下的風險最小化，促進財務部門與審計部門的溝通協調，實現單位財務的高效化。