一、物流業務管理職能部門的費用處理
物流業務管理職能部門主要負責物流業務的承攬工作和客戶服務工作。其中，承攬工作主要包括物流業務的詢價、方案設計、投標、合同簽訂等，客戶服務工作主要包括維護客戶關係、處理客戶投訴等。
物流業務的承攬工作實質上就是物流業務的前期開發工作。物流業務的前期開發工作會發生相應的資源耗費，如辦公場所相關費用、人員薪金相關費用、物流方案設計費用、承攬過程的業務費用等。從理論上說，如果物流業務投標成功，則表明物流業務前期開發成功，從而相關費用應該計入物流業務的成本中。但是，根據謹慎性原則以及《企業會計制度》有關研發費用的會計處理原則，無論物流業務前期開發成功與否，其所發生的費用都應在發生時一次性計入期間費用。並且，物流業務的前期開發費用中有很大一部分是間接費用，很難界定不同的物流業務究竟應承擔多少前期開發費用，難以選擇合適的分配標準將這些間接費用分配於不同的物流業務。物流業務前期開發費用的間接費用屬性也反映了將其作為期間費用處理的現實可行性。
如果物流業務前期開發工作產生的費用適宜於作為期間費用處理的話，將其作為管理費用歸集還是作為營業費用歸集是另一個值得研究的問題。《企業會計制度》將有關研發費用列入管理費用，但筆者認為將物流企業物流業務的前期開發費用列為營業費用則更為合適。《企業會計制度》明確規定，營業費用是指企業在銷售商品過程中發生的費用，包括企業在銷售商品過程中發生的運輸費、裝卸費、包裝費、保險費、展覽費和廣告費，以及為銷售本企業商品而專設的銷售機構(含銷售網點、售後服務網點等)的職工工資及福利費、類似工資性質的費用、業務費等。根據營業費用這一概念的界定，物流企業物流業務的前期開發費用符合營業費用的本質屬性。物流業務管理職能部門所承擔的物流業務的承攬工作，也就是物流企業的市場行銷工作，其發生的費用與一般工商企業的營業費用屬性相同。
物流業務的客戶服務工作實質上是物流企業提供物流服務的延續，是物流業務的“售後服務”，所以開展客戶服務工作所發生的費用也應作為營業費用處理。
二、物流業務作業職能部門的費用處理
根據物流企業物流業務的運作現狀，物流業務作業職能部門主要是專設的物流業務運作中心及其下屬分支機構，負責物流業務合同簽訂後的各個業務環節的.具體運作。
無論是物流業務運作中心還是其下屬分支機構發生的機構設定費用與管理人員相關費用等都是因運作物流業務而發生的，應該將它們分別計入不同物流業務的物流業務成本。在製造業，將這一類費用歸集為製造費用，而後通過一定的方法分配計入被生產產品的成本中。從與物流業關係密切的交通運輸業成本核算的現行制度與實務看，運輸業務成本包括運輸業務運作職能部門的相關費用。現行的《交通運輸企業成本費用管理核算辦法》將運輸業務運作職能部門的相關費用先歸集為營運間接費用，再採用合適的分配方法分配計入相關的運輸業務成本中。《交通運輸企業成本費用管理核算辦法》明確規定，營運間接費用作為運輸業務成本專案，是指運輸企業在營運過程中所發生的不能直接計入運輸成本核算物件的各種間接費用，包括企業各個生產單位(車隊、船隊、裝卸隊等)為組織和管理運輸生產所發生的運輸生產管理人員工資、職工福利費、折舊費、修理費、租賃費．保險費、物料消耗、低值易耗品、取暖費、水電費、辦公費、差旅費、勞動保護費以及其他營運間接費用。顯然，物流企業應設定“營運間接費用”科目用於歸集與核算物流業務作業職能部門發生的機構設定費用與管理人員相關費用。