股東協議和公司章程是兩種不同型別是檔案，在公司中都是十分重要的，所以，我們要了解相關的知識也是必要的。
一、公司設立協議與公司章程的法律關係
公司章程是公司的組織以及執行規範。我國《公司法》第十一條規定：“設立公司必須依法制定公司章程。公司章程對公司、股東、董事、監事、高階管理人員具有約束力。”因此，公司章程是公司的必備檔案，並常常被認為是公司的根本法或“公司憲法”。
公司股東為成立公司而簽訂的協議書，一般被稱為“公司設立協議”。這是在公司設立過程中，由出資人為明確各方之間的權利義務而簽署的合同。
公司設立協議與公司章程的目標是一致的，都是為了設立公司。兩者在內容上也常有類同或相通之處，例如都約定公司名稱、註冊資本、經營範圍、股東出資與比例、出資形式等等。但是，兩者在法律性質和功能上，還是有著巨大的差別：
(一)公司章程是公司必備檔案，而公司設立協議則是任意性檔案
公司章程是我國公司法強制要求的公司必備檔案。沒有公司章程，公司就不能成立。而除了外商投資企業要求有合同以及股份有限公司要求有發起人協議外，我國《公司法》並沒有要求公司必須具有設立協議。所以，對中小企業最常見的形態即普通的有限責任公司而言，公司設立協議是任意性檔案，可有可無。
但在現實生活中，投資者之間往往會先就成立公司事項簽訂一份公司設立協議。這是由於公司設立過程的不確定性所產生的。這種現實狀況的存在，導致了投資者往往將公司設立協議視為成立公司最重要的事項，認為簽好設立協議就萬事大吉，剩下的只是手續問題了，這是一個極大的誤區。
(二)公司設立協議與公司章程的`效力範圍不同
根據《公司法》的規定，公司章程對公司、股東、董事、監事、高階管理人員均具有約束力。也就是說，公司章程的作用範圍包括股東、公司以及公司內部組織機構與人員。而公司設立協議僅僅是股東之間的任意性合同，需遵守合同相對性的原則，其作用範圍僅限於簽約的主體之間。
(三)公司設立協議與公司章程的效力期限不同
公司設立協議主要是在公司設立期間發生法律效力，所調整的是公司設立過程中的法律關係與法律行為。所以，一般認為公司設立協議的效力期間是從設立行為開始到公司成立為止。而公司章程則自公司設立開始直至公司成立後的整個存續過程，直至公司解散並清算終止時。
二、公司設立協議與公司章程相沖突時的處理
正常情況下，公司章程往往是以設立協議為基礎而制定的。設立協議的主要內容，通常都會被公司章程所吸收。在這種情況下，設立協議與章程之間不可能發生衝突。但是，如果公司章程與設立協議發生了衝突，則如何適用呢?
(一)如設立協議與公司章程發生衝突時，應以公司章程為準
正如前述，公司設立協議的效力期限，一般止於公司成立。也就是說，公司一旦成立，則公司設立協議的效力就終止了，有關公司設立與經營管理的相關事項，均應由公司章程予以規範。
在現實生活中，公司章程大多是在公司設立協議之後簽署的。根據法律檔案的時間效力判斷，也應當以公司章程為準。
另外，公司設立協議是內部協議，除參與簽約的股東之外，甚至公司董事等高階管理人員均可能不知其內容。而公司章程是公開檔案，我國《公司法》第97條、98條還特別規定，公司公開發行股票或公司債券必須公開披露公司章程。公司章程的公開性，是為了有助於公司投資者、債權人以及交易物件可以瞭解公司的組織與執行，並據此做出判斷。所以，對社會公眾而言，章程的效力也必須高於公司設立協議。
在司法實踐中，當事人在公司設立之後，再以公司設立協議為依據而提出民事訴訟，要求追究股東出資義務、請求確認設立協議無效而解散公司等等，法院一般都不予以支援。
(二)如公司章程中未規定的事項，股東在公司設立協議中予以約定的，該約定對簽約的股東繼續有效
雖然，公司設立協議一般只約定設立過程中的相關權利義務，但也有一些公司設立協議中會就公司的存續甚至今後解散的相關事項做出約定。這些約定，如果公司章程中沒有明確規定，又不違反法律的強制性規定的，則可以繼續有效。但其法律效力僅侷限在簽約的股東之間。
但是，對於《公司法》明確規定“公司章程另有規定的除外”之條款，股東之間如需另行約定的，必須在章程中予以確定，公司設立協議不具備排除法律適用的效力。例如，《公司法》第四十三條： “股東會會議股東按照出資比例行使表決權;但是，公司章程另有規定的除外”。如公司章程中未做特別規定，則即使股東在公司設立協議中約定不按出資比例行使表決權，也不能對抗該法律規定，即股東仍應按出資比例行使表決權。