一、一般問題
1.股權比例問題
對於企業股權比例設定的問題，為了避免公司在運營中陷入僵局，在設立公司時應設計較為合理的股權比例。創業之初，如果只有一個股東，即可成立一人有限責任公司，100%擁有股權。如果是2個或以上股東一起成立有限責任公司，2人持股比例儘量避免50%：50%，3人儘量避免33%：33%：34%。2名以上股東的公司，要對公司具有絕對的控制權，那麼持股比例需要超過2/3。
2.同股同權或同股不同權問題
《公司法》第43條規定：股東會會議由股東按照出資比例行使表決權;但是，公司章程另有規定的除外。第44條規定：股東會的議事方式和表決程式，除本法有規定的外，由公司章程規定。股東會會議作出修改公司章程、增加或者減少註冊資本的決議，以及公司合併、分立、解散或者變更公司形式的決議，必須經代表三分之二以上表決權的股東通過。
可以明顯看出公司法將實施“同股同權”還是“同股不同權”的權利交由公司章程來約定，所以企業在設立或者增資時，應考慮公司的實際經營情況合理的設計公司章程。
3.紅利分配、增資認繳問題
實踐中，是否參與公司的實際運營會影響到股東的分紅比例，同時，公司法賦予企業對於分紅權的自治權利。公司法第34條規定：有限責任公司股東按照實繳的出資比例分取紅利;公司新增資本時，股東有權優先按照實繳的出資比例認繳出資。但是，全體股東約定不按照出資比例分取紅利或者不按照出資比例優先認繳出資的除外。
對紅利分配、增資認繳的約定，公司法並未要求必須在公司章程中體現。實務中，可以在公司章程中約定，也可以由全體股東以其他方式約定。但是，考慮到工商、稅務、審計等部門執法水準以及對法律理解的差異，穩妥起見，建議一併在公司章程中約定清楚，可以節省眾多不必要的解釋、溝通工作。
二、特殊性問題
(一)股權轉讓設計的問題
《公司法》第71條第4款關於“公司章程對股權轉讓另有規定的，從其規定”的規定，有限責任公司章程可以自由約定對股份轉讓的限制。
1.禁止股權轉讓的問題
案例：常州百貨大樓股份有限公司與常州市信和資訊諮詢有限公司、常州市希慎企業管理策劃有限公司、常州太古商貿有限公司、常州惠澤商貿有限公司股權轉讓糾紛案[案號：(2005)蘇民二終字第198號]
法院認為：在立法未明確允許公司章程可就股份轉讓作出限制且未提供救濟渠道的情況下，百貨公司章程僅對股份轉讓作了限制，且無正當理由，更無相應的救濟措施，這使得百貨公司可以不需任何理由地拒絕股東的股份轉讓請求，構成對股份轉讓的變相禁止，不符合股份有限公司的資合性特徵及相關立法精神。綜上，是否允許股份有限公司以章程限制股份轉讓屬於立法政策問題，除非立法有明文規定，否則司法不宜肯定。現行公司立法未明文許可股份有限公司可以章程限制股份轉讓，相反卻規定“股份可以依法轉讓”，在此情形下，除非公司章程本身提供了相應的救濟手段，否則認可其效力將使得擬轉讓股份的股東喪失救濟渠道，與股份有限公司的特性及立法精神相違。
2.共有股權分割的問題。
3.強制股權轉讓問題，即“股隨崗變”。
(二)股權繼承設計的問題
《公司法》第75條：自然人股東死亡後，其合法繼承人可以繼承股東資格;但是，公司章程另有規定的除外。
案例：童麗芳等訴上海康達化工有限公司股東權糾紛案[案號：上海市浦東新區人民法院(2007)]
法院認為：公司章程是調整一個公司所有股東之間、股東與公司之間法律關係的必備性檔案，它是股東意思自治的體現，但章程的自治性是相對的，它以不違反法律、行政法規強制性規定為前提。
《公司法》第七十六條規定：“自然人股東死亡後，其合法繼承人可以繼承股東資格;但是，公司章程另有規定的.除外。”法院認為，基於公司所具有的人合性，法律允許公司章程對已故股東的繼承人成為公司股東設定一定的限制條件。然而一旦章程規定繼承人可以繼承死亡股東的股東資格，則該繼受取得資格的股東就應當依法享有法律所賦予的股東權利，而不應當對其股東權利加以隨意限制。
關聯交易中少數股東利益保護
由於關聯交易是發生在關聯方之間的交易，關聯交易雙方相互瞭解，彼此信任，出現問題易於協調解決，交易能高效、有序地的進行，對於優化企業資本結構，提高資產盈利能力，及時籌措資金，降低投資機會成本，提高營運資金效率，保證企業生產經營快速發展，無疑是具有相當積極作用。但與此同時，關聯交易也存在不少問題，我們應看到，在關聯交易中，存在著不少不等價交易及虛假交易，損害了少數股東權益甚至出現一些上市公司利用不等價的關聯交易，蓄意操縱公司業績，配合非法分子進行內幕交易及操縱股價等欺詐行為。
少數股東又該如何在上述的關聯交易中維護自身權益呢?
一、行使知情權，查清資金流向。
二、股東代表公司或直接提起請求確認交易行為無效、撤銷交易行為或損害賠償的訴訟。