營業稅改增值稅減少了營業稅的重複徵收，降低了徵管成本，因而得到了很多人的肯定。但也有一部分人士認為該項改革大大增加了他們所在企業的負擔，對此提出反對意見。實際七“營改增”之後交通運輸企業的稅率從3%的營業稅變成了11%的增值稅，變動的幅度很大。在這樣的情況下，成本中可抵扣專案所佔收入、成本比重的高低將直接決定交通運輸企業稅改後的稅負。
1“營改增”對交通運輸企業營業收入的影響
1. 1“營改增”對小規模納稅人的營業收入的影響
“營改增”對小企業的發展開闢了便利的途徑。“營改增”後小規模納稅人實際繳納的增值稅稅率為2.91%，比之前繳納營業稅少繳納0. 09%，這減輕了小規模納稅人的納稅負擔，有利於小規模納稅人的企業發展，減少了小規模納稅人繳納的稅款。
1. 2“營改增”對一般納稅人的營業收入的影響
“營改增”增加了一般納稅人的稅負。在“營改增”之前，交通運輸企業一般納稅人繳納3%的營業稅，而之後變成11%的增值稅率。經粗略計算“營改增”之後，交通運輸業的含稅銷售額實際稅率=1/(1 +11%) x11% =9.91%。即照比之前增加了6. 91 %。因此，大部分一般納稅人會出現稅負增加的現象。
另外“營改增”之後，有些交通運輸類企業出現了下列情況:
(1)交通工具的加油、修理等未能夠取得相應的發票，導致本能抵扣的進項稅沒有抵扣。
(2)進項稅可抵扣的範圍比較小，這也在一定程度上增加了企業的稅負。
2“營改增”對交通運輸企業利潤的影響
利潤反映的是企業在一定會計時期內經營活動的成果，是企業所追求的重要目標。由營業稅改徵增值稅的稅收轉型，對企業利潤的影響主要有以下幾個方面:
(1)營業收入降低，導致利潤直接減少。目前，徵收營業稅的企業，其財務報表中的營業收入即為其銷售收入，該銷售收入中包含增值稅。而如今進行“營改增”後，增值稅屬於價外稅，要將其增值稅從銷售收入中去除，從而導致營業收入的減少，利潤也隨之減少。
(2)企業成本降低，導致企業利潤的增加。下面從交通運輸企業的存貨和固定資產兩個角度進行闡述“營改增”後，原計入存貨變動成本的增值稅進項稅部分，按現行增值稅的徵稅辦法，存貨中的增值稅進項稅可進行抵扣，使得變動成本降低。
這樣的道理同樣適用於固定資產。稅改前，企業購入固定資產時，增值稅進項稅計入固定資產成本“營改增”後，該部分進項稅可進行抵扣，從而降低了固定資產的原值。另外，企業在生產過程中，由於原值的降低，每期計提的折舊額也隨之減少，因此固定成本和變動成本同時降低。
(3)營業稅金及附加的變動。營業稅作為價內稅，在計算利潤時要進行扣除，而企業改徵增值稅後，營業稅將被剔除，因此會引起利潤的提高。城建稅及教育費附加是以增值稅、營業稅、消費稅為稅基，依據相應稅率計算得來。企業稅收轉型後，計算城建稅及教育費附加的稅基將會發生改變，其稅值自然引起改變，進而引起利潤的變化。此處利潤的數量變化取決於增值稅與營業稅的差額。
3交通運輸企業“營改增”遇到的困難及應採用的對策
3. 1交通運輸企業“營改增”遇到的困難
3.1.1操作過程中增值稅出票難、抵扣難
以運營運輸工具的交通運輸企業為例，雖然“營改增”之後很多成本可以抵扣增值稅進項稅，但由於實際操作過程中的許多限制:例如採購方取得增值稅專用發票需要向一般納稅人提供許多證件影印件，並辦理相關手續等，導致增值稅專用發票在運輸過程中取得困難，無形中增加企業成本。
其次，油耗是交通運輸企業成本中佔比較大的專案之一，但異地加油過程中很難取得抵扣發票。同時，交通運輸企業的車輛大部分都是外包，而外包的物件多為小規模納稅人，難以取得抵扣發票。
3. 1. 2抵扣範圍小
以物流企業為例，其費用包括燃油費、過路過橋費、人員工資、車輛折舊等幾大項。其中，路橋收費站不可能給物流企業開具增值稅發票，也就是說過路過橋費無法作為進項抵扣;燃油費用方面，長途行駛的貨車經常會遇到沒有增值稅發票、只有普通發票的加油站，這部分燃油費用也無法衝抵增值稅。另外，人員工資也不能作為進項抵扣，由此可見物流企業的損失比較大則是必然結果。
3.1.3交通運輸企業計稅過程複雜
交通運輸企業覆蓋範圍廣，實踐中計稅過程非常複雜，以陸路運輸企業為例，更加深層次的問題在於行業的細分。大型企業一般為增值稅一般納稅人，這些企業在簽訂服務合同後會將一部分業務分包給當地的小型服務提供商。由於這些小型服務提供商往往不能開具增值稅專用發票，會導致重複納稅的問題，縮小了企業的利潤空間。
3. 2應對交通運輸“營改增”應採用的對策
3. 2. 1企業要積極應對新政
企業需要以積極的態度應對稅收改革。雖然“營改增”使試點地區的被認定為一般納稅人的交通運輸企業稅率不降反升，但企業必須想出應對措施，以提高企業的產出與投入比及資金利用率。
3. 2. 2優化業務流程
“營改增”雖為一項結構性減稅政策，但其目的是為了促進產業結構化，而優化企業業務流程則是優化產業結構的根本所在。提高企業的.個體效益有利於促進企業資源的合理再分配，有助於加快產業發展、優化產業結構。優化企業的業務流程可通過充分利用運輸裝置的承載能力、合理地規劃運載路線、整合上下游的佈局，減少控制成本以提高收入水平。
3. 2. 3加強增值稅專用發票
增值稅的抵扣是進行稅收管理的重要環節，交通運輸企業改徵增值稅，其發票也就進入了抵扣範圍，這樣無意間增加了抵扣發票的徵管難度。因此，我認為首先應該統一全國交通運輸發票格式，並設計“抵扣票”用於增值稅的抵扣，設計“普通票”作為企業或個人報銷的憑證。這有利於發票的管理，也有利於增值稅的抵扣。
3. 2. 4選擇能夠提供增值稅專用發票的商家
以後購買商品或服務的時候，在同等價格和服務質量的情況下，儘可能選擇能提供增值稅專用發票的商家，這樣就可以抵扣自己應繳納的稅款。但切忌為了取得增值稅專用發票而不計公司成本，這樣的結果是得不償失。
為了改變不要發票而按合同支取承包費的問題，企業可以採用的措施如下:
(1)與中石油、中石化聯絡辦理統一的加油卡，並取得增值稅專用發票，同時規定公司承包經營的車輛必須到中石油、中石化所屬加油站加油，進而改變企業加油不能取得增值稅專用發票的問題，以便增大增值稅進項稅額的抵扣。
(2)與相關汽車修理、修配單位聯絡，選擇最佳、最優汽車修理單位，在確定價格的同時，與相關企業簽訂較長期限的合作合同，並要求駕駛人員在規定的汽車維修單位進行車輛的維修，如此，基本上可以解決目前車輛維修不能取得增值稅專用發票的問題。
3.2.5保證手續完備、資料充足
首先應當選擇有資格開具增值稅專用發票的加油站和修理廠。其次，按照我國增值稅專用發票管理辦法，採購方要取得增值稅專用發票需要向銷售方(必須是一般納稅人)提供許多證件影印件，並辦理相關手續等，所以，交通運輸企業的車輛應時刻準備這些資料，不能因為怕麻煩而減少手續。這樣，在能夠取得增值稅專用發票的時候一定要取得發票。
3. 2. 6勞務服務外包
可以考慮在確保服務質量不降低的情況下，將自己承接的勞務服務進行外包，解決一部分進項稅的問題。因為增值稅可以抵扣，企業購買的水電費、外購汽油、外購固定資產、修理費、外購低值易耗品、辦公用品及交通運輸費等用於生產的增值稅專用發票都可以作為進項抵扣，所以，在岸服務外包會使交通運輸業實際繳納的增值稅大大降低。在勞務外包的過程中，還有非常重要的一點，就是要選擇能夠開出增值稅專用發票的商家。
3. 2. 7加強對財稅人員的專業教育
在新的納稅環境下，企業需組織相關人員對增值稅納稅知識的學習及相關問題的培訓，加強對交通運輸企業財稅人員的專業教育，使財稅人員能更好地處理“營改增”以後的各項財稅業務工作，熟練掌握增值稅的會計核算和“營改增”的處理方式，讓企業能夠在及時繳納增值稅額的基礎上充分利用現行稅收政策合理避稅。