稅務機關應根據納稅人具體情況，對核定徵收企業所得稅的納稅人，核定應稅所得率或者核定應納所得稅額。
一、核定徵收企業所得稅的適用範圍
根據《國家稅務總局關於印發〈核定徵收企業所得稅暫行辦法〉的通知》(國稅發[2000]38號)規定，納稅人具有下列情形之一的，應採取核定徵收方式徵收企業所得稅：一是依照稅收法律法規規定可以不設賬簿的或按照稅收法律法規規定應設定但未設定賬簿的;二是隻能準確核算收入總額，或收入總額能夠查實，但其成本費用支出不能準確核算的;三是隻能準確核算成本費用支出，或成本費用支出能夠查實，但其收入總額不能準確核算的;四是收入總額及成本費用支出均不能正確核算，不能向主管稅務機關提供真實、準確、完整納稅資料，難以查實的;五是賬目設定和核算雖然符合規定，但並未按規定儲存有關賬簿憑證及有關納稅資料的;六是發生納稅義務，未按照稅收法律法規規定的期限辦理納稅申報，經稅務機關責令期限申報，逾期仍不申報的。
從我國目前企業財務核算實際情況看，大多數企業的財務管理、會計核算較為健全，在納稅上大多是實行納稅人自行申報納稅，稅務機關查實徵收方式。但是，仍有部分企業特別是私營經濟中的小型企業財務核算不健全，甚至有的企業沒有專門的財務人員或雖設有財務人員，但財務核算不規範、不準確，直接影響到企業收入、成本、利潤以及所得稅的`真實性，對這部分企業必須採取核定徵收所得稅的方式。
二、核定徵收企業所得稅的計算方法
核定徵收方式主要包括定額徵收和核定應稅所得率徵收兩種辦法以及其他合理的辦法。定額徵收是指稅務機關按照一定的標準、程式和辦法，直接核定納稅人年度應
納稅企業所得稅款，由納稅人按規定進行申報繳納的辦法，定額徵收方式不存在計算問題。核定應稅所得率徵收是指稅務機關按照一定的標準、程式和方法，預先核定納稅人的應稅所得率，由納稅人根據納稅年度內的收入總額或成本費用等專案的實際發生額，按預先核定的應稅所得率計算繳納企業所得稅的辦法。由此可見，只有核定應稅所得率徵收方式才會涉及到計算問題。
實行核定應稅所得率徵收辦法的，應納所得稅額的計算公式如下：
(一)計算應納稅所得額
應納稅所得額=收入總額×應稅所得率
或應納稅所得額=[成本費用支出額/(1-應稅所得率)]×應稅所得率
(二)計算應納所得稅額
應納所得稅額=應納稅所得額×適用稅率
公式中的應稅所得率按下表規定的標準執行：
納稅人具體的應稅所得率由主管稅務機關根據納稅人的行業特點、納稅情況、財務管理、會計核算、利潤水平等因素，結合本地實際情況，按公平、公正、公開原則分類逐戶核定;企業經營多業的，無論其經營專案是否單獨核算，均由主管稅務機關根據其主營專案，核定其適用某一行業的應稅所得率;應稅所得率一經核定，除發生下列情況(企業實行改組改制的;生產經營範圍、主營業務發生重大變化的;因遭受風、火、水、震等人力不可抗拒災害的)外，一個納稅年度內一般不得調整。
例：某鄉鎮運輸企業2003年營業收入66萬元，各項支出81萬元，全年發
生虧損15萬元。經主管稅務機關核查，該企業支出專案不能準確核算，需採用核定
徵收辦法計算所得稅，主管稅務機關核定該企業的應稅所得率為12%，則該企業
2003年應納所得稅計算如下：
①應納稅所得額=66×12%=7.92萬元，根據現行企業所得稅法的規定，
年應納稅所得額在10萬元(含10萬元)以下至3萬元的企業，適用稅率為27%
②應納企業所得稅=7.92×27%=2.1384萬元
應注意的是，根據國稅發[2000]38號檔案的規定，納稅人實行核定徵收
方式的，不得享受企業所得稅各項優惠政策。