按照1998年國務院《關於建立城鎮職工醫療保險制度的決定》，退休人員參加基本醫療保險，個人不繳納醫療保險費。由於退休人員個人帳戶沒有積累，醫療費用支出又多，個人帳戶積累不多的中年職工陸續退休又使得退休隊伍不斷擴大，所以退休人員的醫療費用佔去社會統籌基金的將近一半（1997年為43.8%[12]），這就給醫療保險統籌基金造成很大壓力。解決這個問題的最好辦法是國家通過財政撥款為已退休人員提供專款專用的醫療保險費補貼，或者進行產權置換，將國有資產的相當一部分劃為包括醫療保險在內的社會保險基金，解決老職工個人帳戶和資金虧空問題。另外，目前不斷增加的失業和下崗職工的基本生活費，養老、醫療、失業保險費都由失業保險機構和再就業服務中心發放和繳納。在不久的將來，當失業保險制度代替了下崗制度以後，要為失業人員建立基本醫療保險制度，醫療保險費應由失業保險機構按照一定比例支付。
按照1998年國務院《關於建立城鎮職工醫療保險制度的決定》，各種型別企業的勞動者都要參加基本醫療保險，但是在許多地方，只有具有城鎮戶口的勞動者才參加基本醫療保險，而長期在城鎮務工經商的外來流動人口、有一定規模的鄉鎮企業的`職工卻沒有參加。還有，許多地方機關事業單位與企業改革不同步或者醫療待遇標準不一，沒有體現出公平化的原則，所以需要建立統一的繳費和待遇制度，並進行統一管理。此外，在計劃經濟時期享受一定公費醫療和勞保醫療待遇的職工家屬也被排除在基本醫療保險之外。這些問題也是在今後繼續改革時必須考慮和予以解決的問題。
政事分開，建立獨立於政府或政府部門、具有相對獨立的經營決策權的、是獨立的事業法人的社會保險經辦機構。社會保險經辦機構負責醫療保險基金的籌集、管理和支付，機構的事業費由各級財政解決。在機構內部管理體制上，要建立預決算制度、財務會計制度和內部審計制度。在外部設立了三種監督制度，即各級勞動和社會保障部門以及財政部門的行政監督，審計部門的審計監督，由政府有關部門代表、用人單位代表、醫療機構代表、工會代表和有關專家組成的外部監督機構，對醫療保險基金的管理和使用進行監督。由於我國的社會保險經辦機構隸屬於各級勞動和社會保障部門，社會保險的管理和營運不分，國際上普遍採用的以上第三種行之有效的監督方式，在我國無法適用。所以，我國應儘快建立獨立於的政府部門的社會保障經辦機構，強化外部監督，才能確保社會保險基金的安全性。 陳佳貴主編：《中國社會保障發展報告（1997-2001） 》，社會科學文獻出版社2001年版，第77頁。 陳佳貴主編：《中國社會保障發展報告（1997-2001） 》，社會科學文獻出版社2001年版，第77頁。 宋曉梧：《中國社會保障制度改革》
《關於職工醫療制度改革試點意見》沒有明確社會統籌與個人帳戶如何結合，所以，在各地試點中就出現了各種結合方式，具有代表性的模式是：
（1）鎮江、九江模式。醫療費用先從個人帳戶支付，個人帳戶用完之後，再由個人付年工資的5%，然後從社會統籌帳戶支付。在社會統籌帳戶支付時，個人要承擔一定的比例。由於個人帳戶基金數額有限，社會統籌自付的比例又比較少，因此，在個人帳戶支付完了之後，很快進入統籌帳戶，形成無論大病小病都從統籌帳戶支付的情況。
（2）深圳模式。實行三個層次的保險模式：有常住戶口的職工，參加綜合醫療保險，門診醫療費從個人帳戶支付，住院費從統籌帳戶支付；有暫住戶口的職工，參加社會統籌，不建立個人帳戶，住院費從統籌基金中支付；離休人員和二等乙級革命傷殘軍人，不繳納醫療保險費，門診和住院費用全部實報實銷。由於個人帳戶至少佔基本醫療的50%，因此人們要消費比較多的門診醫療費用，只有在住院治療時才能從統籌帳戶支付，所以這種模式只適合深圳這樣年輕化、移民多、收入高的城市。
（3）海南模式。採取個人帳戶和社會統籌基金分開管理的辦法，後者用於支付住院費用，並且不能向前者透支，由社會保障局管理和運作。個人帳戶用於門診醫療和住院期間按規定應由承擔的醫療費，統籌基金用於大病住院費用。個人帳戶使用IC卡管理，只能用於醫療，不能提取現金，節餘滾存使用。這種模式使得個人帳戶由個人掌管，節餘可以抵付住院自付費用，死後可以依法繼承，增強了職工對小病的自我保障意識。統籌基金支付設封頂線，有利於轉移和分散醫療風險。但是，這種模式會使得經常生病的人，尤其是慢性病人和因大病而花費醫療費多的患者負擔過重，而使身體比較健康的人個人帳戶積累過多。參見陳佳貴主編：《中國社會保障發展報告（1997-2001） 》，社會科學文獻出版社2001年版，第154——163頁。 社會醫療保險基金按一定比例籌集決定了基本醫療保險只能承擔有限責任，敞開報銷是不可能的。鎮江市和九江市在試點初期沒有確定封頂線，結果有些大病患者一年報銷幾十萬甚至上百萬，致使統籌帳戶超支。於是根據多數試點城市的經驗，將最高支付限額確定為當地年平均工資的4倍。 陳佳貴主編：《中國社會保障發展報告（1997-2001） 》
社會科學文獻出版社2001年版，第99頁。 廈門市規定社會醫療保險統籌基金的最高支付限額為4萬元。對超出支付限額的醫療費用通過補充醫療保險支付。廈門市職工醫療保險管理中心按每人每年24元的標準（其中個人帳戶提取18元，統籌帳戶提取6元）在中國太平洋保險公司投了職工醫療險。參保職工發生超過4萬元的醫療費，保險公司支付其中的90%，個人承擔10%，每人每年由補充醫療保險支付的最高限額為15萬元。1997年廈門市參加補充醫療保險的職工23萬餘人，繳納補充醫療保險費463萬餘元，申請索賠313人次，獲得賠付的有150人次，其中最高賠付案例為10萬餘元，如果都能得到賠付，賠付金約為247萬元，仍低於554萬元的總補充醫療保險基金。宋曉梧：《中國社會保障制度改革》，清華大學出版社2000年版，第131頁。 《中國統計年鑑》（1998），中國統計出版社1998年版，第139頁。 中國醫療機構的成本補償來自政府投入、服務收費和藥品加成收入三塊。長期以來，醫療服務價格偏低，沒有體現出醫務工作者的技術水平和勞動價值，造成醫療機構成本補償不足。為此，國家允許醫院零售藥品，並免徵流轉稅和所得稅，銷售額全部歸醫院，於是醫生開大處方，開貴重藥品，賣藥創收，造成“以藥養醫”的體制。 林嘉：《社會保障法的理念、實踐與創新》，中國人民大學出版社2009年版，第223頁。 [德] 霍爾斯特傑格爾：《社會保險入門》，劉翠霄譯，中國法制出版社2000年版，第7頁、第23頁。[12] 陳佳貴主編：《中國社會保障發展報告（1997-2001） 》，社會科學文獻出版社2001年版，第101頁。