一、當前內部會計控制存在的主要題目
1.內部會計控制的法規不健全。
固然我國從20世紀90年代起開始加大了對內部控制建設的力度，但限於我國法制建設的實際情況，已釋出實施的有關內部會計控制的法律法規還比較少，一直未能形成一個相對完整的內部會計控制理論體系，如《獨立審計具體準則第9號——內部控制和審計風險》和《加強機構內部控制的指導原則》等內部會計控制法律法規主要是從行業的角度予以規定，相互之間缺乏聯絡。由於沒有專門針對高校內部會計控制的法律法規指導，高校結合自身情況制定的內部會計控制制度也不健全，從而妨礙了內部會計控制規範作用的發揮。
2.對內部會計控制的定位不夠正確、全面，在具體執行內部會計控制時出現偏差。
在《內部會計控制規範——基本規範(試行)》釋出之前，理論界對內部會計控制有不同的解釋，沒有一個同一的定義。高校在理解和具體實施內部會計控制中，輕易發生把握不準、顧此失彼、輕重不分等現象，客觀上弱化了內部會計控制的作用。
在實施內部會計控制時，高校主要存在以下幾個方面題目：
①內部會計控制的不全面，如有些高校未建立對外投資等內部會計控制制度，導致對外投資決策程式分歧規範，風險增大；
②內部會計控制約束的物件不全面，在實施內部會計控制時，有些高校約束的主要是對財政經費進行會計處理的職員，而對各校辦產業及後勤實體等進行會計處理的職員約束得很少；
③內部會計控制的範圍不全面，如高校往往誇大對財政性經費的內部會計控制，而弱化對預算外，特別是創收經費等的內部會計控制；有些高校未將二級財務納進內部會計控制的範圍，或控制不嚴，監視不力；對各項收支賬款有較明確的內部控制措施，並嚴格地執行，而對各項往來款項的審批手續卻不全，控制也不嚴格；由於基建賬務的處理是以其行業會計制度為依據，很多會計職員對基建的情況又不夠熟悉，導致難以對基建進行有效的內部會計控制。
3.內部會計控制意識有待轉變。
由於經費來源以財政撥款為主，很多高校長期以來重計劃而輕執行和考核，並衍生了重財輕物的觀念，對我國教育資源的優化配置，以及教育資源的充分利用帶來了不利的。另外，高校在後勤化改革、校辦產業發展中，在重大支出專案安排中，缺乏相關的決策程式及責任制度，少有專家、謹慎的論證，也沒有相關的風險防範和控制措施。
4.對內部會計控制的監控力度需要加強。
有些高校未設定專門的機構或職員對內部會計控制執行情況進行監視檢查，而由內部會計控制執行部分自己進行監視檢查；各級財政部分對高校內部會計控制的建立及執行情況的監視檢查力度不夠等，導致了監控力度的欠缺，影響了內部會計控制在高等教育發展中的作用的發揮。
二、有效進行內部會計控制的應對措施
1.建立健全內部會計控制制度，逐步建立一個符合國情的內部會計控制規範體系。
社會主義化建設的不斷深進、高校改革的不斷深化及我國加進WTO後面臨的新形勢、新情況，不僅要求我們對國內已有的內部會計控制理論進行，還要求我們和理解國際上包括COSO報告在內的內部控制先進理論，汲取其精華。同時，對國內外內部會計控制的實際執行情況進行調研，廣泛徵求意見，在已釋出的《內部會計控制規範——基本規範(試行)》和《內部會計控制規範——貨幣資金(試行)》的基礎上，進一步建立健全其他具體內部會計控制規範及相關操縱規範，從而逐步形成一個較完整的內部會計控制規範體系，對我國包括高校在內的所有單位的內部會計控制制度建設起指導和規範作用。