審計機關肩負著維護國家財政經濟秩序、推動完善國家治理、保證經濟社會健康發展的重要職責。履行好這一重要職責，離不開審計檔案和檔案工作。審計檔案作為審計監督活動的真實記錄，體現和反映著審計機關履行審計監督職能的真實情況，是審計工作不可缺少的一部分。依法管理審計檔案，是審計專案管理的重要內容之一。因此，規範檔案管理，是提高審計工作質量的內在需要，是防範和規避審計風險的必然要求。
一、把握好審計檔案收集這一關
審計檔案的收集過程應把握好“三原則”，一是要確保資料的完整性。嚴格執行審計檔案“誰審計，誰立卷，邊收集，邊整理，審結捲成”的要求，及時將歸檔所需的工程資料統一歸納至檔案袋中，保證一個專案一個檔案袋，不可隨處零散存放，資料儘量提前留存加蓋紅章影印件，原件可歸還給原單位。二是要確保資料的有效性。要嚴格按照規程，審查有關資料的真理性、合理性、合法性，不能有遺漏和缺失。比如工程簽證上要有建設方、施工方、監理方負責人簽證蓋章，三方造價確認表要有建設方、施工方、審計方負責人蓋章簽證，相關批示要有相關負責人簽字確認等，確保資料的法定效力。三是要確保資料的.順序性。每筆資料都有先後順序和內在聯絡，每個證據筆錄後都要附上相對應的資料，資料不能混淆，取證不能顛倒，儲存檔案材料之間的有機聯絡。
二、細甄別，把握好審計檔案整理這一關
1.審計檔案整理要遵守“三原則”：要堅守既定原則。在實際工作中，多數審計人員將業務審計作為工作的重點，只盡力於各種的賬目審查，往往把檔案收集工作放在審計工作之後，對每步審計工作形成的檔案材料不能及時收集並整理，特別是較為大型的審計專案，容易造成部分材料散失在不同工作人員手中，導致部分審計檔案收集不全。在實際工作中，應當將審計業務與檔案整理相結合，嚴格執行審計檔案“誰審計，誰立卷，邊收集，邊整理”的原則，保證檔案的完整性。要提高責任意識。在審計材料的收集過程中，一些工作人員檔案意識不強，存有應付工作的思想，在審計實踐中，對部分檔案材料把關不嚴格，審計檔案中往往存在文字錯誤、證明材料不全、鑑章缺失的問題；部分人整理工作不細緻，檔案材料不按照歸檔要求，存放無序問題時有發生。其次，檔案資料還存在內容不真實的問題。部分審計人員為了應付立卷歸檔，只將自己認為內容完整的檔案進行歸檔，丟棄了部分反映審計活動的原始材料，因此，一些歸檔檔案無法真實、直接地反映整個審計活動。對此，審計部門應提高認識，加強對審計人員的教育培訓，把審計檔案材料的收集整理工作定位在審計工作的重要位置，認真負責，為開發利用審計檔案打下堅實的基礎。要注重整理方法。嚴格按照《審計檔案材料立卷歸檔工作程式》中對審計檔案材料的收集範圍、方法的規定，加強對審計人員檔案業務的培訓和教育。第一，抓好廣泛收集和重點收集等工作，按照指定的接收任務計劃，安排1~2名人員負責審計檔案接收工作。此外，要及時對撤、並機構的檔案開展重點收集。第二，做好平時收集和事中收集等工作。因為審計工作涉及範圍較大，內容十分繁雜，很多檔案資料無法第一時間歸檔，或者是很難跟蹤收集，導致檔案出現殘缺、遺失等情況。2.審計檔案整理做到“三分類”：一是按職能分類。在立捲過程中，要將行政管理、審計監督活動中形成的檔案資料的界限劃分清楚，並根據各自要求分別進行立卷。二是按專案立卷。主要內容包括定期審計、離任經濟責任審計、行業審計、財務收支審計、審計調查以及承包經營責任審計等。每個審計專案都可以分為一個卷或者多個卷，而在多卷專案分捲過程中，要保證不影響卷內檔案資料的聯絡性，通常來說，多個審計專案檔案資料不能被合併成一個卷。三是按單元排列。通常有結論性檔案材料、證明性檔案材料和立項性檔案材料等。其中，結論性檔案材料要根據檔案材料的重要程度，並按照具體審計流程進行排列。立項性檔案材料主要根據檔案資料形成的順序，同時根據檔案資料的重要程度進行排列。卷內檔案主要按照先正件後附件、先彙總性檔案後原始性檔案等順序進行排列。分類後要將專案檔案資料規範、整齊地裝在案卷中，並認真填寫好備考表，將案卷目錄編制好，同時還要對檔案保管期限做出正確的劃分。
總之，審計檔案的收集、整理工作是一個複雜而系統的過程，需要審計檔案工作人員具備較強的責任意識，熟悉審計檔案的形成過程，不斷提高檔案收集、整理工作的效率和水平，並加大投入力度，完善審計檔案的收集、整理制度，讓檔案工作人員能夠有章可循，保證審計檔案的收集、整理工作再次邁上新的臺階。