檔案整理是指將處於零亂的和需要進一步條理化的檔案，進行基本的分類、組合、排列、編號、編制目錄、建立全宗等，組成有序體系的過程。檔案整理的基本要求：遵循檔案材料的形成規律和特點，保持檔案材料之間的有機聯絡;區分檔案材料的價值，確定檔案的保管期限;便於保管和利用。
檔案整理的檔案範圍是：凡是本機關工作活動中形成的，具有查考儲存價值的檔案材料，包括收發文電、內部檔案、會議檔案、電話記錄、圖表、簿冊、照片、錄音、錄影、計算機碟片、實物以及本機關編印的出版物等，在辦理完畢後均須整理儲存。
檔案整理的方法有兩種：一是以“案卷”為單位整理。二是以“件”為單位整理。以“案卷”為單位整理就是立卷，即按照檔案材料在形成和處理過程中的聯絡將其組合為案卷。所謂案卷，就是一組密切聯絡的檔案的'組合體。立卷是一個分類、組合、編目的過程。分類即按照立檔單位的檔案分類方案，對檔案材料進行實體分類;組合即將經過分類的檔案材料，按一定形式組合起來;編目即將經過組合以後的檔案材料，進行系統排列和編目。以“案卷”為單位整理的檔案，其基本保管單位是案卷。案卷卷皮有軟卷皮和硬卷皮2種，硬卷皮型號有1.2，1.5，2.0cm三個規格，以軟卷皮裝訂的檔案必須按案卷順序裝入檔案盒，以案卷為單位整理文書材料時應當符合《文書檔案案卷格式》(GB/T9105-88)的規定。以“件”為單位整理就是按照檔案材料形成和處理的基本單位進行整理。一般來講，一份文書材料、一張圖紙或照片、一盤錄音帶或錄影帶、一本表冊或證書、一面錦旗、一個獎盃等均為一件。文書材料的正本與定稿作為一件，正文與檔案處理單為一件(處理單包括：收文處理單、擬辦單、發文稿頭紙及領導批示的籤批條等)，轉發件與被轉發件為一件，正文與附件作為一件，原件與複製件為一件，報表、名冊、圖冊、刊物等每冊為一件，來文與覆文及其他相關檔案可為一件。以“件”為單位整理的檔案，其基本保管單位是件。以“件”為單位整理的檔案最後要裝入檔案盒內。