由於物流企業難以抵扣掉其外購的燃料、固定資產等已納增值稅那部分進項稅額，這樣就會造成增值稅與營業稅實行雙重徵稅。所以，企業為了避免重複地徵稅，更加傾向於小而全、大而全（也就是生產服務的內部化）等生產經營形式。這樣就十分不利於物流企業的專業化分工和服務外包之發展，對於中國的產業結構調整以及經濟發展方式轉變均將產生不好的影響。在營業稅改徵增值稅之後，納稅人就能有效避免重複性納稅，從而降低企業在稅收上的負擔，這樣十分有利於控制服務價格，推動物流企業和生產企業、商貿企業之間的雙向互動發展，同時也十分有利於物流業進行專業化分工與協作，加快物流企業更加持續而穩定地發展。
便於降低物流企業納稅上的風險因為當前我國企業的增值稅與營業稅是並存的，這就使得對於一部分交易行為難以進行界定，這樣不但會加大企業在納稅上的風險，而且還會給稅務機關實施稅收徵管帶來比較大的難度。比如，在實際工作之中，就有大量企業存在混合銷售與兼營等行為。對於單一型的混合銷售與兼營等行為，大量企業的財務人員難以進行正確地區分。一旦物流企業既有混合型銷售，同時又有兼營經營行為之時，要想能夠正確地區分以上兩者，更可以說是難上加難。因為稅種不一樣，稅率也不一樣。假如企業無法做到正確納稅，就會讓企業稅負變得懸殊，這樣就會產生極大的納稅風險。在營改增之後，就會讓這一情況再也不復存在。
便於降低物流企業的經營成本並減輕其生存上的壓力在營改增之後，一是物流企業的外購燃料、修理費與裝置等能夠增值稅的進項稅額可實施抵扣，這將在一定的程度上降低物流企業經營中的成本，從而鼓勵企業實施技術改造與裝置更新，進而實現企業的可持續發展。同時，中小物流企業還可改為增值稅小規模納稅人，從而避免進行重複納稅，其適用稅率也會從原來的5%調整至3%，從而讓中小物流企業的稅負出現顯著下降，減輕其生存的壓力。
營改增對物流企業產生的影響
（一）不同的納稅人和稅率對物流企業稅負產生的不同影響
一是小規模納稅人的稅負的確有所下降。依據物流企業目前的規模、業務狀況以及財務核算狀況，絕大多數中小型物流企業均會選擇改成增值稅小規模納稅人。根據相關的規定，小規模納稅人主要是適用於簡易計稅的方法，也就是按照其所取得的應稅服務的銷售額與增值稅徵收率，計算出應繳的應納增值稅額，而且不能抵扣進項的稅額。對於從事裝卸搬運與貨物運輸服務的物流企業來說，主要是從原來依據3%稅率來繳納營業稅改成按照3%稅率來繳納增值稅。儘管稅率並沒有發生相應的變化，但是改繳增值稅之後就能消除重複的納稅，而服務的接受方，即試點納稅人與原增值稅一般納稅人也可依據所取得的增值稅專用發票中所註明的價稅來計算金額與增值稅扣除率7%，從而計算出抵扣進項的稅額。對於從事倉儲業、配送業和貨運代理業等物流輔助服務的物流企業來說，主要是從原來依據5%的稅率來繳納營業稅，改成依據3%的稅率來繳納增值稅，其稅率出現了顯著下降，這樣一來，就能切實減輕這部分物流企業的稅負，有利於不斷提升中小物流企業的競爭實力。二是一般納稅人的稅負的確有所增加。依據營改增相關規定：在營改增之後，一般納稅人物流企業主要是依據其所取得的應稅服務銷售額的11%或者6%稅率來計算其增值稅銷項稅額的。同時，一般納稅人物流企業能夠引入抵扣制，也就是用在物流企業生產經營中的外購燃料、外購裝置以及外購勞務等過程中所取得的.進項稅額，並且允許抵扣銷項稅額。然而，其所支付的過路過橋費、保險費、租賃費以及人工成本等各類成本費用並不在抵扣的範圍之列。
（二）營改增對物流企業利潤產生的影響
利潤是反映出物流企業盈利能力的一項重要指標。可以說，影響利潤的因素是相當的。比如，營業成本、營業稅金和附加等等。筆者在此主要將分析營改增之後，以下各項因素對於物流企業利潤所產生的影響度。一是營業稅金及其附加對物流企業利潤產生的影響。和營業稅有所不同的是，增值稅可以說是一種價外稅，並不需要從收入之中直接予以扣除。所以，增值稅對於企業利潤所產生的影響主要是附加稅費對於所得稅所產生的影響。二是外購固定資產對物流企業利潤產生的影響。在營改增之後，物流企業外購的固定資產當年，其所取得的增值稅進項稅額就能夠一次性地全額予以抵扣，這樣不但能夠減少物流企業增值稅的應納稅額，而且還能減少城市維護建設稅、教育費附加等各類附加稅費所具有的應納稅額，這樣就會對企業利潤帶來積極地影響。三是營業成本。在營改增之後，用在生產經營上的外購燃料、外購裝置以及外購勞務等得到的進項稅額允許加以抵扣，這將在一定程度上降低物流企業自身的營業成本，從而提高物流企業的利潤。
改進營改增方案促進物流企業健康發展的政策建議
由於物流企業所處的發展時期和成本結構各不相同等因素，在稅改之後，企業稅負要比稅改之前有增、有減，為了能夠更加平穩和有序推進營業稅的改徵增改革工作，在上海試點過程中，上海市就出臺了營改增的試點過渡性財政積極扶持政策，對試點企業由於稅改的原因而造成稅負增加的試點企業，應當為其退還由此而多繳的那部分稅款。然而，筆者覺得，服務外包是現代社會專業化分工發展的一個必然結果，實施一體化物流必然是各產業發展的一種必然趨勢。對於那些稅負增加較為顯著的行業，例如，交通運輸業，建議在全國推行之時對具體的實施辦法再作合理的調整。例如，可以把上游行業，比如公路運營業等一起納入到增值稅管理之中，從而擴大進項抵扣的範圍，或者是降低交通運輸業的稅率，使其和物流輔助業務保持統一，並且保持物流行業的稅負基本不變或者是有所下降，這樣不但有利於物流產業的可持續健康發展，而且還有利於降低徵稅的成本。
結束語
面對這一重大的稅制變革，物流企業一定要充分結合自身實際狀況，認真加以研究，深入分析政策變革對於本企業所產生的影響，從而制定出相應的應對性策略，更好地運用政策之中的有利因素，在最大限度上降低負面影響，以求實現有效降低稅負之目的。