房地產企業通過股權收購獲取土地，溢價金額無法進入土地成本，由此會虛增高額稅負，這是房地產行業普遍存在的問題，也是稅務籌劃的難點。很多地產企業因此放棄股權收購也經常存在。
本文提供一解決方案供大家交流與批評。某房地產企業找到智慧源，希望我們為他們在海南的一個收購專案提供稅務籌劃建議：被收購公司在海南擁有400畝土地，註冊資本金1000萬元，土地賬面價值800萬元，收購方準備以股權收購方式向原自然人股東收購股權，以間接獲取土地專案。雙方協商股權轉讓價4億元。
此項交易，遇到了兩個問題：第一，出售方要交納7800萬元【(40000-1000)×20%】的個人所得稅。第二，收購方雖然付出了4億元的收購代價，但是未來土地成本仍然是800萬元，3.92億元的收購代價在目標公司帳面反映不出來，未來土地增值稅和企業所得稅會增加至少2.13億元元。
接受委託後，我們到專案現場調研。發現地上種植了大量樹木。該專案原本是一個農業觀光專案，後因經營不善處於停業狀態。場地長期空置，公司大股東支付租金給公司後，私人出錢在上面種樹。海南天氣好，陽光充足，雨量充沛，10多年過去，樹木成林，鬱鬱蔥蔥。經評估公司評估價值1億元。
根據這個情況，我們給客戶提供瞭如下籌劃方案：總價4億元不變，但改為股權轉讓款3億元，另支付老闆個人青苗補償費1億元。此交易條件的變化，可節稅10,350萬元。原因是：
1、根據稅法相關規定：老闆收到拆遷補償費1億元，無須交納個人所得稅，從而避開了原股權溢價轉讓的個人所得稅2,000萬元。
2、對於收購方來說，原支付的股權溢價款無法計入專案公司成本，只能在股東公司記帳，土地增值稅和企業所得稅均無法得以彌補和抵扣。而改為支付1億元的.青苗補償費後，就可以計入專案開發成本，由於該專案未來要開發別墅，銷售均價最低5萬元，而樓面地價僅1500元/每平方米，增值空間巨大，未來土地增值稅適用稅率高達60%。增加1億元成本後，未來專案公司至少可少繳納土地增值稅7800萬元【10000×(1+20%+10%)×60%】、企業所得稅550萬元【(10000-7800)×25%】，合計節約稅金8350萬元。
本文中依據國稅函[1997]87號《國家稅務總局關於徵用土地過程中徵地單位支付給土地承包人員的補償費如何徵稅問題的批覆》支付給土地承包人的青苗補償費收入免徵個人所得稅的規定，已被國稅總局公告2011年第2號《稅總髮布失效稅收規範性檔案目錄》作廢，但實操中暫無新規定，各地稅局對此大都暫未開徵。本文提出供大家探討與研究。