教育科學研究院成立於2000年12月，是華中科技大學所屬的教學與科研機構，前身為1980年10月創立的高等教育研究室。1985年6月13日高等教育研究室擴充改建為高等教育研究所，2000年12月16日高等教育研究所與校內國家大學生文化素質教育基地、全國學位與研究生教育發展中心武漢研究基地、《高等工程教育研究》雜誌等單位合併，組建教育科學研究院。經國務院學位委員會批准，1986年7月28日獲高等教育學碩士學位授權點；1996年4月29日獲教育管理學（高等教育管理）博士學位授權點；1998年6月19日改為高等教育學博士學位授權點，是當時全國高等教育學專業4個博士學位授權點之一。1998年高等教育學被批准為湖北省重點學科。2000年獲教育經濟與管理碩士學位授權點，同年獲公共管理（教育經濟與管理）碩士（MPA）學位授權點。2003年獲教育經濟與管理博士學位授權點，同年獲課程與教學論、教育學原理、發展與教育心理學、教育技術學等4個碩士學位授權點。2007年高等教育學被批准為國家重點學科。經過近20多年的建設，已形成了“嚴要求、高起點、厚基礎、求是、創新、重實踐”的辦學傳統。
該院的主要任務是：研究高等教育理論、高等教育政策與高等教育管理、國際與比較教育、學位與研究生教育；研究基礎教育理論與改革，研究大學生心理學、高等學校管理心理學等。培養高等教育、基礎教育的理論工作者和實際工作者，培養公共管理（教育經濟與管理）專業高階管理人才，培訓高層次大學管理人員。推動我國高等教育學和教育學學科建設，建設有特色的教育理論研究基地和高層次人才培養基地。
該院下設高等教育研究所、基礎教育研究所、心理學研究所、教育評估與開發研究所、院校發展研究所、院校發展研究中心、國際與比較教育研究中心；同時設有國家大學生文化素質教育基地、全國學位與研究生教育發展中心武漢研究基地、《高等教育研究》編輯部、《高等工程教育研究》編輯部和院辦公室。
該院同國內外有關院校與機構建立了較為廣泛的學術交流和合作關係。從1986年開始，同南京航空航天大學、湖南大學合作，每兩年舉辦1次全國大學教育思想研討會，現已召開了8次，其中包括1次國際學術會議。本院經常性派遣教師到國外或境外進修、講學、開展合作科研和參加國際學術會議；並聘請了馬越徹、原康夫、黑羽亮一、露絲•海霍、約翰•斯通、阿特巴赫、大塚豐等學者為兼職教授，應邀到本學院講學的國外和境外專家達20餘人次。承擔的國際合作課題有："高等教育中的女性參與"、"學生貸款亞太地區國際比較研究"、"高等教育學生財政與學生資助政策研究"、"學費及弱勢學生的特殊資助"等。
現任院長由張應強教授但任，沈紅教授、別敦榮教授任副院長。
