我國傳統計劃經濟體制和企業經營管理模式，使人們對內部審計的認識產生了許多誤區。在社會主義市場經濟體制下，建立現代企業制度，要充分發揮現代企業內部審計的職能和作用，必須澄清對內部審計的某些錯誤認識。
一、 內部審計認識的誤區
誤區一：內部審計具有“雙向服務職能”。既承擔著代表國家對各部門和企事業單位加強監督管理的職能，又要為企業經營管理服務。
誤區二：強調領導重視，認為應由各部門、各企事業單位行政領導主管內部審計工作，在一定程度上誇大了內部審計的職能。認為企業內部的事情，無論大小輕重，都要內部審計參與過問。
誤區三：內部審計人員的配置是企業內部的事情，結果造成內部審計人員素質普遍低，業務水平有限。
誤區四：過分強調內部審計的獨立性和權威性。主張內部審計實行派駐制，並賦予其處罰權力，完全把內部審計同本單位割裂開來，其實質是把內部審計變成外部審計，扭曲了內部審計的本來面目。
二、產生認識誤區的根源
產生以上內部審計認識誤區的根源，在於計劃經濟體制下的行政管理模式和國有企業產權制度的不完善。
傳統計劃經濟體制實行高度集中的經營管理方式，一切都要按照國家需要設立機構，內部審計機構被當作行政部門來設定。其目的就在於把內部審計作為行政管理的一種手段，以監督企業的行為。正是這種制度的缺陷，使得內部審計職能、目標不明確，在國家利益、集體利益和個人利益不完全一致的情況下，內部審計處於兩難境地，弱化了其監督職能。
傳統國有企業產權制度的缺陷也是產生內部審計認識誤區的重要根源。其主要表現在：政府履行經營者職能，因而企業不負盈虧;剩餘所有權不可轉讓，企業沒有被淘汰的壓力。在這種殘缺的產權制度下，儘管實行委託代理制度，但由於缺少科學的激勵與約束機制，使得權利與責任失衡，產生了“內部人控制”問題。把內部審計置於企業負責人的領導之下，無異於形同虛設，又怎能發揮其監督企業的職能作用呢?
三、走出認識誤區的條件
走出認識的誤區，必須重新認識內部審計，即內部審計僅有單向服務職能——為企業服務職能;只有建立現代企業制度，內部審計才能受到重視。內部審計的獨立性是相對的，其權威性在於功能的發揮;內部審計的職能發揮要受技術、人員素質的限制，內部審計人員資格應實行統一選擇制度。筆者認為，對內部審計的上述認識，必須滿足如下條件：
1、變傳統企業制度為現代企業制度。傳統企業制度的產權制度本質上是政府產權制度。這種單一化的產權制度與市場經濟不相容，企業內部審計監督機制不能發揮作用。在現代企業制度下，財產的'終極所有權和企業的法人財產權是分離的，在健全的法人治理結構下，股東大會、董事會、經理、監事會之間是分權制衡的關係，企業“內部人”會格外關注內部審計，以使其充分發揮監督作用，監督其他“內部人”的行為。
2、變行政設立內部審計為企業按自身實際需要設立。在現代企業制度下，企業可根據其經營規模、管理複雜程度等，確立建立何種形式的內部審計。如可考慮由總經理、董事會、監事會、股東會領導內部審計機構，或者不設立內部審計，常年聘用社會審計人員等，這樣更能體現內部審計的本質。
3、變行政管理模式為協會管理模式。由於我國建國後很長一段時間，行政管理模式成為經濟管理的主要模式，各行各業裡，本來應由民間或行業自行管理的領域，也深深烙上行政管理的烙印，越來越不適應市場經濟發展和行業自身發展的需要。在內部審計發達的西方國家，大都實行協會管理，由協會對內部審計進行監督，並協調其與各方面的關係，政府機關僅僅就某些方面對其加以限定，沒有太多的干預。實踐證明，這種做法很有利於內部審計的發展。
4、變企業選擇內部審計人員為協會統一選擇。在改變行政管理模式之後，加強協會對內部審計的管理就顯得十分重要了，可以對內部審計人員實行統一註冊考試製度，做到持證上崗，促使其在業務水平和技能上滿足現代企業對內部審計的要求。