論著類論文種類較多，包括基礎性實驗研究、臨床藥學及臨床應用方面的研究，回顧性臨床評價等。文稿的基本結構除文題、作者、摘要、參考文獻外，其正文部分又分為引言、材料和方法、結果、討論和結論四部分。
1 文題 論文網線上
又稱題目、標題、篇名，是一篇論文內容的視窗，它集中表達最重要最中心的資訊，是文章精髓的聚光鏡。正確的命名起到畫龍點睛的作用。因此，擬文題時應簡潔、確切、醒目，能反映論文的特定內容，避免冗長，20字內為宜。但不少作者往往不夠重視。從大量來稿中發現，約有50%的文題存在大大小小的問題，需要加工修改。主要問題有：
1.1 冗長繁雜 如“健脾生血沖劑治療成人血虛證及缺鐵性貧血的臨床觀察——169例臨床觀察報告”長達34個字，文題不夠精煉；且血虛證及缺鐵性貧血概念不清，應改為“健脾生血沖劑治療成人缺鐵性貧血169例”。又如“國產尼莫地平注射液與德國尼莫地平注射液穩定性的對照研究”中藥名重複，改為國產與進口尼莫地平注射液穩定性的對照研究。“曲美他嗪(Vasorel)治療穩定勞累型心絞痛的雙盲安慰劑對照研究”，一般雙盲對照、自身對照、平行對照等統計對比方法，正文中出現即可，藥品通用名和商品名也不必全列在文題中。所以可改為“曲美他嗪治療穩定勞累型心絞痛的療效”。
1.2 文題不符 如“新藥研究開發中的專利策略”一文，全文沒有談及新藥研製開發中的專利策略問題，而主要論述新藥專利申請策略，內容與題不相符，應改為“新藥專利申請的策略”。
1.3 題目大，內容少 例如，一篇關於紫杉醇臨床應用的綜述文章，正文內容並不充實，命題為“抗癌新藥紫杉醇的臨床應用與展望”顯然題目太大太廣了。再如“路蓋克鎮痛效果的臨床研究”，其臨床部分是用於術後疼痛的治療，而題目寫的是“鎮痛效果的臨床研究”，也是題大文小的一種表現，應當在鎮痛效果之前加上“術後”二字，就更加切題了。 論文網線上
1.4 籠統、空泛 如“新藥研究之我見”、“淺談中藥現代化”等模糊籠統、過於抽象的題目，讀者看不出論文論述的是什麼內容，抓不住中心和要領。
1.5 概念、判斷不合邏輯 也就是常說的“題目不通”。例如，“奈替米星對臨床分離的525株致病菌與6種常用抗生素的體外抗菌作用比較”，題名將比較的條件(標準)“臨床分離的致病菌”和“體外抗菌作用”分開來，與比較的物件“奈替米星”和“6種常用抗生素”不恰當地組合，就講不通了。應改為“奈替米星與6種常用抗生素對臨床分離的525株致病菌的體外抗菌作用比較”。
1.6 連用同義詞或近義詞 常見的有“×××的分析研究”，“×××的研究探討”，“×××的觀察研究”等，一般講，分析、研究、探討用其一即可。
2 摘要 論文網線上
又稱提要、概要。近代期刊發表論文多附有摘要，它是論文主要內容的概括，是全文內容不加註釋和評論的簡單陳述，便於讀者概略瞭解全文和作為二次文獻轉載。根據論文的型別、內容和發表方式及寫摘要的目的`，摘要型別分為①指示性摘要，表明文章主題範圍與內容概括的一種“簡介”，篇幅要求短，一般50～150字，僅適用於綜述、述評、泛述性文章；②報道性摘要，以濃縮資訊及具體資料介紹研究工作的目的、方法、結果、結論，揭示研究工作中的重大發現和新內容，一般200～300字。研究報告、專題論文等都應附報道性摘要；③指示/報道性摘要(150～250字)；④資料性摘要(1000～2000字)。一篇好的論著性論文摘要應簡短、精粹、完整，一般200字左右。從大量來稿中看，相當一部分作者寫得比較規範，但仍有一部分作者對撰寫摘要的特點缺乏瞭解，往往夾雜一些無關緊要的成分或企圖把全文內容都概括進去，摘要長達1000多字屢見不鮮。有的作者對該用報道性或指示/報道性摘要卻使用了指示性摘要，結果字數太少，提供資訊不足；有的對摘要四要素在不同型別摘要中的側重面掌握不好，該詳寫的略寫了，不能省略的省略了，造成應側重的結構要素殘缺；有的摘要內容重複文題或文中標題，資訊價值低，可讀性差；有的摘要偏重背景及過程介紹，重複引言內容，不但造成摘要冗長，且未能確切表達論文摘要應側重表達的需要。