1、總的方法：順其自然，單件歸檔。即順應檔案形成的本來狀況，以自然件為歸檔單位，逐件整理歸檔。
2、“件”含義
(1)單份檔案，一份檔案為一件;
(2)正件與附件合為一件;
(3)來文與覆文(請示與批覆、函與覆函)合為一件;
(4)會議記錄、會議紀要成套性材料每次(期)為一件;
(5)各種報表、名冊、圖冊等，一冊(本)為一件。
3、分類
按年度——保管期限(永久、長期、短期)進行分類整理歸檔。
4、編制頁碼：原則上保留歸檔檔案本身的頁碼，如檔案本身沒編頁碼的應編制頁碼，或者檔案有增加的，應補充頁碼，用打碼機或黑色的墨水筆填寫都可以。歸檔檔案整理方法5、蓋章編號
(1)歸檔檔案應按分類方法逐件在首頁上方的空白處加蓋檔案章，並填寫檔案章有關欄目的內容。
檔案章格式：
(2)檔案章的專案及填寫內容：
件號：檔案的順序號。年度、保管期限(永久、長期、短期)編制1 個流水號，每年斷號。
年度：填寫檔案形成年度，以四位阿拉伯數字標註。如：“2000”
保管期限：歸檔檔案保管期限的名稱。如：“永久” 注:在每年歸檔工作結束後，如發現有其它檔案沒及時歸檔的，可將該檔案排在已歸檔檔案之後編號歸檔。
5、裝盒及填寫盒內備考表
(1)歸檔檔案編號後。按照年度、保管期限、編號順序裝入檔案盒，不同保管期限的檔案不能裝入同一個盒中，並按要求在盒的脊背上蓋上各項內容。盒號暫不要編。
(2)填寫盒內備考表。
盒內情況說明：主要填寫本盒內檔案缺損、修改、補充、移出、銷燬等需要說明的情況，如無上述情況，可不用填寫; 整理人：負責整理歸檔檔案的人員姓名;
檢查人：負責檢查歸檔檔案整理質量的人員姓名; 日期：歸檔檔案整理完畢的日期。
6、填寫歸檔檔案目錄：(見圖a1歸檔檔案目錄式樣)
圖a1 歸檔檔案目錄
(1)件號：編制的'流水號;
(2)責任者：檔案的署名者或發文機關;
(3)文號：檔案的發文字號(沒有文號的不用填寫)
(4)題名：即檔案的標題，一般應照實抄錄。原文沒有標題的應加擬標題，原文標題不能說明內容的，應重擬標題。凡加擬的標題都外加“[]”號;(舉例: [關於重點建設專案建檔工作的]補充通知
(5)日期：指檔案形成的日期;例:2005.01.01
(6)頁數：指每一份歸檔檔案本身的有效頁數;(注意：正反面)
(7)備註：用以標註歸檔檔案的變化情況或參見標號;
(8)歸檔檔案目錄一式二份，一份放入目錄夾裝訂，一份放入檔案盒。
7、編寫歸檔說明
歸檔說明的內容包括：
(1)單位的名稱;
(2)單位領導名單及任免時間;
(3)當年的主要工作情況
(4)當年檔案歸檔情況。
8、檔案目錄夾的整理(見歸檔檔案目錄封面式樣)
按年度——保管期限排列的順序將歸檔說明和歸檔目錄用目錄夾(紅色檔案目錄夾)裝訂成檢索目錄冊，逐年增加，將目錄夾裝滿為止。