(一)公司設立登記撤銷的適用條件
由於撤銷公司登記畢竟具有溯及既往並否定公司有效成立的法律效力，其產生的法律後果又是多方面的，有時可能產生債務清償主體和責任轉移的連鎖反應。為避免不應有的交易損害和社會震盪，公司登記機關在適用撤銷公司登記程式和作出撤銷公司設立登記決定時，應在維護合法、有效、持續營業的前提下，嚴格掌握如下適用條件：
(1)只適用於公司設立登記中存在重大實質性瑕疵這一情形;一般實質性瑕疵和程式性瑕疵等登記情形，可以通過設立登記的更正、補充和變更程式予以糾正，而不應不適當地擴大撤銷公司設立登記的適用範圍。
(2)須是法律規定在公司設立登記之前由公司原始出資人或發起人、申請人所為的虛報註冊資本、提交虛假材料和採取其他欺詐手段隱瞞重要事實等情形，導致公司設立登記具有重大錯誤和缺陷，使登記註冊的公司存在嚴重瑕疵;如屬公司登記機關自身的疏忽或未盡謹慎注意義務而造成的登記錯誤，則應採取必要的行政糾錯程式予以補正，不可適用撤銷公司設立登記。
(3)虛報註冊資本、提交虛假材料或採取其他欺詐手段隱瞞重要事實等情形須達到情節嚴重的程度。也就是說，足以導致公司設立之實質性條件的根本喪失，才可適用撤銷公司設立登記;如情節並非嚴重，不足以影響公司設立實質條件的成立，則不應適用撤銷公司設立登記，而應根據其具體情形，通過公司設立登記的更正、補充或變更登記程式，對業經登記的不實事項進行改正。
(4)虛報註冊資本、提交虛假材料或採取其他欺詐手段隱瞞重要事實等情形須達到情節嚴重的程度，採取責令改正、行政罰款等行政措施不足以從根本上改變公司設立登記瑕疵的現狀，且也不能選擇更正、補充或變更登記予以救濟，才可適用撤銷公司設立登記。也就是說，適用撤銷公司設立登記是在不得已的情況所作的最後選擇方案，如有其他替代的行政救濟方案可以選擇，應儘量避免。
(二)《公司法》第 199 條所列情形之情節嚴重的認定
根據現行《公司法》第199 條規定的基本精神，虛報註冊資本、提交虛假材料和採取其他欺詐手段隱瞞重要事實等情形達到情節嚴重的程度，是適用撤銷公司登記(包括公司設立登記撤銷)的法定條件。[3]自然，對《公司法》第199 條所列情形之情節嚴重作何認定和判斷，就成為正確和適當適用撤銷公司登記程式的關鍵環節。筆者認為，僅就公司設立登記撤銷而言，《公司法》第 199 條所列情形之情節嚴重，應理解其程度足以影響或導致該公司有效成立之基礎性條件的根本喪失，其具體情形可作如下解釋：
第一，就虛報註冊資本之情形而言，如公司設立登記時全部註冊資本均系虛報;或者虛報註冊資本的金額和比例已經足以使該公司喪失其成立的法定資本最低條件(如一般類的有限責任公司實繳資本低於 3 萬元、一人有限公司實繳資本低於 10 萬元、股份有限公司實繳資本低於 500 萬元)或特殊條件(如商業銀行、保險公司、證券公司、信託投資公司等特殊行業類公司實繳資本低於《商業銀行法》、《保險法》、《證券法》、《證券投資基金法》等特別法的規定等);或者虛報註冊資本系由偽造證件所為;等等，則可認定為“虛報註冊資本”之情節嚴重的情形。
第二，就提交虛假材料之情形而言，如全部申請材料均系虛假或偽造;或者涉及證明公司資本、發起人或原始出資人(股東)、公司機關人員的'組成、公司經營場地與條件等實質條件類申請材料系虛假或偽造;或者需要獲得例外行政許可的特殊類公司之行政許可檔案或批件系偽造或變造;等等，則可認定為“提交虛假材料”之情節達到嚴重的程度。
第三，採取其他欺詐手段隱瞞重要事實之情節嚴重程度，可以解釋為以合法的形式，隱瞞足以導致公司設立違反法律、行政法規和社會公序良俗等情形，如以合法手段隱瞞公司的非法經營目的;以公司章程掩蓋或隱瞞法律禁止非營利性組織或國家機關公職人員出資等重要事實或資訊的;對公司營業後存在重大環境和生態隱患或足以引發環境災難等事實進行隱瞞的;對公司營業存在破壞社會公序良俗的;以欺騙手段獲得營業行政許可批文的;等等，可認定為採取其他欺詐手段隱瞞重要事實且情節嚴重。
(三)公司設立登記撤銷的啟動方式
公司設立登記撤銷屬行政撤銷行為，原公司登記機關在適用該撤銷程式時，是應主動依職權作出，還是被動應其他利害關係人申請、舉報而作出?由於對公司登記撤銷行為的性質認識不一，對其啟動方式存在不同看法。持行政處罰論者認為，公司登記撤銷行為應屬於行政處罰的範疇，應由原公司登記機關主動依職權而作出。[4]也有學者從行政撤回的視角認為應依職權作出。
筆者認為，要正確定位公司設立登記撤銷的啟動方式，除應考慮其行為的性質外，還應從公司設立登記撤銷所負載的法律意義和制度功能來求解。如僅僅把其制度功能理解或侷限於維護行政登記行為的公信力或者對違法當事人予以懲罰，則應當按照職權主義的程式模式，由公司原登記管理機關依照職權而作出;如把其制度功能擴大至救濟因公司登記的實質性瑕疵而利益受損的利害關係人這一層面，則應賦予其以舉報、申請之權，通過利益受損的利害關係人之申請而啟動。根據這一基本思路，第一，就公司設立登記撤銷行為作出的法律意義而言，公司登記機關對原設立登記有效性的否定，以維護公司設立登記行為的足夠公信力，藉以懲戒公司設立登記中的弄虛作假行為，從而達到維護有序、公平的營業競爭環境，保障交易安全和相關利害關係人的合法權益不受侵犯，具有維護(行政行為的嚴肅性)、懲罰(違法當事人)和保護(交易安全和相關利害關係人利益)等多方面的制度功能。第二，從公司設立登記實質性瑕疵的事實、證據等相關資訊的獲得途徑來分析，除可通過原公司登記機關的證照年檢和依職權查處外，更多的是通過利益受損的利害關係人之舉報、申請而獲得。第三，從我國行政處罰等行政行為的實施程式和《公司法》第 199條規定的基本精神來看，行政處罰、行政撤銷、行政強制等具有行政強制執行力類的行政行為的啟動，除依照行政主體的職權啟動外，對利益受損的利害關係人的舉報、檢舉、申請也是持鼓勵態度的。第四，在我國《公司法》的制度安排中，對公司設立登記實質性瑕疵沒有引入司法宣告無效和司法撤銷程式，司法宣告無效、司法撤銷與行政撤銷制度一個最為重要的區別是，前者是以不告不理的被動方式由當事人提起訴訟而發動，後者則為行政登記機關可依職權主動作出。在司法宣告無效和司法撤銷制度缺如的情形下，如撤銷公司設立登記只由原公司登記管理機關依職權作出，就意味著由於公司登記的實質性瑕疵而利益受損的利害關係人，因不能及時啟動公司設立撤銷程式，其合法權益難以得到有效的救濟。第五，我國現行《公司法》對股東、債權人設定了多項保護制度，如第20 條、第 64 條、第 183 條等。但第 20 條所遏制的是公司股東、實際控制人的不正當控制行為和逃債行為;第 64 條所涉及的是一人股東與公司的財產混同行為;第183 條所涉及的是公司僵局與司法解散，且均為司法程式，自然不適用於公司設立登記中實質性瑕疵的救濟，不能援用上述法條來處理。據此，筆者認為，公司設立登記的撤銷，既可由原公司登記機關依職權主動審查而發起，也可由其他利害關係人的申請、舉報而啟動。
(四)公司設立登記撤銷的前置懲戒措施
前面已經提到，從我國《公司法》第 199 條之立法精神來看，適用公司登記撤銷只是對虛報註冊資本、提交虛假材料和採取其他欺詐手段隱瞞重要事實等情形達到情節嚴重的程度且不足以通過責令改正、行政罰款等措施予以補救的最後可供選擇程式。就公司登記機關對《公司法》第 199 條所定不同情形與適用措施的法律意義和社會效果而言，責令改正、行政罰款之決定重在對當事人的懲戒，如當事人通過事後的補救、改正，使其公司實質情形與公司登記事項吻合一致，則公司可繼續存續，此時無論對公司原始出資人、公司本身、公司職員、公司交易第三人、國家稅收均是多贏的結果;反之，如果選擇適用公司設立登記撤銷程式，由於公司設立登記撤銷效力可溯及至公司設立之時，其產生的法律效果又具有不可回覆性，是對公司設立登記行為的根本性否定，公司設立登記撤銷的行為性質與法律意義決定了其對已成立的瑕疵公司及原始出資人影響極大，而且也在一定程度上危及交易的安全，其對公司原始出資人、公司本身、公司職員、公司交易第三人、國家稅收，為一損俱損的結局。換言之，選擇適用公司登記撤銷程式，既是最後被迫選擇的程式，也是最具消極和負面影響的程式。正因為如此，公司登記機關在適用該程式時應十分審慎。在公司登記機關作出撤銷公司設立登記決定之前，如通過責令改正、行政罰款等前置懲戒措施，督促違法當事人亡羊補牢，並通過更正登記、補充登記或變更登記等程式，對因虛報註冊資本、提交虛假材料和採取其他欺詐手段隱瞞重要事實等情形導致的公司設立登記中的瑕疵事項進行及時的補正，使其名副其實，這樣無論從促進營業效益，還是從維護交易安全的角度，均是比較妥當的。
以上所論僅涉及到公司設立登記中的實質瑕疵而適用撤銷制度，推而論之，從更為廣泛意義上講，如《公司法》第 199 條所列舉的公司瑕疵登記情形發生在公司設立後的變更登記過程中，其瑕疵登記內容也只涉及到因申請人虛報註冊資本、提交虛假材料和採取其他欺詐手段隱瞞重要事實導致的新增登記事項失實，如該登記事項無法通過登記變更程式予以糾正，為維持公司的有效營業，法律救濟所針對的也應只及於因虛報註冊資本、提交虛假材料和採取其他欺詐手段隱瞞重要事實導致的新增登記事項，而不可否定之前合法而有效的登記事項。如適用公司登記撤銷程式，則既可使因虛報註冊資本、提交虛假材料和採取其他欺詐手段隱瞞重要事實導致的新增瑕疵登記事項而歸於無效，又不影響到瑕疵變更登記前公司的合法登記事項和既有的正常營業，對公司之相對交易人來說則更為有利;而如適用吊銷營業執照，則意味著該公司將因喪失繼續營業的資格被強制解散，公司將按照清算程式並以有限清償原則了結公司債權債務，這樣可能對公司債權人反而不利。由此，與公司設立登記中的實質性瑕疵一樣，在涉及公司變更登記中的實質性瑕疵，適用公司登記撤銷程式比適用吊銷營業執照要更為合理、適當而有效。可見，儘管 2005 年《公司法》第 199 條，解決了《公司法》與《公司登記管理條例》之間的協調與一致等問題，但就法條的適用情形和實施的法律效果來看，1993 年《公司法》第 206 條的規定要更合理、妥當、可行些。基於此，筆者建議對《公司法》199 條作如下修改：虛報註冊資本、提交虛假材料或者採取其他欺詐手段隱瞞重要事實取得公司登記的，由公司登記機關責令改正，對虛報註冊資本的公司，處以虛報註冊資本金額百分之五以上百分之十五以下的罰款;對提交虛假材料或者採取其他欺詐手段隱瞞重要事實的公司，處以五萬元以上五十萬元以下的罰款;情節嚴重的，撤銷公司登記;如屬公司設立登記，則公司登記機關在作出撤銷公司設立登記決定時，應同時追繳已核發的營業執照。與此同時，《公司登記管理條例》也應作出相應的修改。