母公司在設立下屬公司時，選擇設立子公司還是分公司對所得稅負會產生。由於子公司是獨立法人，如果盈利，其利潤不能併入母公司利潤，應當作為獨立的納稅義務人單獨交納企業所得稅。當子公司所在地稅率較低時，子公司可以少納企業所得稅，使公司整體稅負較低。而分公司不是獨立法人，只能將其利潤併入母公司交納企業所得稅，無論其所在地稅負高低，均不能增減公司的整體稅負。
二、計稅依據的稅務籌劃
企業所得稅的計稅依據是應納稅所得額。由於核算和稅收核算方法的不一致，應當對會計利潤進行調整，確定應納稅所得額。稅務籌劃應在非違法的前提下，儘可能地擴大准予扣除專案的.金額。
不同資本結構對扣除金額的影響 企業的資本主要由兩部分構成，一是股權資本，二是債權資本。由於對股權資本和債權資本採取不同的稅收政策，從而影響企業所得稅。如果接受股權投資，按規定，只能在稅後向投資人分配利潤，不能抵扣納稅所得；如果接受債權投資，則利息費用中，部分可以資本化，部分可以費用化。費用化部分的利息費用可在稅前扣除，直接減少納稅所得。資本化部分的利息費用可以通過提取折舊、分期攤銷的方法，逐漸地在稅前扣除。舉例如下：甲公司需追加100萬元資金，用於生產經營需要。有兩種方案可供選擇，方案一，增發股票100萬元；方案二，發行債券100萬元，年利率5%。假定年末甲公司新增利潤50萬元，按稅後利潤的20%向投資者分配利潤，所得稅率33%。企業應交所得稅和向投資者分配利潤的如下：